mNGS per la terapia delle malattie infettive urinarie (PGS-U-UTI&UC)

L'infezione del tratto urinario è una malattia infettiva comune in clinica. L'infezione del tratto urinario è facilmente causata da struttura e funzione anormali del sistema urinario, bassa immunità, gravidanza, genere e attività sessuale e fattori iatrogeni. L'infezione del tratto urinario ha un ampio spettro di microrganismi patogeni, inclusi bacilli Gram-negativi, cocchi Gram-positivi, funghi, micoplasma, clamidia, virus e così via. Sebbene l'infezione del tratto urinario possa essere inizialmente diagnosticata da segni e sintomi clinici, segni e routine delle urine, l'applicazione di un'appropriata terapia antibiotica dipende dall'ulteriore identificazione dei patogeni. Al momento, è comunemente usato per raccogliere l'urina midstream per la coltura del patogeno in clinica, ma presenta gli svantaggi di un basso tasso di rilevamento che richiede tempo e l'uso di antibiotici può influenzare i risultati della coltura.

Il sequenziamento metagenomico è stato ampiamente utilizzato nella diagnosi clinica dei patogeni, specialmente nelle malattie infettive difficili. Il suo principio è raccogliere campioni, utilizzare mNGS per elaborare i campioni prima del sequenziamento, esporre l'acido nucleico, confrontare la sequenza dell'acido nucleico dei patogeni con l'enorme database biologico designato e realizzare il rilevamento completo di virus, batteri, funghi, parassiti e atipico microrganismi. Rispetto ai campioni di tessuto, liquido cerebrospinale, fluido di lavaggio broncoalveolare, sangue intero e altri campioni, l'applicazione di mNGS nei campioni di urina è relativamente limitata perché metodi di campionamento errati prima e dopo la raccolta dei campioni di urina possono contaminare facilmente i campioni e la colonizzazione del distale uretra, cute periuretrale e vagina interferiranno con l'interpretazione dei referti. Tuttavia, mNGS presenta evidenti vantaggi nella diagnosi clinica, con elevata specificità e accuratezza e tempi di rilevamento più brevi rispetto alla coltura tradizionale. Nell'aspetto dell'infezione mista, a causa della sua non distorsione, il tasso di rilevamento di più agenti patogeni è superiore a quello della coltura convenzionale, dello striscio, della PCR e di altri test, che possono rilevare altri agenti patogeni e persino agenti patogeni rari che non possono essere rilevati convenzionalmente .

Precedenti studi su piccoli campioni hanno dimostrato che la sensibilità di mNGS nell'infezione del tratto urinario è elevata, ma la specificità è relativamente bassa e ci sono molti problemi come la difficile interpretazione dei rapporti e la bassa conformità clinica. Ad esempio, ci sono molti agenti patogeni con letture elevate ei risultati del test vengono ordinati per formare un elenco di agenti patogeni, ma è impossibile determinare quale o quali agenti patogeni siano patogeni. Ciò è strettamente correlato all'algoritmo della tecnologia mNGS, come l'incapacità di eliminare l'influenza dei batteri di fondo del sistema urinario e l'ambiguità dell'allineamento di sequenze brevi, che rende difficile distinguere i patogeni omologhi.

In questo studio, basato sul processo di sequenziamento mNGS standard, è stato utilizzato il metodo di analisi del valore Z migliorato per selezionare campioni clinici rigorosamente arruolati e confrontarli con la coltura del patogeno per osservare il valore clinico di mNGS con il metodo di analisi del valore Z nel trattamento del tratto urinario infezione.