mNGS pro terapii močových infekčních nemocí (PGS-U-UTI&UC)

Infekce močových cest je běžné infekční onemocnění na klinice. Infekce močových cest je snadno způsobena abnormální stavbou a funkcí močového systému, nízkou imunitou, těhotenstvím, pohlavím a sexuální aktivitou a iatrogenními faktory. Infekce močových cest má široké spektrum patogenních mikroorganismů, včetně gramnegativních bacilů, grampozitivních koků, plísní, mykoplazmat, chlamydií, virů a tak dále. Přestože infekce močových cest může být zpočátku diagnostikována podle klinických příznaků a symptomů, příznaků a moči, aplikace vhodné antibiotické terapie závisí na další identifikaci patogenů. V současnosti se běžně používá k odběru středního proudu moči pro kultivaci patogenů na klinice, má však nevýhodu v časové náročnosti a nízké míře detekce a použití antibiotik může ovlivnit výsledky kultivace.

Metagenomické sekvenování je široce používáno v klinické diagnostice patogenů, zejména u obtížných infekčních onemocnění. Jejím principem je odebírat vzorky, pomocí mNGS zpracovat vzorky před sekvenováním, exponovat nukleovou kyselinu, porovnat sekvenci nukleové kyseliny patogenů s určenou obrovskou biologickou databází a realizovat komplexní detekci virů, bakterií, hub, parazitů a atypických mikroorganismy. Ve srovnání se vzorky tkáně, mozkomíšního moku, tekutin z bronchoalveolární laváže, plné krve a dalších vzorků je aplikace mNGS ve vzorcích moči relativně omezená, protože nesprávné metody odběru vzorků před a po odběru vzorků moči snadno kontaminují vzorky a kolonizují distální uretra, periuretrální kůže a pochva budou rušit interpretaci zpráv. Nicméně mNGS má zjevné výhody v klinické diagnostice, s vysokou specificitou a přesností a kratší dobou detekce než tradiční kultivace. Pokud jde o smíšenou infekci, je míra detekce více patogenů z důvodu její neobjektivnosti vyšší než u konvenčních kultivačních, stěrových, PCR a dalších testů, které mohou detekovat jiné patogeny a dokonce i vzácné patogeny, které nelze konvenčně detekovat. .

Předchozí studie na malém vzorku ukázaly, že senzitivita mNGS u infekce močových cest je vysoká, ale specificita je relativně nízká a existuje mnoho problémů, jako je obtížná interpretace zpráv a nízká klinická konformita. Například existuje mnoho patogenů s vysokou četností a výsledky testů jsou seřazeny do seznamu patogenů, ale není možné určit, které nebo které patogeny jsou patogenní. To úzce souvisí s algoritmem technologie mNGS, jako je neschopnost eliminovat vliv bakterií na pozadí močového systému a nejednoznačnost zarovnání krátkých sekvencí, což ztěžuje rozlišení homologních patogenů.

V této studii, na základě standardního procesu sekvenování mNGS, byla vylepšená metoda analýzy hodnoty Z použita k výběru striktně zařazených klinických vzorků a jejich porovnání s kulturou patogenu, aby se zjistila klinická hodnota mNGS s metodou analýzy hodnoty Z při léčbě močových cest. infekce.