Fenotypizace adenokarcinomu tenkého střeva (BIONADEGE)

Kohorta NADEGE zahrnuje 75 center a bylo do ní zařazeno 365 pacientů. Z toho 232 pacientů mělo resekci primárního nádoru v 58 centrech. Jedná se o největší sérii na světě SBA pro biologické studium. Pacienti zařazení do kohorty NADEGE věděli o biologické studii a jejich oprávnění k provedení je již shromážděno.

Výchozí klinická data pacientů zařazených do kohorty NADEGE jsou již k dispozici a byla prezentována v diskusním posteru na kongresu Evropské společnosti pro lékařskou onkologii v roce 2013. Ve všech kohortách byl primární lokalizací duodenum u 51 % pacientů a predisponující onemocnění bylo hlášeno u 18,8 % pacientů, zejména Crohnova choroba u 8 % a Lynchův syndrom u 6 % pacientů. Sledování probíhá. Analýza 3letého přežití bez recidivy je plánována v roce 2015 a analýza 5letého celkového přežití v roce 2017.

Dnes je na patologickém oddělení nemocnice Saint Antoine (Paříž) odebráno a archivováno 187 vzorků nádorů. Mezi těmito 187 nádory je stádium nádoru: stadium 0:4, stadium I: 10, stadium II: 34, stadium III: 63, neurčené stadium nemetastazující: 30 (tedy 141 nemetastazujících nádorů) a stadium IV: 48, a primární jsou: duodenum: 128, jejunum: 31, ileon: 27, neurčen: 3. Provedená chemoterapie byla FOLFOX v 80 % případů.

Pracovní balíček 1: Databáze (tým 1) Klinická data kohorty NADEGE se shromažďují pomocí e-crf. Prvotní popisná data jsou již sledována týmem GERCOR. Výsledky již byly prezentovány. BIONADEGE je plánovaná doplňková studie kohorty NADEGE. Doplňkové dotazy pro účely BIONADEGE budou adresovány týmem 1 vyšetřovateli NADEGE. Údaje o sledování progrese (pacienti s metastázami), recidivy (nemetastazující pacient) a úmrtí (všichni pacienti) budou získávána každých 6 měsíců. Údaje o sledování budou shromažďovány do roku 2019, aby bylo možné získat 5leté sledování pro všechny pacienty.

Pracovní balíček 2: Anatomopatologie (tým 2) Všechny vzorky nádorů jsou již uloženy v patologické laboratoři nemocnice Saint Antoine. Sklíčka z reprezentativní oblasti nádoru budou vybrána a odeslána na pařížskou Descartovu univerzitu, aby umožnila extrakci DNA. Budou provedeny tkáňové mikročipy (TMA) pro imunohistochemické validační studie. Bude hodnoceno několik potenciálních prognostických markerů jako protein MismatchRepair (MMR), P53, beta-catenin, protein c-myc. Další prediktivní markery pro chemoterapii jako hENT1, O6-methylguanin DNA metyltransferáza (MGMT) a pro cílenou terapii jako Proto-onkogen tyrosin-proteinkináza (ROS1), receptor c-Met hepatocytárního růstového faktoru (HGFR), Alk, receptor lidského epidermálního růstového faktoru Hodnotí se také -2 (HER-2) a Programovaná buněčná smrt 1 (PD-1). Případy nadměrně exprimující HER-2 a protein HGFR pomocí imunohistochemie budou testovány pomocí fluorescenční in situ hybridizace (FISH).

Pracovní balíček 3: Biochemie (tým 3) DNA bude extrahována z nádorového bloku na univerzitní jednotce S1147 podle následujícího protokolu. Pomocí 1,0 mm děrovače budou ze všech případů odebrány vzorky tkání zalitých v parafínu z reprezentativních oblastí, které budou obsahovat více než 50 % nádorových buněk. DNA bude poté extrahována z každého vzorku podle doporučení výrobce. Tým3 použije kompetitivní alelově specifickou taqman sondu navrženou na alele divokého typu Kras (Hs.00000174-rf - Life Technologies) na sériové ředění každého vzorku DNA za účelem kvantifikace amplifikovatelné DNA. Pro sekvenování budou uchovány pouze vzorky s více než 10 ng amplifikovatelné DNA. DNA z každého vzorku bude amplifikována. Bude zkoumána přítomnost více než 740 hot spot somatických mutací ve 46 genech. Analýza dat, včetně srovnání s lidským referenčním genomem hg19 a volání variant, bude provedena pomocí Software of Life Technologies. Zarovnání budou vizuálně ověřena a opatřena poznámkami pomocí softwaru Integrative Biosoftware. Sekvenční variace bude považována za potenciální mutaci, pokud (i) pokrytí je vyšší než 200×, (ii) alelická frekvence je vyšší než 10 %, (iii) zkreslení vlákna je od 0,2 do 0,8, (iv) variace není uvedena v databázi 1000 genomů, (v) variace je chybná nebo nesmyslná variace. Všechny tyto vybrané variace budou řízeny pomocí Sangerovy sekvenační techniky s použitím amplifikovaných fragmentů menších než 150 bp se středem na potenciální mutaci.