Fenotyping av tynntarmsadenokarsinom (BIONADEGE)

NADEGE-kohorten involverer 75 sentre og hadde registrert 365 pasienter. Blant dem fikk 232 pasienter en reseksjon av primærtumoren i 58 sentre. Dette testamentet er den største serien i verden av SBA for biologiske studier. Pasientene som ble registrert i NADEGE-kohorten var klar over den biologiske studien, og deres autorisasjon til å utføre er allerede samlet inn.

Baseline kliniske data fra pasienter som er registrert i NADEGE-kohorten er allerede tilgjengelige og ble presentert i en plakatdiskusjonssesjon på European Society for Medical Oncology-kongressen 2013. I alle kohortene var den primære plasseringen duodenum hos 51 % av pasientene, og en disponerende sykdom ble rapportert hos 18,8 % av pasientene, hovedsakelig Crohns sykdom hos 8 % og Lynch syndrom hos 6 % av pasientene. Oppfølgingen pågår. Analysene av 3-års residivfri overlevelse er planlagt i 2015 og analysen av 5-års total overlevelse i 2017.

I dag er 187 tumorprøver samlet inn og arkivert i patologiavdelingen ved Saint Antoine sykehus (Paris). Blant disse 187 svulstene er svulststadiet: stadium 0: 4, stadium I: 10, stadium II: 34, stadium III: 63, ubestemt stadium ikke-metastatisk: 30 (dermed 141 ikke-metastatiske svulster) og stadium IV: 48, og de primære er: duodenum: 128, jejunum: 31, ileon: 27, ubestemt: 3. Kjemoterapien som ble utført var FOLFOX i 80 % av tilfellene.

Arbeidspakke 1: Database (team 1) De kliniske dataene til NADEGE-kohorten samles inn med en e-crf. De første beskrivende dataene er allerede overvåket av GERCOR-teamet. Resultatene er allerede presentert. BIONADEGE er en planlagt hjelpestudie av NADEGE-kohorten. De komplementære spørsmålene for formålet med BIONADEGE vil bli adressert av team 1 til NADEGE-etterforskeren. Oppfølgingsdata for progresjon (metastatiske pasienter), tilbakefall (ikke-metastaserende pasient) og død (alle pasienter) vil bli innhentet hver 6. måned. Det vil bli samlet inn oppfølgingsdata frem til 2019 for å få 5-års oppfølging for alle pasientene.

Arbeidspakke 2: Anatomopatologi (team 2) Alle svulstprøvene ligger allerede i patologilaboratoriet ved Saint Antoine sykehus. Lysbilder fra representativt tumorområde vil bli valgt og sendt til Paris Descartes-universitetet for å tillate DNA-ekstraksjon. Vevsmikroarrays (TMA) for immunhistokjemivalideringsstudier vil bli utført. Flere potensielle prognostiske markører vil bli vurdert som MismatchRepair (MMR) protein, P53, beta-catenin, c-myc protein. Andre prediktive markører for kjemoterapi som hENT1, O6-metylguanin-DNA-metyltransferase (MGMT) og for målrettet terapi som proto-onkogen tyrosin-proteinkinase (ROS1), hepatocyttvekstfaktorreseptor c-Met (HGFR), Alk, Human Epidermal Growth Factor Receptor -2 (HER-2) og Programmert celledød 1 (PD-1) vil også bli vurdert. Tilfellene som overuttrykker HER-2- og HGFR-protein ved immunhistokjemi vil bli testet av Fluorescent In Situ Hybridization (FISH).

Arbeidspakke 3: Biokjemi (team 3) DNA vil bli ekstrahert fra tumorblokk i universitetsenheten S1147 i henhold til følgende protokoll. Ved å bruke en 1,0 mm stans, vil parafininnstøpt vev fra alle tilfeller bli tatt prøver fra representative områder som vil inneholde mer enn 50 % av tumorceller. DNA vil deretter bli ekstrahert fra hver prøve etter produsentens anbefaling. Teamet3 vil bruke en konkurrerende allelspesifikk taqman-probe designet på Kras villtypeallel (Hs.00000174-rf - Life Technologies) på seriefortynning av hver DNA-prøve for å kvantifisere amplifiserbart DNA. Kun prøver med mer enn 10 ng amplifiserbart DNA vil bli beholdt for sekvenseringen. DNA fra hver prøve vil bli amplifisert. Tilstedeværelsen av mer enn 740 hot spot somatiske mutasjoner i de 46 genene vil bli undersøkt. Dataanalyse, inkludert justering til hg19-humanreferansegenomet og variantanrop, vil bli gjort ved hjelp av Software of Life Technologies. Justeringer vil bli visuelt verifisert og kommentert med programvaren til Integrative Biosoftware. En sekvensvariasjon vil betraktes som en potensiell mutasjon hvis (i) dekningen er over 200×, (ii) den alleliske frekvensen er over 10 %, (iii) trådskjevheten er fra 0,2 til 0,8, (iv) variasjon er ikke rapportert i 1000 genom-databasen, (v) variasjonen er en missense eller en non-sense variasjon. Alle disse utvalgte variasjonene vil bli kontrollert ved å bruke Sanger-sekvenseringsteknikken ved å bruke amplifiserte fragmenter på mindre enn 150 bp sentrert på den potensielle mutasjonen.