Transplantation de microbiote fécal et ACHIM pour la manipulation du microbiote intestinal chez les patients atteints du SCI

Transplantation fécale (FMT), l'infusion d'une préparation fécale d'un donneur sain dans le tractus gastro-intestinal d'un autre être humain est capable de modifier le microbiome intestinal du nouvel hôte. Il y a des spéculations selon lesquelles les matières fécales humaines d'un donneur sain pourraient constituer le "probiotique" idéal, suggérant ainsi la FMT comme option de traitement pour les conditions où un microbiote altéré a été détecté, y compris le syndrome du côlon irritable (IBS) . Le microbiote intestinal humain cultivé en anaérobiose (ACHIM) est un moyen alternatif de manipuler le microbiote intestinal au lieu de la FMT. La suspension ACHIM est un écosystème naturel de bactéries intestinales normales cultivées et propagées régulièrement en laboratoire (in vitro). Après 20 ans de culture, ACHIM a conservé la même riche biodiversité que l'échantillon de selles d'origine, provenant d'un donneur sain en 1995. ACHIM peut rétablir l'équilibre écologique de l'intestin lorsqu'il a été perturbé (dysbiose), par ex. après un traitement antibiotique. ACHIM a jusqu'à présent été administré à plus de 400 patients (la plupart souffrant d'une infection récurrente à Clostridium difficile) sans qu'aucun effet secondaire grave n'ait été observé. Des tests microbiologiques ont montré qu'ACHIM est un microbiote fonctionnel bien équilibré et contient les principaux phylums bactériens Firmicutes, Bacteroidetes, Proteobacteria et Actinobacteria .

Ainsi, dans la présente étude vise à comparer la sécurité et l'efficacité de ces méthodes pour soulager les symptômes chez les patients atteints d'IBS. Compte tenu des préoccupations éthiques concernant les effets indésirables inconnus et à long terme de la thérapie FMT, seuls les patients présentant des symptômes modérés à sévères seront inclus.

But:

L'objectif principal de cette étude pilote ouverte était de comparer ces deux méthodes de manipulation intestinale (FMT et ACHIM) chez les patients atteints du SII.

Les objectifs secondaires étaient les suivants;

1. Évaluer et comparer l'innocuité et l'efficacité de la suspension FMT et ACHIM pour soulager les symptômes chez les patients atteints du SII.
2. Évaluer et comparer le FMT et l'ACHIM sur la qualité de vie.
3. Comparer la caractérisation détaillée de la composition de la communauté microbienne (au moyen du profilage de l'ARNr 16S) et la détermination de la cinétique des changements après FMT et ACHIM vs placebo.

Conception de l'étude Participants et taille de l'échantillon Dans une étude en aveugle, les patients qui répondent aux critères de Rome III pour le SII avec des symptômes abdominaux modérés à sévères seront inclus. Les patients seront randomisés en trois groupes pour recevoir soit FMT, suspension ACHIM ou placebo (propres matières fécales), et ils seront suivis pendant 12 semaines en ce qui concerne les paramètres d'efficacité et de sécurité, ainsi que l'analyse des échantillons fécaux.

Sélection des donneurs :

Les donneurs de flore fécale sont des individus sains vivant dans le même ménage que les patients. Tous les donneurs sont examinés avant le don pour une exposition antérieure à des agents infectieux contagieux. Le dépistage sanguin comprenait des tests sérologiques pour l'hépatite A, l'hépatite B, l'hépatite C, le VIH, le virus d'Epstein-Barr et le cytomégalovirus. Tous les échantillons de selles des donneurs sont cultivés pour les pathogènes bactériens entériques et dépistés pour les virus et les parasites.

Procédures d'étude La suspension de matières fécales fraîches d'un membre de la famille proche pour FMT ou ACHIM sera instillée dans le duodénum via un endoscope. Cette voie d'administration s'est révélée sûre dans toutes les études.

• Protocole de transplantation de fèces : Des échantillons de selles fraîches sont obtenus immédiatement avant la FMT. 60 ml de solution saline N stérile à 0,9 % sont ajoutés à un échantillon de selles d'un poids d'environ 30 g et homogénéisés manuellement. À l'abri de la vue des patients, 40 ml de suspension fécale sont instillés par le canal de travail d'un gastroscope dans la partie inférieure du duodénum, ​​puis rincés avec 60 ml de solution saline N stérile à 0,9 %.
• Protocole de transplantation ACHIM : La suspension ACHIM (ACHIM Biotherapeutics, Suède) est administrée par le canal de travail d'un gastroscope dans la partie inférieure du duodénum, ​​puis rincée avec 60 ml de solution saline N stérile à 0,9 %.
• Des échantillons de selles seront prélevés deux fois avant l'étude (semaine - 4 et -0-1), puis après les semaines 1, 4 et 12 et après 6 mois. Les excréments des donneurs pour FMT seront également collectés. Les selles sèches fraîches congelées sont échantillonnées à tout moment, aliquotées et stockées à -80 degrés (<24 heures de la production à la livraison).
• Analyses d'ADN microbien : L'analyse du microbiote a été réalisée à l'aide du test de dysbiose Genetic Analysis (GA) map™ (Genetic Analysis AS, Oslo, Norvège). Le test GA est basé sur des techniques classiques de biologie moléculaire, comprenant l'homogénéisation des échantillons fécaux et la désintégration mécanique des cellules bactériennes ; combiné avec la lyse cellulaire chimique; extraction automatisée de l'ADN génomique bactérien total à l'aide de billes magnétiques ; Amplification de l'ADN par réaction en chaîne par polymérase (PCR) de l'acide ribonucléique ribosomal (ARNr) 16S couvrant les régions variables V3-V9 ; marquage de sonde par extension d'un seul nucléotide ; hybridation à des sondes complémentaires couplées à des billes magnétiques ; et détection de signal à l'aide de l'analyseur BioCode 1000A 128-Plex (Applied BioCode, Santa Fe Springs, Californie, États-Unis). Un indice de dysbiose (DI) supérieur à 2 (maximum 5) indique un microbiote différent du groupe de référence (DI 1-2 : non dysbiose, DI 3 : modéré, DI 4-5 : dysbiose sévère).
• Prélèvements sanguins (numération sanguine complète, tests des fonctions rénales et hépatiques) et analyse d'urine.
• Évaluation des symptômes et de la qualité de vie : Les symptômes gastro-intestinaux, les habitudes intestinales et la qualité de vie seront enregistrés au cours d'une période de suivi de 12 semaines, au jour 0, aux semaines 1, 4, 12 et 28 pour l'évaluation des symptômes et de la qualité de vie. Les patients sont invités à signaler la sévérité des symptômes globaux du SII et chacun des symptômes (diarrhée, ballonnements, flatulences et douleur) au cours de la semaine précédente, en utilisant une échelle à quatre points (0 = aucun, 1 = léger, 2 = modéré, 3 = sévère). L'échelle de gravité des symptômes de l'IBS (IBS-SSS) contient 5 questions évaluées sur une échelle visuelle analogique (EVA) de 100 points (l'intensité des douleurs abdominales, la fréquence des douleurs abdominales, l'intensité de la distension abdominale, l'insatisfaction à l'égard des habitudes intestinales, et interférence avec la qualité de vie). Le score va de 0 à 500, un score plus élevé indiquant la pire condition (les scores < 175 représentent des symptômes légers du SII, 175 à 300 représentent une gravité modérée, > 300 représentent un SII sévère). Il a été démontré qu'une diminution de 50 points sur l'IBS-SSS est corrélée à l'amélioration des symptômes cliniques.

La forme abrégée de l'indice de dyspepsie de Nepean (SF-NDI) sera utilisée pour évaluer la qualité de vie.

Analyses statistiques:

L'analyse longitudinale de la composition du microbiote sera effectuée avec des mesures répétées ANOVA (pour la diversité alpha et l'abondance bactérienne). Si les données ne sont pas normales, une transformation racine carrée arcsinus ou un test non paramétrique sera utilisé. Le microbiote des selles du donneur et du receveur d'origine sera comparé (mesures de la diversité alpha et de l'abondance des taxons) au départ et à chaque point de temps d'échantillonnage des selles du receveur à l'aide de méthodes non paramétriques ou paramétriques.

Considérations de sécurité :

Une longue expérience a été acquise au cours des dernières années à l'hôpital universitaire de Haukeland dans la réalisation de FMT pour le Cl résistant au traitement. difficile et ont développé un vaste programme pour identifier les donneurs de fèces sûrs pour la FMT. Au fil des ans, aucun effet secondaire grave n'est survenu. Le sous-ensemble de patients atteints du SCI qui sont éligibles pour l'étude sont généralement des patients présentant un lourd fardeau de symptômes, avec peu d'alternatives de traitement. Par conséquent, l'équilibre entre les problèmes de sécurité et la possibilité d'amélioration des symptômes est considéré comme positif et soulignera l'importance de collecter des données de sécurité sur FMT et ACHIM avant que ce traitement ne devienne plus largement utilisé.