Approche omique intégrative de la rhinite allergique (IntegOmics)

Le mucus nasal et l'épithélium nasal sont les premières barrières de défense contre les allergènes. Diverses protéines se trouvent dans le mucus nasal qui jouent un rôle dans la rhinite allergique et reflètent la réponse immunitaire à l'exposition aux allergènes. La différence dans le profil protéomique des patients atteints de rhinite allergique et des témoins sains peut donner un aperçu du fonctionnement de la réponse et des protéines qui pourraient conduire à une réaction immunitaire améliorée ou à une réponse de défense comme l'augmentation de l'intégrité épithéliale. On sait également que l'épithélium des voies respiratoires joue un rôle crucial dans la régulation des réponses immunitaires et de l'inflammation des voies respiratoires. Le profilage de l'expression génique est largement utilisé pour analyser des maladies complexes. Pour le profil d'expression des gènes de l'épithélium des voies respiratoires à l'état malade et sain ainsi qu'à l'état initial et provoqué, il est possible de clarifier le mécanisme des réactions de défense et l'évolution des processus inflammatoires. Les protéines de la muqueuse nasale, conséquence de différentes expressions géniques, peuvent être considérées comme faisant partie des produits finaux de ces mécanismes complexes et des interactions entre les allergènes et l'épithélium.

Les protéines de la muqueuse nasale ont des origines et des sites de production différents et l'expression des gènes ne se traduit pas nécessairement par des métabolites fonctionnels. Le but de ce projet proposé est d'essayer d'analyser dans une approche protéomique holistique la réponse à l'allergène au niveau génétique/génomique de l'épithélium nasal au niveau protéomique/protéomique dans le mucus nasal. Cette analyse nous donne un aperçu de la façon dont les différents profils d'expression génique aboutissent à une expression protéique et clarifie davantage quelles protéines proviennent directement de l'épithélium et lesquelles sont le résultat d'une exsudation plasmatique ou sous-tendent différents processus de régulation.

Du mucus nasal, de la muqueuse nasale et du sérum seront obtenus à partir de patients atteints de rhinite allergique et de témoins sains. Le mucus nasal sera collecté avec un dispositif d'aspiration spécial équipé d'un piège à mucus du méat moyen sous contrôle endoscopique sans toucher la muqueuse. La muqueuse nasale sera obtenue à l'aide de brosses nasales sous anesthésie locale et mise en culture primaire. Sérum préparé à partir d'échantillons de sang. Les patients allergiques aux pollens de graminées ou d'arbres seront inclus et l'état allergique sera déterminé par des prick-tests cutanés et RAST (Radio-Allergo-Sorbent-test). La taille de l'échantillon visé sera de 15 patients par groupe. Des échantillons seront obtenus pendant et hors de la saison pollinique. Les patients allergiques rempliront un score de symptômes et des échantillons seront prélevés lorsque les symptômes sont forts (en saison pollinique) et disparus (hors saison pollinique). Pour les témoins sains, le moment du prélèvement de l'échantillon sera corrélé aux patients atteints de rhinite allergique pour avoir une exposition au pollen similaire. Le mucus nasal sera envoyé pour chromatographie liquide Spectrométrie de masse en tandem pour analyse protéomique et l'ARN des cellules épithéliales nasales sera isolé et envoyé pour analyse par micropuce. Par une approche intégrative en omique, l'expression des gènes et des protéines sera corrélée et l'interaction entre le mucus nasal et l'épithélium sera analysée. L'identification de gènes clés ou de groupes de gènes conduit à une identification plus poussée de protéines clés ou de groupes de protéines en tant que biomarqueurs qui pourraient servir à de nouvelles stratégies thérapeutiques ou diagnostiques dans la rhinite allergique. L'approche omique intégrative réduit les candidats potentiels puisque l'accent est mis sur l'expression des gènes épithéliaux et leurs produits protéiques et exclut les protéines qui sont très abondantes sans corrélation directe avec l'exposition aux allergènes, par ex. par exsudation plasmatique. De plus, l'analyse génomique et protéomique pourrait expliquer plus en détail comment la barrière du mucus et de l'épithélium est affectée par l'exposition aux allergènes. La comparaison avec des témoins sains et les changements longitudinaux tout au long de la saison éclairent davantage la façon dont ces individus réagissent à l'exposition aux allergènes et comment cela pourrait conduire à la prévention de la sensibilisation.