Caratterizzazione molecolare e cellulare del linfoma MALT

Il materiale biologico tumorale già esistente e codificato e i dati sanitari dei pazienti saranno raccolti retrospettivamente dalle biobanche istituzionali e dalle cartelle cliniche o dalle cartelle cliniche elettroniche dei pazienti dopo l'approvazione etica. A ciascun paziente arruolato nello studio verrà assegnato un codice numerico di identificazione univoco al momento della registrazione nello studio. Il codice di identificazione univoco verrà utilizzato per registrare i dati sanitari e per etichettare i campioni biologici. Il materiale biologico codificato verrà trasferito al centro coordinatore presso l'Istituto di Oncologia Ricerca (IOR) di Bellinzona. I dati sanitari verranno raccolti nel modulo elettronico di segnalazione dei casi (eCRF) (OpenClinica). La qualità dei dati sarà garantita dalla generazione di query.

Le caratteristiche di base annotate includeranno la data della diagnosi, la data della biopsia, l'età, il sesso, lo stato di performance dell'Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG PS), lo stadio di Ann Arbor, il lattato deidrogenasi (LDH), il numero e la posizione dei siti extranodali, il coinvolgimento del midollo osseo e la percentuale, il coinvolgimento del sangue periferico, il numero di siti nodali, i sintomi B, i linfonodi più grandi di 7 cm, l'emoglobina (Hb), le piastrine, i linfociti, la beta-2-microglobulina, l'albumina, le infezioni (virus dell'epatite C, Helicobacter pylori, Chlamydophila psittaci, Achromobacter xylosoxidans, Campylobacter jejuni), la presenza e il tipo di paraproteina sierica.

Le caratteristiche di follow-up annotate includevano la data di progressione a una malattia che richiede trattamento, il tipo di trattamento di prima linea, la data di inizio del trattamento di prima linea, la data di progressione dopo il trattamento di prima linea, la data del trattamento di seconda linea, il tipo di trattamento di seconda linea, la data di trasformazione, la data di morte, la causa di morte e la data dell'ultimo follow-up. L'analisi delle mutazioni, i geni delle immunoglobuline e l'analisi del riarrangiamento del recettore delle cellule T, l'analisi delle aberrazioni del numero di copie, l'analisi delle varianti strutturali e il profilo di metilazione dell'acido desossiribonucleico (DNA) saranno eseguiti mediante sequenziamento di nuova generazione del DNA genomico estratto dalla biopsia. L'espressione genica sarà valutata mediante sequenziamento di nuova generazione dell'RNA estratto dalla biopsia. L'espressione proteica sarà valutata mediante spettrometria di massa delle proteine estratte dalla biopsia. La patologia computazionale basata sull'IA sarà eseguita su immagini digitalizzate di interi vetrini della biopsia per estrarre caratteristiche istologiche quantitative.

La profilazione trascrittomica a singola cellula sarà utilizzata per risolvere l'eterogeneità intratumorale e per definire le popolazioni cellulari maligne e non maligne. Dopo il controllo di qualità, la normalizzazione e la correzione del batch, verrà applicato il clustering non supervisionato per identificare stati cellulari trascrizionalmente distinti. Le popolazioni di cellule B maligne saranno distinte dalle cellule B reattive utilizzando una combinazione di inferenza del numero di copie, modelli di espressione delle immunoglobuline e geni marker canonici. L'espressione differenziale e le analisi di arricchimento delle vie saranno condotte per identificare programmi di segnalazione associati al sito anatomico, al contesto immunitario e alle caratteristiche della malattia.

Nei dettagli:

• La trascrittomica spaziale e/o la proteomica spaziale saranno impiegate per preservare l'architettura tissutale e valutare l'organizzazione spaziale delle cellule tumorali, degli infiltrati immunitari e dei componenti stromali. I domini spaziali e i quartieri cellulari saranno identificati utilizzando approcci di segmentazione guidati dai dati e analisi del vicinato. Le analisi di co-localizzazione e interazione spaziale saranno utilizzate per inferire il crosstalk tra tumore e microambiente, le nicchie di esclusione o attivazione immunitaria e i modelli spaziali specifici del sito che possono influenzare la risposta terapeutica.
• La profilazione del repertorio immunitario (sequenziamento BCR/TCR) sarà integrata, dove disponibile, per valutare la clonalità, la selezione guidata dall'antigene e la distribuzione spaziale dei cloni immunitari. Nelle cellule B maligne, le caratteristiche delle immunoglobuline saranno utilizzate per esplorare l'evidenza della dipendenza dall'antigene e della selezione in corso, mentre la diversità e l'espansione del TCR saranno valutate in relazione alle nicchie immunitarie e alla vicinanza al tumore.
• I dati proteomici e/o epigenetici, quando disponibili, saranno incorporati per affinare l'interpretazione funzionale dei programmi trascrizionali e per identificare meccanismi post-trascrizionali o regolatori alla base degli stati cellulari osservati.

L'integrazione cross-modale sarà eseguita utilizzando framework computazionali consolidati per generare annotazioni unificate dello stato cellulare e punteggi di attività delle vie. Le analisi comparative tra i siti anatomici saranno una valutazione centrale. Gli stati cellulari conservati rispetto a quelli specifici del sito, le composizioni immunitarie e le vie di segnalazione saranno valutati sistematicamente per identificare meccanismi di malattia condivisi e caratteristiche dipendenti dal contesto. Le associazioni con variabili cliniche (ad esempio, sito di origine, trattamento precedente, stadio della malattia) saranno esplorate in modo esplorativo, generando ipotesi.

Tutte le analisi seguiranno flussi di lavoro computazionali riproducibili con un rigoroso controllo di qualità, un'appropriata correzione per i fattori confondenti tecnici e una trasparente segnalazione delle limitazioni. I set di dati risultanti e gli output analitici forniranno un quadro di riferimento molecolare e spaziale integrato per il linfoma MALT, supportando la scoperta di biomarcatori e futuri studi traslazionali.