Проспективная оценка инструмента исследований и разработок искусственного интеллекта для стратификации пациентов - оценка механизма действия при тройном негативном раке молочной железы (PEAR-MET) (PEAR-MET)

Это обсервационное исследование в Великобритании, целью которого является обнаружение новых прогностических биомаркеров, которые могут помочь в принятии решений о лечении и продлить ВБП и ОВ у пациентов с распространенным ТНРМЖ. Прежде чем приступить к следующей линии терапии, пациентам будет проведена обязательная, специфичная для исследования пункционная биопсия или тонкоигольная аспирация опухоли или метастазов молочной железы. Исследовательский образец будет проверяться с помощью теста Pear Bio, пока пациент получает терапию по выбору врача. В этом исследовании не будет использоваться инструмент Pear Bio для информирования о выборе лечения, поскольку лечащий онколог не знает результатов испытаний. Данные об ответе на лечение будут собираться в различные моменты времени для проведения анализа вторичных и третичных целей исследования.

Свежие резекции тканей, поступающие в лабораторию Pear Bio, подвергаются обработке, культивированию клеток, а также различным дозировкам лекарств и омическим анализам (в зависимости от количества извлеченных клеток). Образцы опухолей будут обработаны с использованием набора для выделения клеток для получения жизнеспособной одноклеточной суспензии. Для окрашивания красителями, отслеживающими живые и мертвые клетки, будет использовано минимум 100 000 клеток (10 000 жизнеспособных клеток на чип). Параллельно флаконы с кровью будут обрабатываться для получения РВМС и дальнейшего извлечения эффекторных клеток (проточная цитометрия, Dynabeads и т. д.). Остальные клетки будут использоваться для секвенирования (ДНК/РНК), фиксирования для иммунофлуоресцентной характеристики статуса биомаркеров/рецепторов или использования для дальнейших омических анализов (если позволяет количество клеток). Это может включать в себя тестирование мутационной нагрузки опухоли и тестирование микросателлитной нестабильности.

Окрашенные клетки будут культивироваться в биомиметическом гидрогеле внутри «органа-на-чипе» Pear Bio, чтобы обеспечить физиологическую трехмерную среду для экспериментов по дозированию лекарств. С помощью микрофлюидного устройства образцы в каждом чипе будут подвергаться утвержденному лечению (в виде монотерапии или комбинированной терапии, как описано ниже) в течение нескольких дней.

Параллельно РВМС будут экстрагированы из цельной крови, охарактеризованы и отсортированы с помощью проточной цитометрии и сортировки клеток, активируемых флуоресценцией (FACS), или отбора магнитных шариков. Клетки интереса (например, CD8+ Т-клетки) будут использоваться для культивирования в чипах Pear Bio совместно с клетками, выделенными из соответствующего образца опухоли. Для тестирования иммунотерапии опухолевые клетки будут культивировать совместно с иммунными клетками в модифицированной архитектуре «орган-на-чипе». Чипы, получающие иммунотерапию, могут быть проверены на наличие опухолевой мутационной нагрузки и/или микросателлитной нестабильности.

Конфокальная микроскопия будет проводиться ежедневно для сбора данных трехмерных изображений клеток и отслеживания их положения и поведения с течением времени. В конце анализа 3D-клеточные культуры будут зафиксированы для дальнейшего 3D-иммунофлуоресцентного анализа или использованы для встраивания, секционирования и оценки пространственной транскриптомики. Для таргетной терапии данные RNAseq, IF и другие омики будут интегрированы для подтверждения MoA препарата и определения других потенциальных терапевтических мишеней. Одновременно данные трехмерного изображения обрабатываются с помощью конвейера компьютерного зрения для измерения функциональных показателей трехмерных клеточных культур ex vivo, включая жизнеспособность клеток, ширину клеточной культуры и миграцию клеток, как на уровне объемной опухоли, так и с разрешением отдельных клеток. Для иммунотерапии будут записываться дополнительные показатели, такие как инфильтрация иммунных клеток и уничтожение иммунных клеток. Затем создается отчет пациента, в котором описывается реакция отдельного образца пациента на каждую протестированную терапию.