Profilowanie małych RNA w EBC u sportowców (AirBiopsy)
Wykonalność profilowania małych RNA metodą sekwencjonowania nowej generacji w kondensacie wydychanego powietrza i jego modulacja przez maksymalny wysiłek fizyczny: badanie pilotażowe
Tło: Kondensat wydychanego powietrza (EBC) to nieinwazyjnie pobierany płyn biologiczny zawierający lotne i nielotne związki, w tym małe RNA. Profilowanie małych RNA w EBC wydaje się obiecującym podejściem do identyfikacji i opracowywania minimalnie inwazyjnych biomarkerów chorób płuc; jednak dowody metodologiczne pozostają ograniczone i niejednorodne.
Cele: Ocena technicznej wykonalności ekstrakcji małych RNA i sekwencjonowania nowej generacji (NGS) z EBC oraz scharakteryzowanie profili małych RNA w spoczynku i po maksymalnym wysiłku, wykorzystując EBC jako modelową matrycę dla dynamicznych zmian fizjologicznych.
Metody: W badaniu pilotażowym przeprowadzonym w ramach badań statutowych na Uniwersytecie Medycznym w Białymstoku (B.SUB.25.512 i B.SUB.25.529) przeanalizowaliśmy 22 próbki EBC pobrane za pomocą urządzenia RTube od 11 zdrowych ochotników i 3 pacjentów z rakiem płuca i współistniejącą POChP (GOLD 3-4), w spoczynku i po standaryzowanym maksymalnym wysiłku potwierdzonym testem wysiłkowym z oceną czynności układu oddechowego i krążenia (CPET). Całkowite RNA wyekstrahowano przy użyciu komercyjnego zestawu do izolacji RNA o wysokiej przepustowości przeznaczonego dla próbek biologicznych o niskiej zawartości kwasów nukleinowych, zestawu miRNeasy Serum/Plasma Advanced Kit (Qiagen), zgodnie z protokołem producenta z modyfikacjami. Biblioteki małych RNA wytworzono przy użyciu wysokoczułego zestawu do przygotowania bibliotek sekwencjonowania małych RNA TrueQuant Small RNA-Seq Library Preparation Kit (GenXPro GmbH) z unikalnymi identyfikatorami molekularnymi (UMI) i zsekwencjonowano na platformie Illumina. Odczyty przetworzono za pomocą Cutadapt i FastQC, zmapowano iteracyjnie do genomu referencyjnego hg38 (Homo sapiens) przy użyciu Bowtie2, wyrównano względem szeregu baz danych RNA, w tym miRNA (miRBase), tRNA (GtRNAdb), piRNA (piRNAdb), ncRNA (ENSEMBL) i cDNA (ENSEMBL) i skwantowano za pomocą HTSeq. Analizę różnicowej ekspresji (DEA) i analizę głównych składowych (PCA) przeprowadzono za pomocą DESeq2.
Przegląd badań
Status
Typ studiów
Zapisy (Rzeczywisty)
Kontakty i lokalizacje
Lokalizacje studiów
-
-
Podlaskie Voivodeship
-
Bialystok, Podlaskie Voivodeship, Polska, 15-540
- Department of Respiratory Physiopathology, Medical University of Bialystok
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Metoda próbkowania
Badana populacja
Opis
Kryteria włączenia:
- zdolność do wykonania CPET
- zdolność do wykonania spirometrii
Kryteria wykluczenia:
- brak świadomej zgody
- bezwzględne przeciwwskazania do CPET lub spirometrii
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
|---|
|
Dawcy skondensowanego powietrza wydechowego
dawcy EBC: sportowcy (22) i chorzy na raka płuc (3)
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Ramy czasowe |
|---|---|
|
profil małych RNA
Ramy czasowe: Od sierpnia 2025 do grudnia 2025
|
Od sierpnia 2025 do grudnia 2025
|
|
Zbiór EBC
Ramy czasowe: Od stycznia 2025 do sierpnia 2025
|
Od stycznia 2025 do sierpnia 2025
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)
Ukończenie studiów (Rzeczywisty)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Inne numery identyfikacyjne badania
- APK.002.584.2024
- B.SUB.25.512 (Inny identyfikator: Medical University of Bialystok)
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Opis planu IPD
Ramy czasowe udostępniania IPD
Kryteria dostępu do udostępniania IPD
Typ informacji pomocniczych dotyczących udostępniania IPD
- PROTOKÓŁ BADANIA
- SOK ROŚLINNY
- ICF
- CSR
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .