Définition des sous-phénotypes de pneumonie basée sur la composition respiratoire du microbiome pour prédire les défaillances du traitement microbien et clinique (PHENOMENON)

La pneumonie peut être acquise dans la communauté telle que Covid-19 ou Frip, ou pendant l'hospitalisation pour une condition médicale différente.

Le fardeau important du plafond devrait augmenter avec les populations vieillissantes et les taux de comorbidité croissants. Le CAP a été la principale cause de maladies transmissibles et la deuxième cause de la perte des années à vie ajustée en fonction des handicaps dans le monde en 2019, avant même la pandémie Covid-19 (Collaborateurs de la mortalité adolescente GBD 2019; Le CAP est classiquement induit par des bactéries virulentes (telles que Streptococcus pneumoniae) ou des virus (grippe), mais aussi de nouveaux virus pathogènes tels que SARS-COV-2 (Covid-19).

L'incidence de VAP varie de 5% à 67% selon le mélange de cas et les critères de diagnostic. Aux États-Unis, l'incidence de VAP varie de 2 à 16 épisodes par 1 000 jours de ventilateur. Le risque estimé de VAP est initialement élevé et diminue à moins de 0,5% par jour après 14 jours de ventilation mécanique. La VAP augmente la durée de l'hospitalisation de 7 jours et les coûts des soins de santé d'environ 40 000 USD par épisode (Safdar et al. 2005; Eber et al. 2010). La résistance aux antimicrobiens augmente, entraînant une durée accrue de séjour à l'hôpital et des décès excessives chez les patients septiques dans le monde. L'Organisation mondiale de la santé considère que la résistance aux antibiotiques est l'une des plus grandes menaces mondiales de la santé auxquelles nous sommes actuellement confrontés. La RAM, y compris le paludisme, la tuberculose et les infections bactériennes, pourrait passer à 10 millions de décès dans le monde d'ici 2050. Bien qu'une certaine résistance soit intrinsèque dans certains taxons bactériens, le principal problème est une résistance acquise, car les bactéries peuvent échanger des matières génétiques et ainsi répartir les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG).

Le portage antérieur des entérobactéroles produisant des bêta-lactamases à spectre prolongé (ESB-E) se trouve chez 5 à 25% des patients atteints de soins intensifs. Bien qu'un chariot précédent soit le principal facteur de risque associé à la VAP liée à la DSBL-E, seulement 5% à 20% des transporteurs EBSB-E développeront une VAP liée à la DSBL-E. Le statut de chariot a donc une valeur prédictive négative élevée pour la VAP associée à l'ELB-E, tandis que la valeur prédictive positive, c'est-à-dire la probabilité d'avoir une infection à DSBL-E en cas de chariot ESBL-E, est inférieure à 50%.

Lors de la prise en charge des patients atteints de VAP, des études récentes ont montré que l'adéquation du traitement antimicrobien initial n'est pas associée à une amélioration significative du pronostic VAP, surtout si une bactérie à grammative multidrogue (Titov et al.2021) est impliquée (Sommer et al.2018; Titov et al.2021). Une explication probable de l'absence de bénéfice d'une thérapie adéquate dans 24h est la diffusion rapide et l'expression des ARG dans le microbiome pendant le traitement. Il a été démontré la faisabilité de caractériser le microbiote pulmonaire en produisant des données préliminaires à partir de 174 échantillons respiratoires prélevés chez 65 patients inclus dans la biobanque IBIS dans la cohorte IBIS. Ces analyses préliminaires ont également confirmé que le microbiome respiratoire des patients hospitalisés passe d'une composition normale (jour 1) à un modèle spécifique pauvre à Streptococcus et enrichi à Haemophilus (jour 7). Récemment, il a été observé dans un essai clinique randomisé que les probiotiques augmentent la richesse ARG du microbiome intestinal pendant le traitement antimicrobien (figure 2) (Montassier et al. 2021). Ces données ont démontré la capacité d'étudier l'évolution du temps de l'ARG pendant le traitement dans les échantillons humains et de renforcer l'hypothèse de modifications rapides de l'ARG pendant le traitement.

En résumé, les défaillances du traitement sont courantes chez les patients atteints de CAP et de HAP, même dans les cas de thérapie antimicrobienne adéquate. Certaines thérapies antimicrobiennes spécifiques entraînent de meilleurs résultats que la norme des soucis et la microbiologie classique ne parviennent pas à expliquer ce résultat.

Des données récentes ont démontré que le microbiome est une source significative de gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) qui peuvent rapidement être diffusés entre les espèces pendant le traitement.

À la lumière de ces résultats préliminaires, nous voulons

1. Pour définir les sous-phénotypes VAP et CAP basé sur le cours en temps réel de la charge d'Arg in vivo
2. Pour démontrer in vivo que l'édition spécifique du microbiome basé sur ces phénotypes peut améliorer les résultats de la pneumonie.

La définition de ces phénotypes de pneumonie est susceptible d'avoir un impact sur la façon dont les patients sont traités dans la pratique quotidienne, en déplaçant le traitement antimicrobien des tests fonctionnels in vitro à la prédiction in vivo de la réponse au traitement.