mNGS til behandling af urinvejsinfektionssygdomme (PGS-U-UTI&UC)

Urinvejsinfektion er en almindelig infektionssygdom i klinikken. Urinvejsinfektion er let forårsaget af unormal struktur og funktion af urinsystemet, lav immunitet, graviditet, køn og seksuel aktivitet og iatrogene faktorer. Urinvejsinfektion har et bredt spektrum af patogene mikroorganismer, herunder Gram-negative baciller, Gram-positive kokker, svampe, mycoplasma, klamydia, vira og så videre. Selvom urinvejsinfektion initialt kan diagnosticeres ved kliniske tegn og symptomer, tegn og urinrutine, afhænger anvendelsen af ​​passende antibiotikabehandling af den yderligere identifikation af patogener. På nuværende tidspunkt bruges det almindeligvis til at indsamle midstream-urin til patogenkultur i klinikken, men det har ulemperne ved tidskrævende og lav detektionshastighed, og brugen af ​​antibiotika kan påvirke dyrkningsresultaterne.

Metagenomisk sekventering er blevet brugt i vid udstrækning til klinisk patogendiagnose, især ved vanskelige infektionssygdomme. Dens princip er at indsamle prøver, bruge mNGS til at behandle prøverne før sekventering, eksponere nukleinsyren, sammenligne nukleinsyresekvensen af ​​patogener med den udpegede enorme biologiske database og realisere den omfattende påvisning af vira, bakterier, svampe, parasitter og atypiske mikroorganismer. Sammenlignet med vævsprøver, cerebrospinalvæske, bronkoalveolær skyllevæske, fuldblod og andre prøver er anvendelsen af ​​mNGS i urinprøver relativt begrænset, fordi forkerte prøveudtagningsmetoder før og efter indsamling af urinprøver er nemme at kontaminere prøverne og kolonisering af distale. urethra, periurethral hud og vagina vil forstyrre tolkningen af ​​rapporter. Men mNGS har åbenlyse fordele i klinisk diagnose, med høj specificitet og nøjagtighed og kortere detektionstid end traditionel kultur. I aspektet af blandet infektion, på grund af dens ikke-bias, er påvisningshastigheden for flere patogener højere end for konventionel kultur, smear, PCR og andre tests, som kan påvise andre patogener og endda sjældne patogener, der ikke kan påvises konventionelt .

Tidligere undersøgelser af små prøver har vist, at sensitiviteten af ​​mNGS ved urinvejsinfektion er høj, men specificiteten er relativt lav, og der er mange problemer såsom vanskelig fortolkning af rapporter og lav klinisk overensstemmelse. For eksempel er der mange patogener med høj læsning, og testresultaterne er sorteret for at danne en liste over patogener, men det er umuligt at afgøre, hvilke eller hvilke patogener der er patogene. Dette er tæt forbundet med mNGS-teknologialgoritmen, såsom manglende evne til at eliminere påvirkningen af ​​baggrundsbakterier i urinsystemet og tvetydigheden af ​​kortsekvensjustering, hvilket gør det vanskeligt at skelne homologe patogener.

I denne undersøgelse, baseret på standard mNGS-sekventeringsprocessen, blev den forbedrede Z-værdianalysemetode brugt til at udvælge strengt tilmeldte kliniske prøver og sammenligne dem med patogenkultur for at observere den kliniske værdi af mNGS med Z-værdianalysemetode i behandlingen af ​​urinveje infektion.