Utilité diagnostique de l'ADN acellulaire de Mycobacterium Tuberculosis à Hong Kong (MYDNITE-3)

La tuberculose (TB) reste un fardeau majeur des maladies infectieuses à l’échelle mondiale. Selon le rapport mondial sur la tuberculose de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) en 2023, plus de sept millions de personnes ont été infectées par la tuberculose en 2022 et 1,3 million sont mortes de la maladie. La Chine fait partie des trois pays où le fardeau de la tuberculose est le plus élevé, tandis que Hong Kong a un fardeau intermédiaire, avec une moyenne de 4 000 nouveaux cas par an.

L'infection tuberculeuse peut provoquer une maladie présentant diverses manifestations en dehors du parenchyme pulmonaire chez environ 25 % des patients (TB extrapulmonaire, EPTB) et est associée à de pires résultats thérapeutiques que la tuberculose pulmonaire. La pleurite tuberculeuse (TBP) est la forme la plus répandue à Hong Kong et en Chine (41 à 50 % de toutes les EPTB). Bien que la TBP puisse se manifester par une survenue aiguë à subaiguë d'un épanchement pleural unilatéral, d'un essoufflement et d'une fièvre, sa présentation est souvent non spécifique. En raison de son importance clinique et épidémiologique, il est crucial de distinguer avec précision le TBP des autres types d'épanchement pleural pour raccourcir le processus de diagnostic et optimiser les résultats pour ces patients.

Défis de laboratoire pour le diagnostic de la TBP Le diagnostic de la TBP est difficile car la maladie est causée par un petit nombre de bactéries (de nature paucibacillaire) dans l'espace pleural, ce qui limite les performances diagnostiques de diverses modalités de diagnostic conventionnelles. Ces limitations incluent une faible sensibilité pour les tests microbiologiques du liquide pleural (coloration des bacilles acido-résistants [AFB], culture de Mycobacterium tuberculosis [MTB] et réaction en chaîne par polymérase [PCR] du MTB) et le manque de spécificité pour les biomarqueurs du liquide pleural (adénosine désaminase [ADA]) en particulier dans les régions à faible prévalence de tuberculose. Bien que les rendements de la culture MTB et de la PCR sur tissu pleural soient plus élevés, la biopsie pleurale (par procédure au chevet ou pleuroscopie) est invasive et nécessite une procédure supplémentaire. Actuellement, aucun test idéal ne peut atteindre simultanément plusieurs objectifs de diagnostic, notamment une sensibilité de détection élevée, une spécificité élevée pour exclure d’autres maladies, un délai d’exécution court, un caractère peu invasif et la détection de la résistance aux médicaments. Le diagnostic de TBP repose pratiquement sur un ensemble de paramètres cliniques, radiologiques et de laboratoire. Le diagnostic peut parfois être établi cliniquement sans aucune preuve microbiologique ou histologique (TBP probable).

Conséquences d'un diagnostic tardif de la TBP Les principaux inconvénients cliniques de la difficulté à diagnostiquer la TBP comprennent les interventions pleurales invasives inutiles et le début tardif du traitement curatif. Notre audit interne a récemment révélé que le début du traitement avait été retardé en attendant les résultats des tests de confirmation, et que les patients avaient besoin en moyenne d'une procédure supplémentaire pour établir le diagnostic, qui comprenait une biopsie pleurale de nature plus invasive. Ces patients ont subi de longs séjours à l’hôpital pour des bilans et des essais de plusieurs antibiotiques en cas de fièvre non résolue. Certains patients peuvent à la place recevoir un traitement antituberculeux empirique basé sur des présentations cliniques compatibles sans résultats d’investigations diagnostiques de confirmation. Cependant, cela n'est pas sans risque (par ex. hépatotoxicité), en particulier chez les personnes âgées, plus sensibles au TBP. Un meilleur outil de diagnostic du TBP atténuerait ces défis cliniques.

Biopsie liquide dans l'épanchement pleural : dernier développement de notre groupe La biopsie liquide par détection de l'ADN acellulaire (cfDNA) dans les fluides corporels est une solution potentielle. Lorsque les bactéries tuberculeuses meurent ou se décomposent, les fragments d’ADN se répandent dans l’espace pleural, formant le cfDNA de Mycobacterium tuberculosis (MTB cfDNA). La détection du cfDNA MTB dans le liquide pleural peut prouver directement la présence de bacilles tuberculeux ou de leurs sous-unités dans l’espace pleural, ce qui constitue une option intéressante. Des études antérieures avaient utilisé le cfDNA MTB pour diagnostiquer la TBP, mais les performances étaient variables. Che et al ont d'abord mesuré le cfDNA MTB en détectant la séquence d'insertion IS6110. La sensibilité du diagnostic du TBP était de 75,0 % (intervalles de confiance [IC] à 95 % 63,7-86,3 %) avec une spécificité de 100,0 % (IC à 95 % 100,0-100,0 %), et les cas de culture MTB négative dans le liquide pleural ont été inclus dans le groupe TBP. La sensibilité diagnostique du MTB cfDNA était meilleure que celle du liquide pleural ADA, de la culture MTB et du MTB PCR par Xpert MTB/RIF. Yang et al ont utilisé la même technique de laboratoire et ont trouvé une sensibilité diagnostique élevée à 96,6 % (IC à 95 % 92,0-100,0 %) dans les cas de TBP définis par un MTB dans le liquide pleural ou un statut positif à la PCR. Cependant, la sensibilité diagnostique est tombée à 79,5 % (IC à 95 % 72,4-86,7 %) si la culture du liquide pleural MTB ou les cas négatifs à la PCR étaient inclus dans le groupe TBP. Des résultats similaires ont également été rapportés par Sharma et al. Tous ces résultats d’étude reflétaient les performances diagnostiques hétérogènes du cfDNA MTB. Une culture MTB ou un statut PCR négatif dans le liquide pleural, signifiant une faible charge bactérienne, peut altérer l’utilité clinique du cfDNA MTB.

Notre groupe a récemment développé un nouveau test en laboratoire mesurant les niveaux de MTB cfDNA, impliquant un séquençage ciblé via un système de sonde de capture et un nouvel algorithme bioinformatique. Les performances diagnostiques sont restées robustes même si des cas de culture négative de MTB dans le liquide pleural ont été inclus, ce qui peut potentiellement éviter une autre procédure de diagnostic invasive.

Nécessité d'une cohorte de validation avant de l'introduire dans la pratique clinique Étant donné que la cohorte de développement ne contient qu'un nombre limité d'échantillons de liquide pleural avec des diagnostics définitifs, la véritable précision diagnostique du nouveau test MTB cfDNA ne peut être déterminée que dans une cohorte prospective et non sélective reflétant la situation du monde réel, ce qui donnera une performance diagnostique réaliste. Cela confirmera l'utilité clinique du test MTB cfDNA avant d'être introduit dans la pratique clinique. Nous émettons l'hypothèse que le nouveau test MTB cfDNA reste robuste dans une cohorte prospective et surpasse les méthodes précédemment rapportées pour distinguer les épanchements pleuraux dus au TBP des non-TBP.