Evaluación prospectiva de la herramienta de I+D de IA para la estratificación de pacientes: evaluación del mecanismo de acción en cáncer de mama triple negativo (PEAR-MET) (PEAR-MET)

Se trata de un estudio observacional realizado en el Reino Unido que tiene como objetivo descubrir nuevos biomarcadores predictivos con el potencial de guiar la toma de decisiones de tratamiento y prolongar la SLP y la SG en pacientes con TNBC avanzado. Los pacientes se someterán a una biopsia con aguja gruesa obligatoria y específica del estudio o una aspiración con aguja fina del tumor de mama o metástasis antes de comenzar su siguiente línea de terapia. La muestra de investigación se ejecutará en la prueba de Pear Bio mientras el paciente recibe la terapia según la elección de su médico. Este estudio no utilizará la herramienta de Pear Bio para informar la elección del tratamiento, ya que el oncólogo tratante estará cegado a los resultados de la prueba. Los datos de respuesta al tratamiento se recopilarán en múltiples momentos para realizar análisis sobre los objetivos secundarios y terciarios del estudio.

Las resecciones de tejido fresco que lleguen al laboratorio de Pear Bio se someterán a procesamiento, cultivo celular y diversos ensayos ómicos y de dosificación de fármacos (dependiendo del número de células extraídas). Las muestras de tumores se procesarán utilizando un kit de aislamiento celular para recuperar una suspensión unicelular viable. Se utilizará un mínimo de 100.000 células (10.000 células viables por chip) para teñir con tintes de seguimiento de células vivas y muertas. Paralelamente, se procesarán viales de sangre para PBMC y una mayor extracción de células efectoras (citometría de flujo, Dynabeads, etc.). Las células restantes se usarán para secuenciación (ADN/ARN), se fijarán para la caracterización por inmunofluorescencia de biomarcadores/estado de receptores o se usarán para ensayos ómicos adicionales (si el número de células lo permite). Esto puede incluir pruebas de carga mutacional tumoral y de inestabilidad de microsatélites.

Las células teñidas se cultivarán en un hidrogel biomimético dentro del órgano en un chip de Pear Bio para proporcionar un entorno fisiológico 3D para experimentos de dosificación de fármacos. Utilizando un dispositivo de microfluidos, las muestras de cada chip se expondrán a terapias aprobadas (ya sea como monoterapia o terapias combinadas, como se describe a continuación) durante varios días.

Paralelamente, las PBMC se extraerán de sangre completa, se caracterizarán y clasificarán mediante citometría de flujo y clasificación de células activadas por fluorescencia (FACS) o selección de perlas magnéticas. Células de interés (p. ej. Las células T CD8+) se utilizarán para el cultivo en chips de Pear Bio junto con células aisladas de la muestra de tumor compatible. Para probar inmunoterapias, las células tumorales se cultivarán conjuntamente con células inmunitarias en una arquitectura modificada de órgano en un chip. Los chips que reciben inmunoterapias pueden someterse a pruebas para detectar carga mutacional tumoral y/o inestabilidad de microsatélites.

Se realizará microscopía confocal diariamente para recopilar datos de imágenes en 3D de las células y rastrear su posición y comportamiento a lo largo del tiempo. Al final del ensayo, los cultivos de células 3D se fijarán para análisis de inmunofluorescencia 3D adicionales o se utilizarán para incrustar, seccionar y evaluar la transcriptómica espacial. Para las terapias dirigidas, se integrarán RNAseq, IF y otros datos ómicos para confirmar el MoA del fármaco e identificar otros posibles objetivos terapéuticos. Al mismo tiempo, los datos de imágenes en 3D se procesan a través de un sistema de visión por computadora para medir las métricas funcionales de los cultivos celulares en 3D ex vivo, incluida la viabilidad celular, el ancho del cultivo celular y la migración celular, tanto a nivel de tumor masivo como a una resolución de una sola célula. Para las inmunoterapias, se registrarán métricas adicionales como la infiltración de células inmunitarias y la destrucción de células inmunitarias. Luego se genera un informe del paciente para describir la respuesta de una muestra de paciente individual a cada terapia probada.