Molekylär och cellulär karakterisering av MALT-lymfom

Redan befintligt och kodat tumörbiologiskt material och hälsorelaterad patientdata kommer att samlas in retrospektivt från institutionella biobanker och patientjournaler eller elektroniska medicinska journaler efter etiskt godkännande. Varje patient som ingår i studien tilldelas en unik identifikationsnumerisk kod vid registrering i studien. Den unika identifikationskoden kommer att användas för att registrera hälsorelaterad data och för att märka biologiska prover. Det kodade biologiska materialet kommer att överföras till koordineringscentret vid Institute of Oncology Research (IOR) i Bellinzona. Hälsorelaterad data kommer att samlas in i det elektroniska fallrapportformuläret (eCRF) (OpenClinica). Datakvalitet säkerställs genom generering av frågor.

Annoterade baslinjeegenskaper kommer att inkludera diagnosdatum, biopsidatum, ålder, kön, Eastern Cooperative Oncology Group Performance Status (ECOG PS), Ann Arbor-stadium, laktatdehydrogenas (LDH), antal och placering av extranodala platser, benmärgsengagemang och procentandel, perifert blodengagemang, antal nodala platser, B-symtom, lymfknutor större än 7 cm, hemoglobin (Hb), trombocyter, lymfocyter, beta-2-mikroglobulin, albumin, infektioner (hepatit C-virus, Helicobacter pylori, Chlamydophila psittaci, Achromobacter xylosoxidans, Campylobacter jejuni), förekomst och typ av serumparaprotein.

Annoterade uppföljningsegenskaper inkluderade datum för progression till en sjukdom som kräver behandling, typ av första linjens behandling, startdatum för första linjens behandling, datum för progression efter första linjens behandling, datum för andra linjens behandling, typ av andra linjens behandling, transformationsdatum, dödsdatum, dödsorsak och datum för senaste uppföljning. Mutationsanalys, immunoglobulin-gener och T-cellreceptoromarrangemangsanalys, kopiantalsavvikelseanalys, strukturell variantanalys och deoxiribonukleinsyra (DNA)-metyleringsprofil kommer att utföras genom nästa generations sekvensering av genomiskt DNA extraherat från biopsin. Genuttryck kommer att bedömas genom nästa generations sekvensering av RNA extraherat från biopsin. Proteinexpressionsnivå kommer att bedömas med masspektrometri av proteiner extraherade från biopsin. AI-baserad beräkningspatologi kommer att utföras på digitaliserade helslidesbilder av biopsin för att extrahera kvantitativa histologiska egenskaper.

Enkelcells-transkriptomisk profilering kommer att användas för att lösa intratumoral heterogenitet och för att definiera maligna och icke-maligna cellulära populationer. Efter kvalitetskontroll, normalisering och batchkorrigering kommer oövervakad klustring att tillämpas för att identifiera transkriptionellt distinkta celltillstånd. Maligna B-cellspopulationer kommer att särskiljas från reaktiva B-celler med en kombination av kopiantalsinferens, immunoglobulinexpressionsmönster och kanoniska markörgener. Differentiell expressanalys och väganrikningsanalyser kommer att genomföras för att identifiera signaleringsprogram associerade med anatomisk plats, immunologisk kontext och sjukdomsegenskaper.

I detalj:

• Spatial transkriptomik och/eller spatial proteomik kommer att användas för att bevara vävnadsarkitektur och bedöma den spatiala organisationen av tumörceller, immuninfiltrat och stromakomponenter. Spatiala domäner och cellulära grannskap kommer att identifieras med hjälp av datadrivna segmenterings- och grannskapsanalysmetoder. Spatial samlokalisering och interaktionsanalyser kommer att användas för att inferera tumör-mikromiljö-korsprat, immunuteslutnings- eller aktiveringsnischer och plats-specifika spatiala mönster som kan påverka terapeutiskt svar.
• Immunrepertoarprofilering (BCR/TCR-sekvensering) kommer att integreras, där tillgängligt, för att bedöma klonalitet, antigendriven selektion och spatial fördelning av immunkloner. I maligna B-celler kommer immunoglobulinegenskaper att användas för att utforska bevis på antigenberoende och pågående selektion, medan TCR-diversitet och expansion kommer att utvärderas i relation till immunologiska nischer och tumörnärhet.
• Proteomiska och/eller epigenetiska data, när tillgängliga, kommer att införlivas för att förfina funktionell tolkning av transkriptionella program och för att identifiera posttranskriptionella eller regulatoriska mekanismer som ligger till grund för observerade cellulära tillstånd.

Korsmodal integration kommer att utföras med etablerade beräkningsramverk för att generera enhetliga celltillståndsannotationer och vägaktivitetsresultat. Jämförande analyser över anatomiska platser kommer att vara en central bedömning. Konserverade kontra plats-specifika cellulära tillstånd, immunologiska sammansättningar och signaleringsvägar kommer att systematiskt utvärderas för att identifiera delade sjukdomsmekanismer såväl som kontextberoende egenskaper. Associationer med kliniska variabler (t.ex. ursprungsplats, tidigare behandling, sjukdomsstadium) kommer att utforskas på ett explorativt, hypotesgenererande sätt.

Alla analyser kommer att följa reproducerbara beräkningsarbetsflöden med sträng kvalitetskontroll, lämplig korrigering för tekniska confounders och transparent rapportering av begränsningar. De resulterande dataseten och analytiska utdata kommer att tillhandahålla ett integrerat molekylärt och spatialt referensramverk för MALT-lymfom, vilket stöder nedströms biomarköridentifiering och framtida translationella studier.