Exploratory Analysis of Pulmonary Microbiome in Intubated Patients
1 juillet 2020 mis à jour par: University of Milano Bicocca
Exploratory Analysis of Pulmonary Microbiome in Patients Intubated for Non-pulmonary Conditions- A Pilot Study
This prospective, multicentric study investigates the modifications of pulmonary microbiome that occur in patients who need mechanical ventilation for non-pulmonary conditions.
Genomic analysis will be performed by 16S RNA amplification on biological samples (bronchial aspirate) collected from patients.
Aperçu de l'étude
Statut
Complété
Les conditions
Description détaillée
The microbiome is defined as a community of microorganisms (such as bacteria, fungi, and viruses) that inhabit a particular organ. This prospective, multicentric, observational study investigates the bacterial changes that occur in the pulmonary microbiome during the first 72 hours of mechanical ventilation in patients who have been intubated for non-pulmonary conditions in intensive care units (ICU).
To this aim, genetic analyses will be performed on bronchial aspirate samples that will be collected from patients during their staying in ICU. Demographic and clinical information will be retrieved from patients' clinical reports and recorded in an apposite clinical report forms (CRF) in anonymized way. In particular, the reason for the admission to ICU, absence fo concomitant pulmonary diseases, comorbidities, body mass index, hematological examination results, concomitant therapies, antibiotic therapy performed in the 30 days prior to the admission, ventilation associated pneumonia (VAP)-preventing procedures, complications during mechanical ventilation, length of mechanical ventilation will be recorded in the CRF.
The study will last 24 months.
Type d'étude
Observationnel
Inscription (Réel)
65
Contacts et emplacements
Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.
Lieux d'étude
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Milano, Italie, 20121
- Ospedale Niguarda
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Parma, Italie, 43126
- Ospedale di Parma
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MB
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Monza, MB, Italie, 20900
- Asst-Monza
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Critères de participation
Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
18 ans à 80 ans (Adulte, Adulte plus âgé)
Accepte les volontaires sains
Non
Sexes éligibles pour l'étude
Tout
Méthode d'échantillonnage
Échantillon non probabiliste
Population étudiée
Intubated patients with mechanical ventilation for at least 48 hours
La description
Inclusion Criteria:
- patients undergo mechanical ventilation for non-pulmonary conditions (i.e. neurological condition)
- patients who are expected to need mechanical ventilation for >48 hours
Exclusion Criteria:
- diagnosis at the ICU admission of pneumonia
- need of mechanical ventilation for pulmonary conditions.
Plan d'étude
Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Modèles d'observation: Cohorte
- Perspectives temporelles: Éventuel
Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Changes of pulmonary microbiome between the time of intubation and 72 hours post-intubation, through genetic analysis of bacterial 16 Svedberg (16S) ribosomal RNA in bronchial aspirate.
Délai: At the time of intubation and after 72 hours from intubation
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Two samples of bronchial aspirate were collected (one at the time of incubation and one 72 hours post-intubation) and analyzed by Polymerase Chain Reaction (PCR) by amplifying 16 Svedberg (16S) ribosomal RNA.
Primers that specifically recognize hypervariable regions of 16S sub-unit will be used.
At 5' end an adaptor will be inserted to prepare the MiSeqsequencing library.
The classification of microbiome taxa will be expressed as diversity measure (diversity index alpha or beta); the frequency of the most represented taxa and the confidence interval will be calculated.
Differences in microbiome composition will be represented with the analysis of principal coordinates (PCoA) based on phylogenetic distance (matrix UNIFRAC).
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At the time of intubation and after 72 hours from intubation
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Collaborateurs et enquêteurs
C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.
Parrainer
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Directeur d'études: Giuseppe Citerio, Professor, University of Milano Bicocca
- Chaise d'étude: Andrea Gori, Professor, Fondazione Cà Granda, Policlinico Milano
Publications et liens utiles
La personne responsable de la saisie des informations sur l'étude fournit volontairement ces publications. Il peut s'agir de tout ce qui concerne l'étude.
Publications générales
- Segal LN, Alekseyenko AV, Clemente JC, Kulkarni R, Wu B, Gao Z, Chen H, Berger KI, Goldring RM, Rom WN, Blaser MJ, Weiden MD. Enrichment of lung microbiome with supraglottic taxa is associated with increased pulmonary inflammation. Microbiome. 2013 Jul 1;1(1):19. doi: 10.1186/2049-2618-1-19. Erratum In: Microbiome. 2014;2:21. Gao, Zhan [added].
- McDonald D, Ackermann G, Khailova L, Baird C, Heyland D, Kozar R, Lemieux M, Derenski K, King J, Vis-Kampen C, Knight R, Wischmeyer PE. Extreme Dysbiosis of the Microbiome in Critical Illness. mSphere. 2016 Aug 31;1(4):e00199-16. doi: 10.1128/mSphere.00199-16. eCollection 2016 Jul-Aug.
- Zaborin A, Smith D, Garfield K, Quensen J, Shakhsheer B, Kade M, Tirrell M, Tiedje J, Gilbert JA, Zaborina O, Alverdy JC. Membership and behavior of ultra-low-diversity pathogen communities present in the gut of humans during prolonged critical illness. mBio. 2014 Sep 23;5(5):e01361-14. doi: 10.1128/mBio.01361-14.
- Ojima M, Motooka D, Shimizu K, Gotoh K, Shintani A, Yoshiya K, Nakamura S, Ogura H, Iida T, Shimazu T. Metagenomic Analysis Reveals Dynamic Changes of Whole Gut Microbiota in the Acute Phase of Intensive Care Unit Patients. Dig Dis Sci. 2016 Jun;61(6):1628-34. doi: 10.1007/s10620-015-4011-3. Epub 2015 Dec 29.
- Charlson ES, Bittinger K, Haas AR, Fitzgerald AS, Frank I, Yadav A, Bushman FD, Collman RG. Topographical continuity of bacterial populations in the healthy human respiratory tract. Am J Respir Crit Care Med. 2011 Oct 15;184(8):957-63. doi: 10.1164/rccm.201104-0655OC. Epub 2011 Jun 16.
- Morris A, Beck JM, Schloss PD, Campbell TB, Crothers K, Curtis JL, Flores SC, Fontenot AP, Ghedin E, Huang L, Jablonski K, Kleerup E, Lynch SV, Sodergren E, Twigg H, Young VB, Bassis CM, Venkataraman A, Schmidt TM, Weinstock GM; Lung HIV Microbiome Project. Comparison of the respiratory microbiome in healthy nonsmokers and smokers. Am J Respir Crit Care Med. 2013 May 15;187(10):1067-75. doi: 10.1164/rccm.201210-1913OC.
- Segal LN, Rom WN, Weiden MD. Lung microbiome for clinicians. New discoveries about bugs in healthy and diseased lungs. Ann Am Thorac Soc. 2014 Jan;11(1):108-16. doi: 10.1513/AnnalsATS.201310-339FR.
- Berdal JE, Bjornholt J, Blomfeldt A, Smith-Erichsen N, Bukholm G. Patterns and dynamics of airway colonisation in mechanically-ventilated patients. Clin Microbiol Infect. 2007 May;13(5):476-80. doi: 10.1111/j.1469-0691.2006.01678.x.
Dates d'enregistrement des études
Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
8 octobre 2017
Achèvement primaire (Réel)
20 novembre 2019
Achèvement de l'étude (Réel)
24 janvier 2020
Dates d'inscription aux études
Première soumission
9 octobre 2018
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
23 octobre 2018
Première publication (Réel)
25 octobre 2018
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
2 juillet 2020
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
1 juillet 2020
Dernière vérification
1 juillet 2020
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Mots clés
Autres numéros d'identification d'étude
- Microbiota Polmonare in ICU
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?
Non
Description du régime IPD
Anonymized data will be shared upon written request to the study director
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Non
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
Non
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