Molekulární a buněčná charakterizace MALT lymfomu

Již existující a zakódovaný nádorový biologický materiál a zdravotní údaje pacientů budou retrospektivně shromážděny z institucionálních biobank a z pacientových záznamů nebo elektronických zdravotních záznamů po obdržení etického schválení. Každému pacientovi zařazenému do studie bude při registraci do studie přidělen jedinečný identifikační číselný kód. Jedinečný identifikační kód bude použit k zaznamenání zdravotních údajů a k označení biologických vzorků. Zakódovaný biologický materiál bude převeden do koordinačního centra v Institutu onkologického výzkumu (IOR) v Bellinzoně. Zdravotní údaje budou shromážděny v elektronickém formuláři případové studie (eCRF) (OpenClinica). Kvalita dat bude zajištěna generováním dotazů.

Anotované základní charakteristiky budou zahrnovat datum diagnózy, datum biopsie, věk, pohlaví, výkonnostní stav Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG PS), Ann Arbor stadium, laktátdehydrogenázu (LDH), počet a umístění extranodálních míst, postižení kostní dřeně a procento, postižení periferní krve, počet nodálních míst, B symptomy, lymfatické uzliny větší než 7 cm, hemoglobin (Hb), trombocyty, lymfocyty, beta-2-mikroglobulin, albumin, infekce (virus hepatitidy C, Helicobacter pylori, Chlamydophila psittaci, Achromobacter xylosoxidans, Campylobacter jejuni), přítomnost a typ paraproteinu v séru.

Anotované sledovací charakteristiky zahrnovaly datum progrese na onemocnění vyžadující léčbu, typ léčby první linie, datum zahájení léčby první linie, datum progrese po léčbě první linie, datum léčby druhé linie, typ léčby druhé linie, datum transformace, datum úmrtí, příčinu úmrtí a datum posledního sledování. Mutace, analýza imunoglobulinových genů a analýza přeskupení T-buněčného receptoru, analýza aberací počtu kopií, analýza strukturních variant a profil metylace deoxyribonukleové kyseliny (DNA) budou provedeny sekvenováním nové generace genomické DNA extrahované z biopsie. Exprese genů bude hodnocena sekvenováním nové generace RNA extrahované z biopsie. Exprese proteinů bude hodnocena hmotnostní spektrometrií proteinů extrahovaných z biopsie. Výpočetní patologie založená na umělé inteligenci bude provedena na digitalizovaných snímcích celého řezu biopsie za účelem extrakce kvantitativních histologických znaků.

Profilování transkriptomu jednotlivých buněk bude použito k řešení nitronádorové heterogenity a k definování maligních a nemaligních buněčných populací. Po kontrole kvality, normalizaci a korekci šarží bude aplikováno neřízené shlukování k identifikaci transkripčně odlišných buněčných stavů. Maligní populace B buněk budou odlišeny od reaktivních B buněk pomocí kombinace odvození počtu kopií, vzorců exprese imunoglobulinů a kanonických markerových genů. Diferenciální exprese a analýzy obohacení drah budou provedeny k identifikaci signalizačních programů spojených s anatomickým místem, imunitním kontextem a charakteristikami onemocnění.

Podrobně:

• Prostorová transkriptomika a/nebo prostorová proteomika budou použity k zachování tkáňové architektury a k posouzení prostorové organizace nádorových buněk, imunitních infiltrátů a stromálních složek. Prostorové domény a buněčná sousedství budou identifikovány pomocí přístupů založených na segmentaci dat a analýze sousedství. Analýzy prostorové kolokalizace a interakce budou použity k odvození komunikace mezi nádorem a mikroprostředím, imunitních výklenků vyloučení nebo aktivace a místně specifických prostorových vzorců, které mohou ovlivnit terapeutickou odpověď.
• Profilování imunitního repertoáru (sekvenování BCR/TCR) bude, kde je k dispozici, integrováno k posouzení klonality, antigenem řízené selekce a prostorového rozložení imunitních klonů. U maligních B buněk budou charakteristiky imunoglobulinů použity k prozkoumání důkazů závislosti na antigenu a probíhající selekce, zatímco diverzita TCR a expanze budou hodnoceny ve vztahu k imunitním výklenkům a blízkosti nádoru.
• Proteomická a/nebo epigenetická data, pokud budou k dispozici, budou začleněna k upřesnění funkční interpretace transkripčních programů a k identifikaci posttranskripčních nebo regulačních mechanismů podmiňujících pozorované buněčné stavy.

Křížová modální integrace bude provedena pomocí zavedených výpočetních rámců k vytvoření jednotných anotací buněčných stavů a skóre aktivity drah. Srovnávací analýzy mezi anatomickými místy budou ústředním hodnocením. Konzervované versus místně specifické buněčné stavy, imunitní složení a signalizační dráhy budou systematicky hodnoceny k identifikaci sdílených mechanismů onemocnění i kontextově závislých charakteristik. Asociace s klinickými proměnnými (např. místo původu, předchozí léčba, stadium onemocnění) budou prozkoumány průzkumným, hypotézy generujícím způsobem.

Všechny analýzy budou následovat reprodukovatelné výpočetní pracovní postupy s přísnou kontrolou kvality, vhodnou korekcí technických rušivých faktorů a transparentním hlášením omezení. Výsledné datové sady a analytické výstupy poskytnou integrovaný molekulární a prostorový referenční rámec pro MALT lymfom, podporující následný objev biomarkerů a budoucí translanční studie.