Utilité diagnostique de l'ADN acellulaire de Mycobacterium Tuberculosis (MTB cfDNA) dans les épanchements pleuraux tuberculeux et non tuberculeux (MYDNITE-2)

La tuberculose (TB) reste un fardeau majeur des maladies infectieuses à l’échelle mondiale. Selon le rapport mondial sur la tuberculose de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) de 2023, la tuberculose est la deuxième cause infectieuse de décès après le COVID-19 en 2022. La tuberculose extrapulmonaire, parmi laquelle la pleurite tuberculeuse (TBP) est l'un des sous-types les plus courants, pose des obstacles supplémentaires à la lutte mondiale contre la tuberculose en raison de sa difficulté de diagnostic. Il existe une grande variation géographique dans l'incidence de la TBP, la proportion de TBP parmi l'ensemble des patients tuberculeux allant de 2,2 % à 31,4 %. Une incidence croissante du TBP a été notée dans deux grandes études de cohorte rétrospectives chinoises.

La nature paucibacillaire du TBP pose un défi diagnostique. Bien qu'il s'agisse d'un test de diagnostic de référence, la sensibilité diagnostique de la culture de Mycobacterium tuberculosis (MTB) dans le liquide pleural est sous-optimale. Elle varie entre 7,0 % et 75,0 %, selon le milieu de culture et le statut VIH. Son long délai d’exécution, de l’ordre de 4 à 8 semaines, nuit également à sa praticité clinique. Les techniques PCR commerciales, telles que Xpert MTB/RIF ou Xpert Ultra, sont des tests rapides et spécifiques donnant des résultats positifs. Leur utilité est cependant limitée par une sensibilité sous-optimale. La biopsie pleurale pour l'histologie et la combinaison histologie/culture pourraient augmenter la sensibilité à 66 % et 79 %, mais cette procédure est plus invasive que la thoracentèse. L'adénosine désaminase du liquide pleural (ADA) est le biomarqueur le plus couramment étudié, avec une sensibilité et une spécificité diagnostiques de 0,93 et ​​0,90 à un seuil de 40 U/L. Sa plage de seuil peut varier en fonction des caractéristiques du patient (âge, maladie comorbide). La difficulté de diagnostiquer la TBP conduit donc à retarder la mise en route du traitement antituberculeux. Un traitement antituberculeux empirique peut être instauré sur la base de présentations cliniques compatibles sans résultats microbiologiques de diagnostic de confirmation, ce qui comporte le risque de toxicités du traitement (par ex. hépatotoxicité). Cela suggère un besoin clinique non satisfait d’un meilleur outil de diagnostic du TBP.

La détection de l’ADN acellulaire MTB (cfDNA) dans le liquide pleural peut résoudre les problèmes ci-dessus. Il s’agit d’un outil de diagnostic potentiel peu invasif et, surtout, d’une confirmation directe du VTT dans l’espace pleural. Cependant, les méthodes précédentes basées sur la PCR rapportaient une sensibilité sous-optimale pour le diagnostic du TBP, d'environ 40 à 80 %. La sensibilité peut être limitée par le faible niveau de cfDNA MTB et la cible monogénique (IS6110 ou devR) dans la détection. Avec les progrès de la technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS), la détection du cfDNA microbien par NGS métagénomique (mNGS) a été appliquée au diagnostic des maladies infectieuses. Chang et coll. ont déjà évalué l'utilisation du mNGS dans des échantillons de sang et d'urine pour le diagnostic de la tuberculose. Ils ont révélé qu'une telle méthodologie est limitée par la faible concentration de MTB et le fond d'ADN mycobactérien non tuberculeux (NTM) contaminant, qui partage des séquences similaires à celles du MTB pathogène.

Notre groupe a récemment développé un nouveau test de laboratoire mesurant les niveaux de MTB cfDNA. Nous émettons l'hypothèse que le nouveau test MTB cfDNA a de meilleures performances diagnostiques que les méthodes microbiologiques conventionnelles pour distinguer les épanchements pleuraux dus au TBP des non-TBP. Étant donné que la cohorte de développement ne contient qu'un nombre limité d'échantillons de liquide pleural, une étude de confirmation à grande échelle portant sur des épanchements pleuraux ayant un large spectre de causes est nécessaire pour confirmer son utilité clinique avant d'être introduite dans la pratique clinique. Cette étude a trois objectifs majeurs. Premièrement, la précision diagnostique du nouveau test MTB cfDNA pour le diagnostic de la TBP sera déterminée à l'aide d'une grande cohorte contenant des échantillons de liquide pleural de diverses causes provenant de pays présentant différents fardeaux de tuberculose. Deuxièmement, les facteurs cliniques et de laboratoire déterminant le niveau de cfDNA MTB dans le liquide pleural seront identifiés. Troisièmement, la capacité du test à capturer différents gènes de résistance aux médicaments antituberculeux sera explorée sur le liquide pleural provenant de zones d'endémie DR-TB.