Utilidade diagnóstica do DNA livre de células do Mycobacterium Tuberculosis (MTB cfDNA) no derrame pleural tuberculoso e não tuberculoso (MYDNITE-2)

A tuberculose (TB) continua a ser um importante fardo de doenças infecciosas em todo o mundo. De acordo com o Relatório Global sobre TB da Organização Mundial da Saúde (OMS) em 2023, a TB é a segunda principal causa infecciosa de morte depois da COVID-19 em 2022. A TB extrapulmonar, entre a qual a pleurite tuberculosa (TBP) é um dos subtipos mais comuns, coloca obstáculos adicionais ao controlo global da TB devido à sua dificuldade de diagnóstico. Existe uma grande variação geográfica na incidência de TBP, com a proporção de TBP entre todos os pacientes com TB variando de 2,2% a 31,4%. Uma incidência crescente de TBP foi observada em dois grandes estudos retrospectivos de coorte chineses.

A natureza paucibacilar da TBP leva ao seu desafio diagnóstico. Apesar de ser um teste diagnóstico padrão ouro, a sensibilidade diagnóstica da cultura do líquido pleural para Mycobacterium tuberculosis (MTB) é abaixo do ideal. Varia entre 7,0% e 75,0%, dependendo do meio de cultura e do status de HIV. Seu longo tempo de resposta, em torno de 4 a 8 semanas, também prejudica sua praticidade clínica. As técnicas comerciais de PCR, como o Xpert MTB/RIF ou o Xpert Ultra, são testes rápidos e específicos com resultados positivos. No entanto, suas utilidades são limitadas pela sensibilidade abaixo do ideal. A biópsia pleural para histologia e combinação histologia/cultura pode aumentar a sensibilidade para 66% e 79%, mas este procedimento é mais invasivo que a toracocentese. A adenosina desaminase do líquido pleural (ADA) é o biomarcador mais comumente estudado, com sensibilidade e especificidade diagnóstica de 0,93 e 0,90 com ponto de corte de 40 U/L. Seu intervalo de corte pode variar de acordo com as características do paciente (idade, doença comórbida). A dificuldade em diagnosticar a TBP, portanto, leva ao atraso no início do tratamento anti-TB. O tratamento empírico anti-TB pode ser iniciado com base em apresentações clínicas compatíveis, sem resultados microbiológicos diagnósticos confirmatórios, acarretando o risco de toxicidades do tratamento (por ex. hepatotoxicidade). Isto sugere uma necessidade clínica não atendida de uma melhor ferramenta de diagnóstico para TBP.

A detecção de DNA livre de células MTB (cfDNA) no líquido pleural pode resolver os problemas acima. É uma ferramenta diagnóstica potencial com invasividade mínima e, o mais importante, uma confirmação direta de MTB no espaço pleural. No entanto, métodos anteriores baseados em PCR relataram sensibilidade abaixo do ideal para o diagnóstico de TBP, de cerca de 40-80%. A sensibilidade pode ser limitada pelo baixo nível de cfDNA do MTB e pelo alvo de gene único (IS6110 ou devR) na detecção. Com o avanço da tecnologia de sequenciamento de próxima geração (NGS), a detecção de cfDNA microbiano por NGS metagenômico (mNGS) tem sido aplicada no diagnóstico de doenças infecciosas. Chang et al. avaliaram anteriormente o uso de mNGS em amostras de sangue e urina para diagnóstico de tuberculose. Eles revelaram que tal metodologia é limitada pela baixa concentração de MTB e pelo histórico de contaminação de DNA de micobactérias não tuberculosas (NTM), que compartilha sequências semelhantes ao MTB patogênico.

Nosso grupo desenvolveu recentemente um novo ensaio laboratorial medindo os níveis de cfDNA do MTB. Nossa hipótese é que o novo ensaio MTB cfDNA tem melhor desempenho diagnóstico do que os métodos microbiológicos convencionais na discriminação de derrames pleurais devidos a TBP de não-TBP. Uma vez que a coorte de desenvolvimento contém apenas um número limitado de amostras de líquido pleural, é necessário um estudo confirmatório em larga escala contendo derrames pleurais com um amplo espectro de causas para confirmar a sua utilidade clínica antes de ser introduzido na prática clínica. Este estudo tem três objetivos principais. Primeiro, a precisão diagnóstica do novo ensaio MTB cfDNA no diagnóstico de TBP será determinada utilizando uma grande coorte contendo amostras de líquido pleural de várias causas de países com diferentes cargas de TB. Em segundo lugar, os fatores clínicos e laboratoriais que determinam o nível de cfDNA do MTB no líquido pleural serão identificados. Terceiro, a capacidade do ensaio de capturar diferentes genes de resistência a medicamentos anti-TB será explorada no líquido pleural de áreas endêmicas de TB-DR.