Диагностическая ценность бесклеточной ДНК микобактерий туберкулеза (MTB вкДНК) при туберкулезном и нетуберкулезном плевральном выпоте (MYDNITE-2)

Туберкулез (ТБ) остается ключевым бременем инфекционных заболеваний во всем мире. Согласно Глобальному докладу Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) о туберкулезе за 2023 год, туберкулез является второй по значимости инфекционной причиной смерти после COVID-19 в 2022 году. Внелегочный туберкулез, среди которого туберкулезный плеврит (ТБП) является одним из наиболее распространенных подтипов, создает дополнительные препятствия для глобального контроля над туберкулезом из-за сложности его диагностики. Существует большая географическая вариабельность заболеваемости ТБП: доля ТБП среди всех больных туберкулезом колеблется от 2,2% до 31,4%. Рост заболеваемости ТБП был отмечен в двух крупных ретроспективных когортных исследованиях в Китае.

Малобациллярная природа ТБФ затрудняет его диагностику. Несмотря на то, что культура микобактерий туберкулеза (МТБ) является золотым стандартом диагностики, диагностическая чувствительность культуры плевральной жидкости субоптимальна. Он варьируется от 7,0% до 75,0% в зависимости от культуральной среды и ВИЧ-статуса. Длительный период выполнения работ, составляющий от 4 до 8 недель, также снижает его клиническую практичность. Коммерческие методы ПЦР, такие как Xpert MTB/RIF или Xpert Ultra, представляют собой быстрые и специфичные тесты с положительными результатами. Однако их полезность ограничена неоптимальной чувствительностью. Плевральная биопсия для гистологии и комбинированная гистология/посев могут повысить чувствительность до 66% и 79%, но эта процедура более инвазивна, чем торакоцентез. Аденозиндезаминаза плевральной жидкости (АДА) является наиболее часто изучаемым биомаркером с диагностической чувствительностью и специфичностью 0,93 и 0,90 при пороговом значении 40 Ед/л. Диапазон порогового значения может варьироваться в зависимости от характеристик пациента (возраст, сопутствующее заболевание). Таким образом, сложность диагностики ТБП приводит к позднему началу противотуберкулезного лечения. Эмпирическое противотуберкулезное лечение может быть начато на основании совместимых клинических проявлений без подтверждающих диагностических микробиологических результатов, что сопряжено с риском токсичности лечения (например, гепатотоксичность). Это предполагает неудовлетворенную клиническую потребность в более качественном диагностическом инструменте ТБП.

Обнаружение внеклеточной ДНК МТБ (вкДНК) в плевральной жидкости может решить вышеуказанные проблемы. Это потенциальный диагностический инструмент с минимальной инвазивностью и, что самое главное, прямым подтверждением МТБ в плевральной полости. Однако предыдущие методы, основанные на ПЦР, сообщали о субоптимальной чувствительности диагностики ТБП - около 40-80%. Чувствительность может быть ограничена низким уровнем вкДНК MTB и мишенью одного гена (IS6110 или devR) при обнаружении. С развитием технологии секвенирования нового поколения (NGS) обнаружение микробной вкДНК с помощью метагеномного NGS (mNGS) стало применяться в диагностике инфекционных заболеваний. Чанг и др. ранее оценивали использование mNGS в образцах крови и мочи для диагностики туберкулеза. Они обнаружили, что такая методология ограничена низкой концентрацией МТБ и фоном контаминации ДНК нетуберкулезных микобактерий (НТМ), которая имеет последовательности, аналогичные патогенным МТБ.

Наша группа недавно разработала новый лабораторный метод измерения уровней вкДНК МТБ. Мы предполагаем, что новый анализ вкДНК MTB имеет лучшую диагностическую эффективность, чем традиционные микробиологические методы, при различении плевральных выпотов, вызванных ТБФ, от не-ТБФ. Поскольку группа разработчиков содержит лишь ограниченное количество образцов плевральной жидкости, требуется крупномасштабное подтверждающее исследование, включающее плевральные выпоты с широким спектром причин, чтобы подтвердить его клиническую полезность, прежде чем внедрять его в клиническую практику. Это исследование преследует три основные цели. Во-первых, диагностическая точность нового анализа вкДНК MTB при диагностике туберкулеза будет определяться с использованием большой когорты, содержащей образцы плевральной жидкости различных причин из стран с разным бременем туберкулеза. Во-вторых, будут идентифицированы клинические и лабораторные факторы, определяющие уровень вкДНК МТБ в плевральной жидкости. В-третьих, способность этого анализа улавливать различные гены устойчивости к противотуберкулезным препаратам будет изучена на плевральной жидкости из районов, эндемичных по лекарственно-устойчивому туберкулезу.