Fenotipizzazione dell'adenocarcinoma dell'intestino tenue (BIONADEGE)

La coorte NADEGE coinvolge 75 centri e ha arruolato 365 pazienti. Tra questi 232 pazienti hanno avuto una resezione del tumore primario in 58 centri. Questa sarà la più grande serie al mondo di SBA per lo studio biologico. I pazienti arruolati nella coorte NADEGE erano a conoscenza dello studio biologico e la loro autorizzazione alla realizzazione è già stata raccolta.

I dati clinici di base dei pazienti arruolati nella coorte NADEGE sono già disponibili e sono stati presentati in una sessione di discussione poster al congresso 2013 della Società europea di oncologia medica. In tutta la coorte la sede primaria era il duodeno nel 51% dei pazienti e una malattia predisponente è stata riportata nel 18,8% dei pazienti, principalmente morbo di Crohn nell'8% e sindrome di Lynch nel 6% dei pazienti. Il follow-up è in corso. L'analisi della sopravvivenza libera da recidiva a 3 anni è prevista nel 2015 e l'analisi della sopravvivenza globale a 5 anni nel 2017.

Oggi 187 campioni di tumore sono raccolti e archiviati nel reparto di patologia dell'ospedale Saint Antoine (Parigi). Tra questi 187 tumori gli stadi tumorali sono: stadio 0: 4, stadio I: 10, stadio II: 34, stadio III: 63, stadio indeterminato non metastatico: 30 (quindi 141 tumori non metastatici) e stadio IV: 48, e le primarie sono: duodeno: 128, digiuno: 31, ileo: 27, indeterminato: 3. La chemioterapia eseguita è stata FOLFOX nell'80% dei casi.

Work Package 1: Database (team 1) I dati clinici della coorte NADEGE sono raccolti con un e-crf. I dati descrittivi iniziali sono già monitorati dal team GERCOR. I risultati sono già stati presentati. BIONADEGE è uno studio ausiliario pianificato della coorte NADEGE. Le domande complementari ai fini di BIONADEGE saranno indirizzate dal team 1 al ricercatore NADEGE. I dati di follow-up per progressione (pazienti metastatici), recidiva (pazienti non metastatici) e morte (tutti i pazienti) saranno ottenuti ogni 6 mesi. I dati di follow-up saranno raccolti fino al 2019 al fine di ottenere un follow-up di 5 anni per tutti i pazienti.

Pacchetto di lavoro 2: Anatomopatologia (team 2) Tutti i campioni tumorali sono già depositati nel laboratorio di patologia dell'ospedale Saint Antoine. I vetrini dell'area tumorale rappresentativa saranno selezionati e inviati all'università Paris Descartes per consentire l'estrazione del DNA. Verranno eseguiti microarrays tissutali (TMA) per studi di validazione immunoistochimica. Diversi potenziali marcatori prognostici saranno valutati come la proteina MismatchRepair (MMR), P53, beta-catenina, proteina c-myc. Altri marcatori predittivi per la chemioterapia come hENT1, O6-metilguanina DNA metiltransferasi (MGMT) e per la terapia mirata come Proto-oncogene tirosina-proteina chinasi (ROS1), recettore del fattore di crescita dell'epatocita c-Met (HGFR), Alk, recettore del fattore di crescita epidermico umano -2 (HER-2) e morte cellulare programmata 1 (PD-1). I casi che sovraesprimono le proteine ​​HER-2 e HGFR mediante immunoistochimica saranno testati mediante ibridazione fluorescente in situ (FISH).

Work Package 3: Biochimica (team 3) Il DNA verrà estratto dal blocco tumorale dell'unità universitaria S1147 secondo il seguente protocollo. Utilizzando un punch da 1,0 mm, i tessuti inclusi in paraffina di tutti i casi saranno campionati da aree rappresentative che conterranno più del 50% delle cellule tumorali. Il DNA verrà quindi estratto da ciascun campione seguendo le raccomandazioni del produttore. Il team3 utilizzerà una sonda taqman allele-specifica competitiva progettata sull'allele Kras wild type (Hs.00000174-rf - Life Technologies) sulla diluizione seriale di ciascun campione di DNA per quantificare il DNA amplificabile. Solo i campioni con più di 10 ng di DNA amplificabile verranno conservati per il sequenziamento. Il DNA di ciascun campione verrà amplificato. Sarà studiata la presenza di più di 740 mutazioni somatiche hot spot nei 46 geni. L'analisi dei dati, compreso l'allineamento al genoma di riferimento umano hg19 e l'identificazione delle varianti, sarà effettuata utilizzando il Software of Life Technologies. Gli allineamenti saranno verificati visivamente e annotati con il software di Integrative Biosoftware. Una variazione di sequenza sarà considerata come una potenziale mutazione se (i) la copertura è superiore a 200×, (ii) la frequenza allelica è superiore al 10%, (iii) la polarizzazione del filamento è compresa tra 0,2 e 0,8, (iv) la la variazione non è riportata nel database dei 1000 genomi, (v) la variazione è una variazione missenso o non senso. Tutte queste variazioni selezionate saranno controllate utilizzando le tecniche di sequenziamento di Sanger utilizzando frammenti amplificati di meno di 150 bp centrati sulla potenziale mutazione.