신경유전학 환자 등록부

임상적 표현형 또는 유전 질환을 뒷받침하는 혈통이 있는 신경유전학 클리닉에서 본 환자가 연구를 위해 고려될 것입니다. 상염색체 열성 유전은 영향을 받지 않은 다른 자녀를 가질 수 있는 건강한 부모를 둔 적어도 두 명의 영향을 받은 형제자매에 의해 제안될 것입니다. 상염색체 우성 유전은 여러 세대에 걸쳐 영향을 받는 여러 가족 구성원에 의해 제안될 것입니다. 가족력의 부족은 상염색체 열성 유전 또는 새로운 상염색체 우성 유전을 암시할 수 있습니다.

정보에 입각한 동의는 연구 절차 또는 유전자 검사 전에 완료됩니다. 신경유전학 클리닉에서 진찰을 받는 환자는 일상적인 클리닉 방문 중에 신경유전학 연구 참여에 대해 접근할 것입니다. 진료소에서 진찰을 받는 소아과 환자의 부모는 서면 동의서를 제공해야 합니다. 정보에 입각한 동의를 얻은 후 연구 팀 구성원은 비식별화된 환자 정보를 데이터베이스에 입력합니다. 생물 저장소에 대한 참여도 승인되면 사용 가능한 보관 표본은 식별되지 않고 특정 실험실 또는 공동 작업자 실험실에 배치됩니다.

알려진 신경유전학 환자가 사망한 경우, 사망한 환자의 법적 대리인(또는 가장 가까운 친족)에게 접근하여 이 연구에 포함할 연구 데이터 및 저장된 표본에 대한 허가를 제공할 수 있습니다. 다시 말하지만, 그들의 보호된 건강 정보(생검 또는 부검에서 임상적으로 얻은 모든 샘플 포함)는 보호되고 참여를 위해 비식별화됩니다.

직계 가족 구성원(영향을 받은 개인, 영향을 받은 사람 및 영향을 받지 않은 형제자매 및 부모)은 최소한 삼중 가족(어머니, 아버지, 영향을 받은 자녀)을 공부하는 것을 목표로 합니다. 어떤 경우에는 가족이 은행에 보관된 DNA를 가진 사망한 개인을 가질 수 있습니다. 가족이 이러한 샘플을 포함하는 데 관심이 있는 경우 사망자의 가장 가까운 친족이나 사망자의 유산 집행자로부터 서면 동의를 받아야 합니다.

이용 가능한 진단 방법으로 진단되지 않은 유전 질환을 암시하는 가족력은 광범위한 유전적 평가를 받은 후 연구를 위해 고려될 것입니다. 영향을 받은 형제자매와 영향을 받지 않은 형제자매, 부모 모두를 제외하고 영향을 받은 개인이 연구에 고려될 것입니다.

연구 대상자는 연구 프로토콜에 대해 논의하고 정보에 입각한 동의를 얻기 위해 연구 팀의 구성원이 볼 것입니다. 또한 유전 상담을 위한 연구 조사의 최종 결과가 나오면 클리닉에서 볼 수 있고 결과를 논의할 것입니다. 필요한 경우 연구와 관련되지 않은 다른 임상적 이유로 진료소에서 볼 수 있습니다.

방법론:

목표 1: 신경 유전학 클리닉이 2명의 임상 아동 신경과 전문의와 유전 상담사로 구성되어 잠재적인 신경 유전 질환이 있는 진단되지 않은 환자를 평가하고 임상적으로 적절한 검사를 지시합니다. 신경유전학적 장애로 진단된 환자는 종적 관리 및 적절한 재평가를 위해 추적될 것입니다.

목표 2: 정보에 입각한 동의를 얻고 사전 테스트 유전 상담이 제공됩니다. 혈액 채취, 소변 검체 수집, 협측 면봉 수집 및 필요한 경우 조직 생검 샘플을 포함하여 임상적으로 적절한 검사가 지시됩니다. 적절한 임상 검사 후 남은 상기 검사의 DNA 샘플은 생물 저장소에 보관하고 추가 적절한 연구 검사를 위해 사용됩니다. 차세대 시퀀싱은 임상적으로 적절한 경우 환자의 보험 회사에서 승인한 대로 사용 가능한 상용 실험실을 통해 주문됩니다. 보험 보장이 거부되는 경우 연구 테스트는 정보에 입각한 동의 및 사전 테스트 상담 후 협력 실험실을 통해 수행되도록 지시됩니다.

목표 3의 경우: 비식별 임상 정보, 실험실 분석, 영상 연구 및 유전 연구를 포함하는 환자 데이터베이스가 유지됩니다. 혈액 및 기타 DNA/조직 샘플의 생체 저장소는 적절한 임상/협력 실험실에 보관됩니다. 환자 데이터베이스는 환자의 상태를 더 잘 설명하거나 향후 잠재적인 치료법 개발을 돕기 위해 환자별 중개 연구 연구에 참여하기 위한 잠재적 적격 피험자의 식별 및 모집을 용이하게 할 것입니다.

피츠버그 대학을 통해 다양한 분야에서 공동 작업자가 확인되어 잠재적인 새로운 유전자/의미를 알 수 없는 변형의 기능 분석을 돕기 위해 차세대 테스트, 생물 정보학 분석, 기초 과학 연구원 연구를 제공하는 데 도움이 됩니다. 이 이니셔티브의 비전은 진단되지 않은 환자에 대한 새로운 유전자 검사 데이터를 기능적 특성화를 위한 벤치로 가져갈 수 있는 것입니다. 이를 통해 희귀 환자의 개인화된 치료를 위해 현재 사용 가능한 약물을 용도 변경하거나 도움이 될 수 있기를 바랍니다. 미래의 새로운 치료법 개발.

실험적 접근:

혈액 채취는 연구 목적으로 추가 튜브를 채취하여 임상적으로 지시된 대로 지시됩니다. 최대 20mL의 전혈이 EDTA 튜브에 수집됩니다. DNA는 표준 실험실 프로토콜에 따라 추출됩니다. 사망한 개인의 경우 가능한 경우 보관된 DNA 소스를 사용합니다. 가장 가까운 친척이 사망한 개인에 대한 대리 동의서에 서명합니다. 전체 엑솜 시퀀싱(엑솜 증폭 및 시퀀싱) 및/또는 전체 게놈 시퀀싱은 실험실 프로토콜에 따라 수행되며 이 프로토콜에 대한 공동 작업자/컨설턴트 중 한 명과 협의하여 상업용 실험실 또는 실험실로 보내집니다. 공동 작업자 실험실을 통한 전체 엑솜 연구는 보험 제공자가 임상 테스트를 보장하지 않는 환자에게 제공됩니다.

공동 작업자가 제공하는 생물 정보학 분석은 NGS의 원시 데이터를 분석하는 데 사용됩니다. 유전적 장애를 유발하는 것으로 알려진 특정 유전자의 변이를 찾기 위해 표준 분석이 사용됩니다. 발견된 전체 엑솜 또는 전체 게놈 시퀀싱의 모든 변형은 dbSNP 데이터베이스, 1000 Genome Project 및 NHLBI(http://evs.gs.washington.edu/EVS/)에서 공개적으로 사용 가능한 엑솜/게놈과 비교됩니다. 일반적인 변형을 제외하고 ClinVar(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/) 및 ExAC(ExAC.broadinstitute.org)에서 사용 가능한 데이터와 비교됩니다. PolyPhen 및 SIFT와 같은 사용 가능한 소프트웨어를 사용한 변이체 병원성 예측도 분석에 사용됩니다. 영향을 받은 개체에서 발견된 변이를 각 부모에서 발견된 변이와 비교하면 후보 변이의 수가 더욱 줄어듭니다. 상염색체 우성 장애의 경우, 이 전략은 부모가 장애의 비발현 보인자가 아니라고 가정할 때 de novo 코딩 변형을 발견할 수 있습니다. 대조적으로, 열성 장애에서는 각 부모가 영향을 받은 어린이에게서 확인된 질병 유발 변이 중 하나를 가지고 있어야 합니다. X-연관 장애의 경우 발단기에 새로 발생하지 않는 한 산모가 질병의 보인자여야 합니다. GERP 점수(Genomic Evolutionary Rate Profiling)와 같은 보존 점수도 기록됩니다. 고도로 보존된 잔기의 변경은 기능적으로 더 중요할 가능성이 높습니다. 전사체가 여러 개인 유전자는 특별한 고려가 필요합니다. 이 상황에서 효과 추정은 표준 전사체의 추정으로 제한되며 후보 유전자의 변형은 CLIA 인증 실험실에서 Sanger 시퀀싱으로 확인됩니다.

생리학적 관련성 평가: 유사한 실험에 대한 출판된 문헌 보고서를 기반으로, 우리는 <10개 미만의 후보 유전자와 아마도 1개 정도로 적을 것으로 예상합니다. 하나 이상의 후보 유전자가 확인되면 여러 가지 방법으로 생리학적 관련성을 평가할 것입니다. 첫째, 아미노산 변화는 진화 전반에 걸친 보존을 위해 평가될 것입니다. 고도로 보존된 잔기의 변경은 기능적으로 더 중요할 가능성이 높습니다. 다음으로 우리는 EST 데이터베이스와 "가상 노던 블롯"의 검사를 통해 예측된 조직 발현을 평가할 것입니다. 단백질 구조를 현저하게 변화시킬 것으로 예상되는 아미노산 변화는 기능적 연구를 통해 추가로 평가될 것입니다.

시간 프레임 및 후속 연구: 제안된 시퀀싱 연구는 일단 샘플을 확보하면 비교적 신속하게 완료할 수 있습니다. 생물정보학적 분석에는 추가 시간이 필요합니다. PI는 이 프로젝트를 통해 얻은 데이터를 사용하여 유전적 장애에 대한 중요한 혈통 증거가 있는 환자 또는 원인을 알 수 없는 유전 증후군이 있는 환자의 기본 분자 결함을 체계적으로 특성화하기 위한 보조금 신청을 준비합니다. 이 프로젝트를 통해 얻은 예비 데이터는 또한 식별된 결함을 연구하기 위한 추가 보조금 신청으로 이어질 것입니다.

혈액 채취는 UPMC 어린이 병원의 정맥 절개 연구실 또는 연구실 직원이 환자를 볼 수 있는 기타 UPMC 시설에서 영향을 받은 개인, 건강한 부모 및 영향을 받지 않은 형제자매에게 수행됩니다. 혈액 채취는 5-10분 이상 걸리지 않아야 합니다. 표본을 확보하고 조사자에게 배송하기 위해 개인 및 해당 지역의 정맥 절개 실험실과 대체 조치를 취할 수 있습니다.