Évaluation prospective de l'outil de R&D en IA pour la stratification des patients - Évaluation du mécanisme d'action dans le cancer du sein triple négatif (PEAR-MET) (PEAR-MET)

Il s'agit d'une étude observationnelle basée au Royaume-Uni qui vise à découvrir de nouveaux biomarqueurs prédictifs susceptibles de guider la prise de décision en matière de traitement et de prolonger la SSP et la SG chez les patients atteints de TNBC avancé. Les patients subiront une biopsie à l'aiguille obligatoire et spécifique à l'étude ou une aspiration à l'aiguille fine de la tumeur du sein ou des métastases avant de commencer leur prochaine ligne de traitement. L'échantillon de recherche sera analysé avec le test de Pear Bio pendant que le patient reçoit un traitement selon le choix de son médecin. Cette étude n'utilisera pas l'outil de Pear Bio pour éclairer le choix du traitement, l'oncologue traitant étant aveugle aux résultats des tests. Les données sur la réponse au traitement seront collectées à plusieurs moments pour effectuer des analyses sur les objectifs secondaires et tertiaires de l'étude.

Les résections de tissus frais qui arrivent au laboratoire de Pear Bio subiront un traitement, une culture cellulaire et divers dosages de médicaments et tests omiques (en fonction du nombre de cellules extraites). Les échantillons de tumeurs seront traités à l'aide d'un kit d'isolement cellulaire pour récupérer une suspension unicellulaire viable. Un minimum de 100 000 cellules (10 000 cellules viables par puce) seront utilisées pour la coloration avec des colorants de suivi des cellules vivantes et mortes. En parallèle, des flacons de sang seront traités pour les PBMC et une extraction ultérieure des cellules effectrices (cytométrie en flux, Dynabeads, etc.). Les cellules restantes seront utilisées pour le séquençage (ADN/ARN), fixées pour la caractérisation par immunofluorescence du statut des biomarqueurs/récepteurs ou utilisées pour d'autres tests omiques (si le nombre de cellules le permet). Cela peut inclure des tests de charge mutationnelle tumorale et d’instabilité des microsatellites.

Les cellules colorées seront cultivées dans un hydrogel biomimétique au sein de l'organe sur puce de Pear Bio afin de fournir un environnement physiologique 3D pour les expériences de dosage de médicaments. À l'aide d'un dispositif microfluidique, les échantillons de chaque puce seront exposés à des thérapies approuvées (soit en monothérapie, soit en thérapies combinées, comme indiqué ci-dessous) sur plusieurs jours.

En parallèle, les PBMC seront extraites du sang total, caractérisées et triées par cytométrie en flux et tri cellulaire activé par fluorescence (FACS) ou sélection de billes magnétiques. Cellules d'intérêt (par ex. Cellules T CD8+) seront utilisées pour la culture dans les puces de Pear Bio conjointement avec des cellules isolées de l'échantillon de tumeur apparié. Pour tester les immunothérapies, les cellules tumorales seront co-cultivées avec des cellules immunitaires dans une architecture d'organe sur puce modifiée. Les puces recevant des immunothérapies peuvent être testées pour déterminer la charge mutationnelle tumorale et/ou l'instabilité des microsatellites.

Une microscopie confocale sera réalisée quotidiennement pour collecter des données d'image 3D des cellules et suivre leur position et leur comportement au fil du temps. À la fin du test, les cultures cellulaires 3D seront fixées pour d'autres analyses d'immunofluorescence 3D ou utilisées pour l'intégration, la section et l'évaluation de la transcriptomique spatiale. Pour les thérapies ciblées, les données RNAseq, IF et autres données omiques seront intégrées pour confirmer le MoA du médicament et identifier d’autres cibles thérapeutiques potentielles. Parallèlement, les données d'images 3D sont traitées via un pipeline de vision par ordinateur pour mesurer les paramètres fonctionnels des cultures cellulaires 3D ex vivo, notamment la viabilité cellulaire, la largeur de la culture cellulaire et la migration cellulaire, à la fois au niveau de la tumeur globale et à une résolution unicellulaire. Pour les immunothérapies, des mesures supplémentaires telles que l'infiltration des cellules immunitaires et la destruction des cellules immunitaires seront enregistrées. Un rapport de patient est ensuite généré pour décrire la réponse d'un échantillon de patient individuel à chaque thérapie testée.