Definitie van subfenotypen van pneumonie op basis van de ademhalingsmicrobioomsamenstelling om microbiële en klinische behandelingsfouten te voorspellen (PHENOMENON)

Longontsteking kan worden verkregen in de gemeenschap zoals Covid-19 of griep, of tijdens ziekenhuisopname voor een andere medische toestand.

De significante CAP -last zal toenemen met verouderende populaties en groeipercentages van comorbiditeit. CAP was de belangrijkste oorzaak van overdraagbare ziekten en de tweede oorzaak van door een handicap gecorrigeerde levensjarenverlies in de wereld in 2019, zelfs vóór de Covid-19 pandemie (GBD 2019 adolescente mortaliteitsaanwerkingsmedewerkers 2021; GBD 2019 ziekten en verwondingen collaborators 2020). CAP wordt klassiek geïnduceerd door virulente bacteriën (zoals Streptococcus pneumoniae) of virussen (influenza), maar ook nieuwe pathogene virussen zoals SARS-CoV-2 (COVID-19).

De incidentie van VAP varieert van 5% tot 67%, afhankelijk van case mix en diagnostische criteria. In de VS varieert de incidentie van VAP van 2 tot 16 afleveringen per 1.000 ventilator-dag. Het geschatte risico op VAP is aanvankelijk hoog en neemt af tot minder dan 0,5% per dag na 14 dagen mechanische ventilatie. VAP verhoogt de duur van de ziekenhuisopname met 7 dagen en kosten voor gezondheidszorg met ongeveer $ 40.000 USD per aflevering (Safdar et al. 2005; Eber et al. 2010). Antimicrobiële resistentie stijgt, wat leidt tot verhoogde duur van verblijf in het ziekenhuis en overtollige sterfgevallen bij septische patiënten wereldwijd. De Wereldgezondheidsorganisatie beschouwt antibioticaresistentie als een van de grootste wereldwijde gezondheidsbedreigingen waarmee we momenteel worden geconfronteerd. AMR, waaronder malaria, tuberculose en bacteriële infecties, kan in 2050 wereldwijd toenemen tot 10 miljoen dodelijke slachtoffers. Hoewel enige resistentie in sommige bacteriële taxa intrinsiek is, wordt het belangrijkste probleem verkregen resistentie, omdat bacteriën genetisch materiaal kunnen uitwisselen en daardoor antibioticaresistentiegenen (Arg) kunnen verspreiden.

Vorige vervoer van bèta-lactamasen-producerende enterobacterales (ESBL-E) van verlengd spectrum wordt gevonden bij 5 tot 25% van de ICU-patiënten. Hoewel een eerdere vervoer de belangrijkste risicofactor is geassocieerd met VAP gerelateerd aan ESBL-E, zal slechts 5% tot 20% van de ESBL-E-dragers een VAP ontwikkelen die gerelateerd is aan ESBL-E. Voerstatus heeft daarom een ​​hoge negatieve voorspellende waarde voor ESBL-E-geassocieerde VAP, terwijl positieve voorspellende waarde, d.w.z. de kans op een ESBL-E-infectie in het geval van ESBL-E-vervoer, minder dan 50%is.

Bij de zorg voor patiënten met VAP hebben recente studies aangetoond dat de toereikendheid van de initiële antimicrobiële therapie niet geassocieerd is met een significante verbetering van de VAP-prognose, vooral als een multiresistente (MDR) gram-negatieve bacterium betrokken is (Sommer et al. 2018; Titov et al. 2021). Een waarschijnlijke verklaring van de afwezigheid van voordeel van adequate therapie binnen 24 uur is de snelle diffusie en expressie van args in het microbioom tijdens de behandeling. Het is aangetoond dat de haalbaarheid van het karakteriseren van longmicrobiota door voorlopige gegevens te produceren uit 174 ademhalingsmonsters verzameld bij 65 patiënten opgenomen in de IBIS -biobank in het IBIS -cohort. Deze voorlopige analyses hebben ook bevestigd dat het ademhalingsmicrobioom van gehospitaliseerde patiënten verschuift van een normale samenstelling (dag 1) naar een specifiek patroon slecht in Streptococcus en verrijkt in hemophilus (dag 7). Onlangs werd in een gerandomiseerde klinische studie waargenomen dat probiotica de arg -rijkdom van het darmmicrobioom tijdens antimicrobiële behandeling verhogen (figuur 2) (Montassier et al. 2021). Deze gegevens toonden het vermogen aan om het tijdsverloop van Arg tijdens de behandeling in menselijke monsters te onderzoeken en de hypothese van snelle modificaties van de ARG tijdens de behandeling te versterken.

Samenvattend zijn behandelingsfouten gebruikelijk bij patiënten met CAP en HAP, zelfs in gevallen van adequate antimicrobiële therapie. Sommige specifieke antimicrobiële therapieën resulteren in betere resultaten dan de standaard van zorgen en de klassieke microbiologie verklaren deze uitkomst niet.

Recente gegevens hebben aangetoond dat het microbioom een ​​significante bron is van antibioticaresistentiegenen (Arg) die snel kunnen worden verspreid tussen soorten tijdens de behandeling.

In het licht van deze voorlopige resultaten zijn we van plan

1. om sub-fenotypen van VAP en CAP te definiëren op basis van de realtime verloop van de lading arg in vivo
2. Om in vivo aan te tonen dat specifieke microbioombewerking op basis van deze fenotypes de resultaten van pneumonie kan verbeteren.

De definitie van deze fenotypes van pneumonie heeft waarschijnlijk invloed op de manier waarop patiënten in de dagelijkse praktijk worden behandeld, waardoor de antimicrobiële behandeling wordt verplaatst van in vitro functionele tests naar in vivo voorspelling van de respons op de behandeling.