Definice sub-fenotypů pneumonie na základě složení respiračního mikrobiomu k predikci selhání mikrobiálního a klinického ošetření (PHENOMENON)

Pneumonie může být získána v komunitě, jako je Covid-19 nebo chřipka nebo během hospitalizace pro jiný zdravotní stav.

Významné zatížení čepice se zvyšuje se stárnoucí populací a rostoucí mírou komorbidity. CAP byla hlavní příčinou přenosných nemocí a druhou příčinou ztráty životních let upravených na postižení ve světě v roce 2019, ještě před pandemií Covid-19 (GBD 2019 adolescentní úmrtnost 2021; GBD 2019 nemoci a spolupracovníky zranění 2020). CAP je klasicky indukován virulentními bakteriemi (jako je Streptococcus pneumoniae) nebo viry (chřipka), ale také novými patogenními viry, jako je SARS-CoV-2 (Covid-19).

Výskyt VAP se pohybuje od 5% do 67% v závislosti na směsi případů a diagnostických kritériích. V USA se výskyt VAP pohybuje od 2 do 16 epizod na 1 000 ventilátorových dnů. Odhadované riziko VAP je zpočátku vysoké a snižuje se na méně než 0,5% denně po 14 dnech mechanické větrání. VAP zvyšuje dobu trvání hospitalizace o 7 dní a náklady na zdravotní péči přibližně o 40 000 USD za epizodu (Safdar a kol. 2005; Eber a kol. 2010). Antimikrobiální rezistence roste, což vede ke zvýšenému trvání pobytu v nemocnici a nadměrné úmrtí u septických pacientů po celém světě. Světová zdravotnická organizace považuje rezistenci na antibiotika za jednu z největších globálních zdravotních hrozeb, kterým v současné době čelíme. AMR, včetně malárie, tuberkulózy a bakteriálních infekcí, se může do roku 2050 zvýšit na 10 milionů úmrtí po celém světě. Zatímco určitá rezistence je v některých bakteriálních taxonech vlastní, hlavním problémem je získána rezistence, protože bakterie si mohou vyměňovat genetický materiál a tím šířit geny rezistence na antibiotiku (ARG).

Předchozí přehled Enterobacterales produkujících rozšířené spektrum beta-laktamázy (ESBL-E) se nachází u 5 až 25% pacientů s JIP. Ačkoli předchozí vozík je hlavním rizikovým faktorem spojeným s VAP souvisejícím s ESBL-E, pouze 5% až 20% nosičů ESBL-E se vyvine VAP související s ESBL-E. Stav přepravy má proto vysokou negativní prediktivní hodnotu pro ESBL-E asociovanou VAP, zatímco pozitivní prediktivní hodnota, tj. Pravděpodobnost infekce ESBL-E v případě přepravy ESBL-E, je menší než 50%.

Při péči o pacienty s VAP nedávné studie ukázaly, že přiměřenost počáteční antimikrobiální terapie není spojena s významným zlepšením prognózy VAP, zejména pokud se jedná o gram-negativní bakterii rezistentní na více léků (Sommer et al. 2018; Titov et al. 2021). Jedním z pravděpodobných vysvětlení absence přínosu přiměřené terapie během 24 hodin je rychlá difúze a exprese Args v mikrobiomu během léčby. Bylo prokázáno, že proveditelnost charakterizace plicní mikrobioty vytváří předběžná data ze 174 respiračních vzorků odebraných u 65 pacientů zahrnutých do biobanky IBIS v rámci skupiny IBIS. Tyto předběžné analýzy také potvrdily, že respirační mikrobiom hospitalizovaných pacientů se přesouvá z normálního složení (den 1) na specifický vzorec chudý ve Streptococcus a obohacený v Haemofilu (7. den). Nedávno bylo pozorováno v randomizované klinické studii, že probiotika zvyšuje argness střevního mikrobiomu během antimikrobiální léčby (obrázek 2) (Montassier et al. 2021). Tato data prokázala schopnost prozkoumat časový průběh arg během léčby v lidských vzorcích a posílit hypotézu rychlých modifikací arg během léčby.

Stručně řečeno, selhání léčby jsou běžné u pacientů s CAP a HAP, a to i v případě odpovídající antimikrobiální terapie. Některé specifické antimikrobiální terapie mají za následek lepší výsledky než standard péče a klasická mikrobiologie tento výsledek nevysvětlí.

Nedávné údaje prokázaly, že mikrobiom je významným zdrojem genů rezistence na rezistenci na antibiotiku (ARG), které mohou být během léčby rychle rozptýleny mezi druhy.

S ohledem na tyto předběžné výsledky máme v úmyslu

1. Definovat sub-fenotypy VAP a CAP založené na průběhu zatížení arg in vivo v reálném čase
2. Pro demonstraci in vivo, že specifické editace mikrobiomu na základě těchto fenotypů může zvýšit výsledky pneumonie.

Definice těchto fenotypů pneumonie pravděpodobně ovlivní způsob, jakým jsou pacienti léčeni v každodenní praxi, a posouvá antimikrobiální léčbu z in vitro funkčních testů na in vivo predikci odpovědi na léčbu.