Comparaison des infections du sang avec les carbapénèmes hétéro-résistants vs les carbapénèmes résistants Klebsiella Pneumoniae (COMBAT)

Objectifs principaux:

1. Concevoir la pertinence clinique du phénomène d'hétéro-résistance aux carbapénèmes chez les souches de Klebsiella pneumoniae.
2. Identification des mécanismes de résistance moléculaire à l'origine de l'hétéro-résistance aux carbapénèmes chez les souches de Klebsiella pneumoniae
3. Identification de la précision du test de gradient (par ex. E-test) et test de diffusion sur disque pour la détection de l'hétérorésistance aux carbapénèmes par rapport à l'analyse PAP de référence

Hypothèse

Hypothèse principale

1- Le taux de mortalité à 30 jours est plus élevé dans les bactériémies causées par le CRKp que dans les Klebsiella pneumoniae hétérorésistantes aux carbapénèmes

Hypothèse secondaire

1. Les taux de rechute/réinfection à 90 jours sont similaires dans les groupes CRKp et Kp hétérorésistants aux carbapénèmes. Cependant, la monothérapie aux carbapénèmes est associée à un taux plus élevé de rechute/réinfection dans le traitement de l'infection du sang causée par la pneumonie à K. hétérorésistante aux carbapénèmes, même si elle est utilisée sous forme de doses élevées et de régimes de perfusion prolongés.
2. Le taux de guérison clinique à 14 jours est significativement plus élevé dans le groupe Kp hétérorésistant aux carbapénèmes que dans le groupe CRKp.
3. Le taux de guérison clinique à 14 jours est significativement plus faible chez les patients atteints de BSI causée par K. pneumoniae hétérorésistant aux carbapénèmes et traités par une monothérapie aux carbapénèmes.
4. Le taux de guérison microbiologique à 7 jours est significativement plus élevé dans le groupe Kp hétérorésistant aux carbapénèmes que dans le groupe CRKp.
5. Le taux de guérison microbiologique à 7 jours est significativement plus faible chez les patients ayant une BSI causée par K. pneumoniae hétérorésistant aux carbapénèmes et traités par une monothérapie aux carbapénèmes.

Étudier le design:

Étude prospective multicentrique multinationale

Cadre et période d'étude :

Les hôpitaux de soins tertiaires de différentes parties du monde seront inclus dans l'essai COMBAT. La période d'étude est prévue du 01.04.2020 au 01.04.2021 ou plus jusqu'à ce que la taille d'échantillon prédéfinie soit atteinte. Les enquêteurs locaux (primaires) recueilleront les données microbiologiques et cliniques des participants. Les enquêteurs du site examineront les données du laboratoire de microbiologie à intervalles quotidiens pour identifier les patients atteints de bactériémie Kp CRKp ou hétérorésistante aux carbapénèmes. Tous les patients consécutifs atteints de CRKp monobactérien ou de Kp BSI hétérorésistant aux carbapénèmes seront éligibles pour être évalués en vue de leur inclusion dans l'étude. La résistance aux carbapénèmes sera déterminée selon les critères CDC 2015. La présence d'hétéro-résistance aux carbapénèmes parmi les isolats d'hémoculture Kp sera initialement déterminée sur la base de l'observation de certaines sous-colonies dans la zone d'inhibition des carbapénèmes. La présence d'hétéro-résistance contre un seul type de carbapénèmes dont l'ertapénème, l'imipénème, le méroépénème sera suffisante pour être inclus. L'identification de sous-populations hétéro-résistantes aux carbapénèmes n'est pas rare lors de la réalisation de tests de diffusion sur disque ou de tests de gradient (par ex. E-test) dans nos pratiques quotidiennes. Cependant, la sensibilité et la spécificité exactes de ces tests d'identification de l'hétéro-résistance aux carbapénèmes chez les micro-organismes gram-négatifs ne sont pas encore connues. Les participants atteints de BSI causée par le Kp hétéro-résistant aux carbapénèmes défini par les résultats des tests de diffusion ou de gradient de disque seront recrutés dans le groupe Kp hétéro-résistant aux carbapénèmes. Cependant, les isolats cliniques Kp hétéro-résistants aux carbapénèmes seront transférés vers des centres de référence prédéfinis de chaque pays via des milieux de culture de transfert appropriés. Des profils d'analyse de population (PAP) seront réalisés pour ces agents pathogènes dans des centres de référence. Bien que le PAP soit une méthode recommandée pour l'identification de l'hétéro-résistance aux carbapénèmes, il est fastidieux pour les laboratoires de microbiologie pour une utilisation de routine. Les participants suspectés d'avoir une BSI avec Kp hétéro-résistant aux carbapénèmes sur la base de méthodes microbiologiques de routine seront initialement inclus et les données de ces patients seront enregistrées, mais ces patients seront exclus de notre analyse finale si l'analyse PAP ne confirme pas la présence d'hétéro-carbapénèmes. -résistance à ces pathogènes. L'analyse PAP sera utilisée comme test de confirmation pour l'identification de l'hétérorésistance aux carbapénèmes parmi les isolats de Klebsiella pneumoniae. Le PAP sera réalisé à la fin du recrutement des patients et après collecte de tous les isolats dans les centres de référence. Par conséquent, les décisions de traitement et toute autre intervention ne seront pas affectées par les résultats de l'analyse PAP. Le PAP ne sera utilisé que pour l'identification de la présence d'hétéro-résistance aux carbapénèmes parmi les isolats suspects en tant que méthode de référence. Cette étude sera purement observationnelle et aucune intervention ne se fera dans aucune partie du suivi des patients (par ex. diagnostic, traitement, etc.) et toutes les décisions seront prises par les médecins traitants. Brièvement, l'analyse PAP sera réalisée comme suit : une colonie issue d'une culture cultivée pendant une nuit sur gélose Columbia est inoculée dans 5 ml de bouillon Luria-Bertani. Après 24 h d'incubation, 0,1 ml de suspension bactérienne de densité correspondant à 0,5 McFarland est dilué en série et étalé sur de la gélose Mueller-Hinton contenant des dilutions en série de 2 de méropénème, imipénème, ertapénème avec des concentrations allant de 0,25 à 256 mg/L. Cent microlitres de dilution(s) en série décuplée(s) d'une suspension 0,5 McFarland sont étalés sur de la gélose Mueller-Hinton sans médicament et incubés pendant 48 h à 37 °C pour déterminer les UFC/ml. Les comptages de colonies à partir de trois plaques répétées sont effectués pour tous les isolats, et les valeurs moyennes sont estimées. Le nombre de cellules résistantes dans 0,1 ml de suspension bactérienne de départ est calculé et le log UFC/ml est tracé en fonction de la concentration d'antibiotique. La fréquence des sous-populations hétéro-résistantes à la concentration de médicament la plus élevée sera calculée et divisée par le nombre de colonies cultivées sur des plaques contenant des antibiotiques par le nombre de colonies du même inoculum bactérien plaqué sur des plaques sans antibiotique. Un protocole d'analyse PAP sera préparé et envoyé aux centres de référence pour effectuer le PAP plus facilement et avec les mêmes techniques dans chaque centre de référence. Les enquêteurs du site recueilleront également des isolats de CRKp et conserveront ces isolats dans des conditions appropriées jusqu'au moment du transfert pour analyse. Tous les isolats de CRKp seront envoyés aux laboratoires centraux de microbiologie de chaque pays pour identification des gènes de carbapénèmase en réalisant une PCR multiplex (réaction en chaîne polymérisée).

Taille de l'échantillon:

À notre connaissance, il n'existe aucune étude portant sur les résultats cliniques de la circulation sanguine ou d'autres types d'infections invasives causées par des bactéries gram négatives hétérorésistantes aux carbapénèmes dans la littérature. Par conséquent, cette étude sera menée comme une étude pilote. Néanmoins, 200 participants pour le bras CRKp et 100 participants pour le bras Klebsiella pneumonaie hétérorésistant aux carbapénèmes devraient être impliqués.

Suivre:

Les participants seront évalués pour l'éradication microbiologique au jour 7 par des hémocultures de contrôle et des cultures de la source d'infection primaire. Si l'agent pathogène responsable n'est pas éradiqué dans les 7 jours de suivi, des cultures consécutives seront prises entre 7 et 28 jours si nécessaire. Les patients seront également évalués pour la réponse clinique au jour 7 et au jour 14 en utilisant des paramètres pertinents. Tous les participants seront suivis pendant 90 jours après la date d'indexation de l'hémoculture. Au cours de cette période de suivi, une évaluation régulière à partir d'un prélèvement d'hémoculture sera effectuée et les participants seront principalement évalués pour l'apparition de toute infection (circulation sanguine ou autre type d'infection invasive) une fois par mois si les participants sortent. Les participants seront avertis de s'adresser à nos centres jusqu'à la fin de la période de suivi de 90 jours lorsque des symptômes d'infection se développent (par exemple, fièvre, frissons). De plus, les participants seront informés d'appeler les médecins qui sont les chercheurs principaux d'un centre particulier dans cette étude lorsque les participants arriveront à la clinique hospitalière ou au service des urgences. Les enquêteurs principaux évalueront les participants et enverront leurs échantillons de culture en fonction de la nécessité clinique. Après examen des résultats des cultures et de la présentation clinique, les patients seront répartis en infections à Klebsiella pneumoniae résistantes aux carbapénèmes ou hétéro-résistantes aux carbapénèmes. Si le participant est libéré avant la fin des 90 jours, il sera contacté par téléphone dans un intervalle de 30 jours pour évaluer les résultats de l'enquête.

Analyse microbiologique :

• Des tests de sensibilité aux antimicrobiens (AST) seront effectués dans chaque centre et ne seront pas répétés. Par conséquent, les résultats de l'AST seront obtenus à partir de la base de données de l'hôpital.
• Le PAP (Population Analysis Profiling) sera effectué dans les centres de référence de chaque pays pour identifier les isolats hétéro-résistants réels parmi les isolats suspects dans lesquels certaines sous-populations dans la zone d'inhibition dans le test de gradient (par exemple, le test E) ou le test de diffusion sur disque sont identifiées.
• La PCR multiplex sera utilisée pour l'identification des types de carbapénèmase (sera réalisée dans les centres de référence)
• Le séquençage du génome entier sera utilisé pour identifier les mécanismes moléculaires de l'hétéro-résistance aux carbapénèmes dans les isolats cliniques (sera réalisé dans des centres de référence)
• La résistance à la colistine sera étudiée par la méthode de microdilution en bouillon (sera effectuée dans les centres de référence)
• Les seuils EUCAST seront utilisés pour l'identification de la résistance à tous les antibiotiques à l'exception de la tigécycline pour laquelle les seuils FDA seront appliqués.
• Les résultats de la sensibilité aux antimicrobiens et des valeurs de CMI des carbapénèmes, de la colistine, de la tigécycline, de l'amikacine et de la gentamycine seront indiqués pour la plupart des sous-populations résistantes identifiées dans l'analyse PAP. Les valeurs de CMI des antibiotiques susmentionnés seront analysées dans des centres de référence en utilisant la méthode de microdilution en bouillon. Pour les autres antibiotiques, les résultats AST des isolats parentaux seront enregistrés et obtenus à partir de la base de données de l'hôpital.

Analyses statistiques:

Les variables ont été décrites en utilisant la médiane (écart interquartile) ou le nombre de fréquences selon le type de variable. Les variables catégorielles seront comparées par le test du chi carré de Pearson ou le test exact de Fisher si les cellules ont une fréquence de 5 ou moins et les variables continues par les tests U de Wilcoxon-Mann-Whitney pour les variables à distribution non normale ou le test t de Student pour les variables à distribution normale. Les groupes (CRKp vs Carbapenem hetero-resisant) ont été comparés en utilisant une analyse univariée pour définir les variables qui ont une différence significative entre les groupes de comparaison. Toutes les univariables avec une valeur P de 0,20 ou moins seront incluses dans les modèles de régression multivariée de Cox en les sélectionnant manuellement de manière rétrograde en fonction de la valeur clinique et de leur association. Le VIF (facteur d'inflation de la variance) sera calculé pour chaque variable incorporée dans le modèle multivarié. Le modèle le mieux ajusté sera choisi selon le test du rapport de vraisemblance. Dans une autre analyse comparant le groupe CRKp et le groupe hétéro-résistant aux carbapénèmes, un score de propension sera calculé et ce score sera intégré au modèle d'analyse de régression de Cox en tant que paramètre de confusion. Une analyse de régression de Cox sera appliquée pour comparer les résultats pertinents tels que la mortalité à 30 jours et les taux de guérison clinique à 14 jours.

La survie pendant 30 jours à partir de la première hémoculture positive a été tracée sous forme de courbes de Kaplan-Meier et les taux de survie ont été comparés par le test du log-rank pour évaluer l'effet de l'hétéro-résistance aux carbapénèmes. Tous les tests étaient bilatéraux et la signification a été fixée à 0,05 dans le logiciel SPSS (version 20.0 ; SPSS Inc., Chicago, IL, États-Unis).