Avaliação prospectiva da ferramenta de P&D de IA para estratificação de pacientes - avaliação do mecanismo de ação no câncer de mama triplo negativo (PEAR-MET) (PEAR-MET)

Este é um estudo observacional baseado no Reino Unido que visa descobrir novos biomarcadores preditivos com potencial para orientar a tomada de decisão de tratamento e prolongar a PFS e OS em pacientes com TNBC avançado. Os pacientes serão submetidos a uma biópsia obrigatória com agulha específica do estudo ou aspiração com agulha fina do tumor de mama ou metástase antes de iniciar a próxima linha de terapia. A amostra da pesquisa será analisada no teste da Pear Bio enquanto o paciente recebe a terapia de acordo com a escolha do médico. Este estudo não utilizará a ferramenta da Pear Bio para informar a escolha do tratamento, estando o oncologista responsável pelo tratamento cego aos resultados do teste. Os dados de resposta ao tratamento serão coletados em vários momentos para conduzir análises nos objetivos secundários e terciários do estudo.

As ressecções de tecidos frescos que chegam ao laboratório da Pear Bio serão submetidas a processamento, cultura celular e diversas dosagens de medicamentos e ensaios ômicos (dependendo do número de células extraídas). Amostras de tumor serão processadas usando um kit de isolamento celular para recuperar uma suspensão unicelular viável. Um mínimo de 100.000 células (10.000 células viáveis ​​por chip) serão usadas para coloração com corantes de rastreamento de células vivas e mortas. Paralelamente, frascos de sangue serão processados ​​para PBMCs e posterior extração de células efetoras (citometria de fluxo, Dynabeads, etc). As células restantes serão utilizadas para sequenciamento (DNA/RNA), fixadas para caracterização de biomarcadores/receptores por imunofluorescência ou utilizadas para ensaios ômicos adicionais (se o número de células permitir). Isto pode incluir carga mutacional tumoral e testes de instabilidade de microssatélites.

As células coradas serão cultivadas em um hidrogel biomimético dentro do órgão em um chip da Pear Bio para fornecer um ambiente 3D fisiológico para experimentos de dosagem de drogas. Usando um dispositivo microfluídico, as amostras em cada chip serão expostas a terapias aprovadas (como monoterapia ou terapias combinadas, conforme descrito abaixo) durante vários dias.

Paralelamente, as PBMCs serão extraídas do sangue total, caracterizadas e classificadas por citometria de fluxo e classificação de células ativadas por fluorescência (FACS) ou seleção de esferas magnéticas. Células de interesse (por ex. Células T CD8+) serão usadas para cultura em chips da Pear Bio juntamente com células isoladas da amostra tumoral correspondente. Para testar imunoterapias, as células tumorais serão cocultivadas com células do sistema imunológico em uma arquitetura modificada de órgão em um chip. Os chips que recebem imunoterapias podem ser testados quanto à carga mutacional tumoral e/ou instabilidade de microssatélites.

A microscopia confocal será realizada diariamente para coletar dados de imagens 3D das células e rastrear sua posição e comportamento ao longo do tempo. No final do ensaio, as culturas de células 3D serão fixadas para posteriores análises de imunofluorescência 3D ou utilizadas para incorporação, seccionamento e avaliação de transcriptômica espacial. Para terapias direcionadas, dados de RNAseq, IF e outros dados ômicos serão integrados para confirmar o MoA do medicamento e identificar outros alvos terapêuticos potenciais. Ao mesmo tempo, os dados de imagem 3D são processados ​​através de um pipeline de visão computacional para medir métricas funcionais das culturas de células 3D ex vivo, incluindo a viabilidade celular, a largura da cultura celular e a migração celular, tanto no nível do tumor em massa quanto na resolução unicelular. Para imunoterapias, serão registradas métricas adicionais, como infiltração de células imunológicas e morte de células imunológicas. Um relatório do paciente é então gerado para descrever a resposta de uma amostra individual do paciente a cada terapia testada.