Caracterização Molecular e Celular do Linfoma MALT

O material biológico tumoral já existente e codificado e os dados de saúde dos doentes serão recolhidos retrospetivamente das biobancos institucionais e dos registos clínicos ou dos registos médicos eletrónicos dos doentes após a obtenção da aprovação ética.
Cada doente incluído no estudo receberá um código numérico de identificação único após o registo no estudo.
O código de identificação único será utilizado para registar os dados de saúde e para etiquetar as amostras biológicas.
O material biológico codificado será transferido para o centro coordenador no Instituto de Investigação em Oncologia (IOR) em Bellinzona.
Os dados de saúde serão recolhidos no formulário eletrónico de relato de caso (eCRF) (OpenClinica).
A qualidade dos dados será assegurada através da geração de consultas.

As características basais anotadas incluirão a data do diagnóstico, a data da biópsia, a idade, o género, o estado de desempenho do Grupo Cooperativo de Oncologia Oriental (ECOG PS), o estádio de Ann Arbor, a lactato desidrogenase (LDH), o número e a localização dos locais extranodais, o envolvimento e percentagem da medula óssea, o envolvimento do sangue periférico, o número de locais nodais, os sintomas B, os gânglios linfáticos maiores que 7 cm, a hemoglobina (Hb), as plaquetas, os linfócitos, a beta-2-microglobulina, a albumina, as infeções (vírus da hepatite C, Helicobacter pylori, Chlamydophila psittaci, Achromobacter xylosoxidans, Campylobacter jejuni), a presença e o tipo de paraproteína sérica.

As características de seguimento anotadas incluíram a data da progressão para uma doença que requer tratamento, o tipo de tratamento de primeira linha, a data de início do tratamento de primeira linha, a data da progressão após o tratamento de primeira linha, a data do tratamento de segunda linha, o tipo de tratamento de segunda linha, a data da transformação, a data da morte, a causa da morte e a data do último seguimento.
A análise de mutações, os genes da imunoglobulina e a análise do rearranjo do recetor das células T, a análise de aberrações no número de cópias, a análise de variantes estruturais e o perfil de metilação do ácido desoxirribonucleico (ADN) serão realizados por sequenciação de nova geração do ADN genómico extraído da biópsia.
A expressão génica será avaliada por sequenciação de nova geração do ARN extraído da biópsia.
A expressão proteica será avaliada por espetrometria de massa das proteínas extraídas da biópsia.
A patologia computacional baseada em IA será realizada em imagens digitalizadas de lâminas inteiras da biópsia para extrair características histológicas quantitativas.

O perfil transcricional de células únicas será utilizado para resolver a heterogeneidade intratumoral e para definir populações celulares malignas e não malignas.
Após o controlo de qualidade, normalização e correção de lotes, será aplicado o agrupamento não supervisionado para identificar estados celulares transcricionalmente distintos.
As populações de células B malignas serão distinguidas das células B reativas utilizando uma combinação de inferência do número de cópias, padrões de expressão de imunoglobulinas e genes marcadores canónicos.
Serão realizadas análises de expressão diferencial e enriquecimento de vias para identificar programas de sinalização associados ao local anatómico, contexto imunitário e características da doença.

Em detalhe:

• A transcriptómica espacial e/ou a proteómica espacial serão empregues para preservar a arquitetura do tecido e avaliar a organização espacial das células tumorais, dos infiltrados imunitários e dos componentes do estroma.
  Os domínios espaciais e os microambientes celulares serão identificados utilizando abordagens de segmentação baseadas em dados e análises de vizinhança.
  As análises de co-localização e interação espaciais serão utilizadas para inferir a comunicação cruzada tumor-microambiente, os nichos de exclusão ou ativação imunitária e os padrões espaciais específicos do local que podem influenciar a resposta terapêutica.
• O perfil do repertório imunitário (sequenciação BCR/TCR) será integrado, quando disponível, para avaliar a clonalidade, a seleção dirigida por antigénios e a distribuição espacial dos clones imunitários.
  Nas células B malignas, as características da imunoglobulina serão utilizadas para explorar evidências de dependência antigénica e seleção em curso, enquanto a diversidade e expansão do TCR serão avaliadas em relação aos nichos imunitários e à proximidade do tumor.
• Os dados proteómicos e/ou epigenéticos, quando disponíveis, serão incorporados para refinar a interpretação funcional dos programas transcricionais e para identificar mecanismos pós-transcricionais ou regulatórios subjacentes aos estados celulares observados.

A integração multimodal será realizada utilizando frameworks computacionais estabelecidos para gerar anotações unificadas do estado celular e pontuações de atividade de vias.
As análises comparativas entre locais anatómicos serão uma avaliação central.
Os estados celulares conservados versus específicos do local, as composições imunitárias e as vias de sinalização serão avaliados sistematicamente para identificar mecanismos de doença partilhados, bem como características dependentes do contexto.
As associações com variáveis clínicas (por exemplo, local de origem, tratamento prévio, estádio da doença) serão exploradas de forma exploratória e geradora de hipóteses.

Todas as análises seguirão fluxos de trabalho computacionais reproduzíveis com controlo de qualidade rigoroso, correção adequada para fatores de confusão técnicos e comunicação transparente das limitações.
Os conjuntos de dados resultantes e os resultados analíticos fornecerão um quadro de referência molecular e espacial integrado para o linfoma MALT, apoiando a descoberta de biomarcadores e futuros estudos translacionais.