Caracterización Molecular y Celular del Linfoma MALT

El material biológico tumoral ya existente y codificado y los datos de salud relacionados con el paciente se recopilarán retrospectivamente de los biobancos institucionales y de las historias clínicas o registros médicos electrónicos de los pacientes tras la recepción de la aprobación ética. Cada paciente incluido en el estudio recibirá un código numérico de identificación único al registrarse en el estudio. El código de identificación único se utilizará para registrar los datos relacionados con la salud y para etiquetar las muestras biológicas. El material biológico codificado se transferirá al centro coordinador en el Instituto de Investigación Oncológica (IOR) en Bellinzona. Los datos relacionados con la salud se recopilarán en el formulario de informe de caso electrónico (eCRF) (OpenClinica). La calidad de los datos se garantizará mediante la generación de consultas.

Las características basales anotadas incluirán la fecha de diagnóstico, fecha de biopsia, edad, género, estado de rendimiento del Grupo Cooperativo de Oncología del Este (ECOG PS), estadio de Ann Arbor, lactato deshidrogenasa (LDH), número y ubicación de sitios extranodales, afectación de la médula ósea y porcentaje, afectación de la sangre periférica, número de sitios nodales, síntomas B, ganglios linfáticos mayores de 7 cm, hemoglobina (Hb), plaquetas, linfocitos, beta-2-microglobulina, albúmina, infecciones (virus de la hepatitis C, Helicobacter pylori, Chlamydophila psittaci, Achromobacter xylosoxidans, Campylobacter jejuni), presencia y tipo de paraproteína sérica.

Las características de seguimiento anotadas incluyeron la fecha de progresión a una enfermedad que requiere tratamiento, tipo de tratamiento de primera línea, fecha de inicio del tratamiento de primera línea, fecha de progresión después del tratamiento de primera línea, fecha del tratamiento de segunda línea, tipo de tratamiento de segunda línea, fecha de transformación, fecha de muerte, causa de muerte y fecha del último seguimiento. El análisis de mutaciones, los genes de inmunoglobulina y el análisis de reordenamiento del receptor de células T, el análisis de aberración del número de copias, el análisis de variantes estructurales y el perfil de metilación del ácido desoxirribonucleico (ADN) se realizarán mediante secuenciación de próxima generación del ADN genómico extraído de la biopsia. La expresión génica se evaluará mediante secuenciación de próxima generación del ARN extraído de la biopsia. La expresión proteica se evaluará mediante espectrometría de masas de las proteínas extraídas de la biopsia. La patología computacional basada en IA se realizará en imágenes digitalizadas de portaobjetos completos de la biopsia para extraer características histológicas cuantitativas.

La caracterización transcriptómica de células individuales se utilizará para resolver la heterogeneidad intratumoral y definir poblaciones celulares malignas y no malignas. Después del control de calidad, normalización y corrección de lotes, se aplicará agrupación no supervisada para identificar estados celulares transcripcionalmente distintos. Las poblaciones de células B malignas se distinguirán de las células B reactivas utilizando una combinación de inferencia del número de copias, patrones de expresión de inmunoglobulina y genes marcadores canónicos. Se realizarán análisis de expresión diferencial y enriquecimiento de vías para identificar programas de señalización asociados con el sitio anatómico, el contexto inmunológico y las características de la enfermedad.

En detalle:

• Se emplearán transcriptómica espacial y/o proteómica espacial para preservar la arquitectura tisular y evaluar la organización espacial de las células tumorales, infiltrados inmunitarios y componentes del estroma. Los dominios espaciales y los vecindarios celulares se identificarán utilizando enfoques de segmentación basados en datos y análisis de vecindarios. Los análisis de co-localización e interacción espacial se utilizarán para inferir la comunicación cruzada entre el tumor y el microambiente, los nichos de exclusión o activación inmunitaria y los patrones espaciales específicos del sitio que puedan influir en la respuesta terapéutica.
• La caracterización del repertorio inmunitario (secuenciación de BCR/TCR) se integrará, cuando esté disponible, para evaluar la clonalidad, la selección impulsada por antígenos y la distribución espacial de los clones inmunitarios. En las células B malignas, las características de las inmunoglobulinas se utilizarán para explorar evidencia de dependencia antigénica y selección en curso, mientras que la diversidad y expansión del TCR se evaluarán en relación con los nichos inmunitarios y la proximidad al tumor.
• Los datos proteómicos y/o epigenéticos, cuando estén disponibles, se incorporarán para refinar la interpretación funcional de los programas transcripcionales e identificar mecanismos post-transcripcionales o regulatorios subyacentes a los estados celulares observados.

La integración multimodal se realizará utilizando marcos computacionales establecidos para generar anotaciones unificadas del estado celular y puntuaciones de actividad de vías. Los análisis comparativos entre sitios anatómicos serán una evaluación central. Los estados celulares conservados versus específicos del sitio, las composiciones inmunitarias y las vías de señalización se evaluarán sistemáticamente para identificar mecanismos compartidos de la enfermedad, así como características dependientes del contexto. Las asociaciones con variables clínicas (por ejemplo, sitio de origen, tratamiento previo, estadio de la enfermedad) se explorarán de manera exploratoria y generadora de hipótesis.

Todos los análisis seguirán flujos de trabajo computacionales reproducibles con control de calidad riguroso, corrección adecuada de factores de confusión técnicos y reporte transparente de limitaciones. Los conjuntos de datos resultantes y los resultados analíticos proporcionarán un marco de referencia molecular y espacial integrado para el linfoma MALT, respaldando el descubrimiento de biomarcadores posteriores y futuros estudios traslacionales.