Charakterystyka molekularna i komórkowa chłoniaka MALT

Już istniejący i zakodowany materiał biologiczny guza oraz dane pacjentów związane ze zdrowiem zostaną retrospektywnie zebrane z instytucjonalnych biobanków oraz z kart pacjentów lub elektronicznych dokumentacji medycznych po otrzymaniu zgody etycznej. Każdy pacjent włączony do badania otrzyma unikalny numeryczny kod identyfikacyjny podczas rejestracji w badaniu. Unikalny kod identyfikacyjny zostanie wykorzystany do rejestracji danych związanych ze zdrowiem oraz do oznakowania próbek biologicznych. Zakodowany materiał biologiczny zostanie przekazany do ośrodka koordynującego w Instytucie Badań Onkologicznych (IOR) w Bellinzonie. Dane związane ze zdrowiem zostaną zebrane w elektronicznym formularzu raportowania przypadków (eCRF) (OpenClinica). Jakość danych zostanie zapewniona poprzez generowanie zapytań.

Adnotowane cechy wyjściowe będą obejmować datę diagnozy, datę biopsji, wiek, płeć, status sprawności według Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG PS), stadium Ann Arbor, dehydrogenazę mleczanową (LDH), liczbę i lokalizację miejsc pozawęzłowych, zajęcie szpiku kostnego i jego odsetek, zajęcie krwi obwodowej, liczbę miejsc węzłowych, objawy B, węzły chłonne większe niż 7 cm, hemoglobinę (Hb), płytki krwi, limfocyty, beta-2-mikroglobulinę, albuminę, infekcje (wirus zapalenia wątroby typu C, Helicobacter pylori, Chlamydophila psittaci, Achromobacter xylosoxidans, Campylobacter jejuni), obecność i typ paraproteiny w surowicy.

Adnotowane cechy obserwacji obejmowały datę progresji do choroby wymagającej leczenia, rodzaj leczenia pierwszego rzutu, datę rozpoczęcia leczenia pierwszego rzutu, datę progresji po leczeniu pierwszego rzutu, datę leczenia drugiego rzutu, rodzaj leczenia drugiego rzutu, datę transformacji, datę zgonu, przyczynę zgonu oraz datę ostatniej obserwacji. Analiza mutacji, genów immunoglobulin i rearanżacji receptora komórek T, analiza aberracji liczby kopii, analiza wariantów strukturalnych oraz profil metylacji kwasu deoksyrybonukleinowego (DNA) zostaną przeprowadzone metodą sekwencjonowania nowej generacji genomowego DNA wyizolowanego z biopsji. Ekspresja genów zostanie oceniona metodą sekwencjonowania nowej generacji RNA wyizolowanego z biopsji. Ekspresja białek zostanie oceniona metodą spektrometrii mas białek wyizolowanych z biopsji. Patologia obliczeniowa oparta na sztucznej inteligencji zostanie przeprowadzona na zdigitalizowanych obrazach całych preparatów z biopsji w celu wyodrębnienia ilościowych cech histologicznych.

Profilowanie transkryptomiczne pojedynczych komórek zostanie wykorzystane do rozdzielenia heterogeniczności wewnątrzguza oraz do zdefiniowania populacji komórek złośliwych i niezłośliwych. Po kontroli jakości, normalizacji i korekcie partii, zostanie zastosowane klasteryzowanie bez nadzoru w celu identyfikacji transkrypcyjnie odrębnych stanów komórek. Populacje złośliwych komórek B zostaną odróżnione od reaktywnych komórek B za pomocą kombinacji wnioskowania o liczbie kopii, wzorców ekspresji immunoglobulin oraz kanonicznych genów markerowych. Analizy różnicowej ekspresji i wzbogacenia szlaków zostaną przeprowadzone w celu identyfikacji programów sygnalizacyjnych związanych z lokalizacją anatomiczną, kontekstem immunologicznym oraz cechami choroby.

Szczegółowo:

• Transkryptomika przestrzenna i/lub proteomika przestrzenna zostaną zastosowane w celu zachowania architektury tkanki i oceny przestrzennej organizacji komórek nowotworowych, nacieków immunologicznych oraz składników zrębu. Domeny przestrzenne i sąsiedztwa komórkowe zostaną zidentyfikowane przy użyciu opartych na danych podejść segmentacji i analizy sąsiedztwa. Analizy współlokalizacji przestrzennej i interakcji zostaną wykorzystane do wnioskowania o komunikacji między guzem a mikrośrodowiskiem, niszach wykluczenia lub aktywacji immunologicznej oraz specyficznych dla lokalizacji wzorcach przestrzennych, które mogą wpływać na odpowiedź terapeutyczną.
• Profilowanie repertuaru immunologicznego (sekwencjonowanie BCR/TCR) zostanie zintegrowane, tam gdzie dostępne, w celu oceny klonalności, selekcji napędzanej antygenem oraz przestrzennego rozmieszczenia klonów immunologicznych. W złośliwych komórkach B cechy immunoglobulin zostaną wykorzystane do zbadania dowodów zależności od antygenu i trwającej selekcji, podczas gdy różnorodność i ekspansja TCR zostaną ocenione w odniesieniu do nisz immunologicznych i bliskości guza.
• Dane proteomiczne i/lub epigenetyczne, gdy dostępne, zostaną włączone w celu udoskonalenia interpretacji funkcjonalnej programów transkrypcyjnych oraz identyfikacji potranskrypcyjnych lub regulacyjnych mechanizmów leżących u podstaw obserwowanych stanów komórkowych.

Integracja między modalnościami zostanie przeprowadzona przy użyciu ustalonych ram obliczeniowych w celu wygenerowania ujednoliconych adnotacji stanów komórek i wyników aktywności szlaków. Analizy porównawcze między lokalizacjami anatomicznymi będą kluczową oceną. Zachowane versus specyficzne dla lokalizacji stany komórkowe, składy immunologiczne oraz szlaki sygnalizacyjne zostaną systematycznie ocenione w celu identyfikacji wspólnych mechanizmów choroby oraz cech zależnych od kontekstu. Związki ze zmiennymi klinicznymi (np. miejsce pochodzenia, wcześniejsze leczenie, stadium choroby) zostaną zbadane w sposób eksploracyjny, generujący hipotezy.

Wszystkie analizy będą zgodne z reprodukowalnymi przepływami pracy obliczeniowej z rygorystyczną kontrolą jakości, odpowiednią korektą czynników zakłócających technicznych oraz przejrzystym raportowaniem ograniczeń. Powstałe zbiory danych i wyniki analiz dostarczą zintegrowane molekularne i przestrzenne ramy referencyjne dla chłoniaka MALT, wspierając odkrywanie biomarkerów oraz przyszłe badania translacyjne.