Perfil de Pequenos ARN em EBC em Atletas (AirBiopsy)

Enquadramento: O condensado do ar exalado (CAE) é um biofluido recolhido de forma não invasiva, contendo compostos voláteis e não voláteis, incluindo pequenos ARN. A análise de perfil de pequenos ARN no CAE parece ser uma abordagem promissora para identificar e desenvolver biomarcadores minimamente invasivos para doenças pulmonares; no entanto, as evidências metodológicas permanecem limitadas e heterogéneas.

Objetivos: Avaliar a viabilidade técnica da extração de pequenos ARN e do sequenciamento de nova geração (NGS) a partir do CAE e caracterizar os perfis de pequenos ARN em repouso e após exercício máximo, utilizando o CAE como matriz modelo para alterações fisiológicas dinâmicas.

Métodos: Num estudo piloto realizado como parte da investigação estatutária na Universidade Médica de Białystok (B.SUB.25.512 e B.SUB.25.529), analisámos 22 amostras de CAE recolhidas com o dispositivo RTube de 11 voluntários saudáveis e 3 doentes com cancro do pulmão e DPOC coexistente (GOLD 3-4), em repouso e após exercício máximo padronizado confirmado por teste de exercício cardiopulmonar (CPET). O ARN total foi extraído utilizando um kit comercial de isolamento de ARN de alto rendimento concebido para amostras biológicas com baixo teor de ácidos nucleicos, o miRNeasy Serum/Plasma Advanced Kit (Qiagen), de acordo com o protocolo do fabricante com modificações. As bibliotecas de pequenos ARN foram geradas utilizando o kit de preparação de biblioteca para sequenciação de pequenos ARN TrueQuant de alta sensibilidade e baixo input (GenXPro GmbH) com identificadores moleculares únicos (UMIs) e sequenciadas numa plataforma Illumina. As leituras foram processadas com Cutadapt e FastQC, mapeadas iterativamente para o genoma de referência hg38 (Homo sapiens) utilizando Bowtie2, alinhadas contra uma série de bases de dados de ARN, incluindo miRNA (miRBase), tRNA (GtRNAdb), piRNA (piRNAdb), ncRNA (ENSEMBL) e cDNA (ENSEMBL) e quantificadas com HTSeq. A análise de expressão diferencial (AED) e a análise de componentes principais (ACP) foram realizadas com DESeq2.