Cartographie de l'hétérogénéité chimique et microbiologique dans les échantillons de poumon de fibrose kystique explantés

Pour étudier cela plus en détail, les chercheurs proposent d'étudier les tissus explantés de patients atteints de mucoviscidose qui doivent subir une chirurgie de transplantation pulmonaire simple ou double en tant que stratégie thérapeutique de la maladie à un stade avancé. Cette population sera limitée à la clinique de mucoviscidose pour adultes, car les sujets pédiatriques sont rarement candidats à une transplantation pulmonaire. La clinique de FK pour adultes effectue plus de 20 interventions chirurgicales par année, et les tissus explantés sont généralement jetés. A partir de ce tissu, les enquêteurs se proposent les objectifs suivants :

1. Utilisez le séquençage indépendant de la culture 16S pour caractériser la distribution spatiale des pathogènes bactériens dans les poumons des patients atteints de mucoviscidose. Les poumons seront disséqués en 5 lobes distincts et le mucus sera collecté, homogénéisé et traité pour l'identification des espèces bactériennes.
2. Effectuez une analyse détaillée de l'expression génique spécifique dans l'ensemble des voies respiratoires qui servira de proxy des conditions environnementales qui s'y trouvent. En utilisant la même approche dans le but 1, l'ARNm bactérien sera extrait en utilisant des procédures établies. Un sous-ensemble de gènes spécifiques à l'environnement sera détecté pour fournir une lecture du métabolisme bactérien utilisé dans l'environnement pulmonaire FK.
3. Utilisez l'imagerie d'hybridation in situ pour visualiser la distribution spatiale de bactéries spécifiques et leurs profils d'expression génique (informés par les données générées dans les objectifs 1 et 2). Les bactéries et les gènes candidats identifiés/étudiés dans les objectifs 1 et 2 feront ensuite l'objet d'une analyse par imagerie d'hybridation in situ. Les tissus seront traités par microtomie et des sondes fluorescentes seront appliquées pour imager la distribution spatiale d'espèces bactériennes spécifiques et leurs métabolismes dans les voies respiratoires.

Les informations recueillies dans ces trois objectifs seront ensuite associées aux données des patients (âge, génotype, traitements médicaux antérieurs, données de microbiologie clinique) pour générer de meilleurs modèles de travail de la maladie à un stade avancé chez les patients atteints de mucoviscidose.