Confronto tra elettroforesi su gel a campo pulsato e sequenziamento dell'intero genoma per determinare la velocità di trasmissione di E.Coli produttori di ESBL (PFGE-WGS)

L'elettroforesi su gel a campo di impulsi (PFGE) è stata considerata lo standard di riferimento per determinare gli eventi di trasmissione della beta-lattamasi a spettro esteso (ESBL) che produce E.coli. Tuttavia, questa tecnica manca della risoluzione per differenziare i ceppi strettamente correlati, necessaria per identificare la trasmissione ESBL. Inoltre, PFGE non è in grado di distinguere elementi genetici mobili. Al contrario, il sequenziamento dell'intero genoma (WGS) consente l'identificazione di polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) che differenziano i ceppi batterici e gli elementi genetici mobili, come i plasmidi, alla massima risoluzione possibile, consentendo quindi di indagare sulla loro parentela mediante analisi filogenetiche e infine dettagliate esplorazione delle vie di trasmissione. Poiché il WGS è ora prontamente disponibile e conveniente, i ricercatori mirano a riesaminare gli eventi di trasmissione nelle 24 coppie di pazienti con contatto indice identificate dopo la cessazione delle precauzioni di contatto, rivalutando la parentela genetica di entrambi i ceppi e degli elementi genetici mobili sequenziando tutti i 48 ESBL recuperati- Ceppi di E.coli.

I ricercatori ipotizzano che il numero di eventi di trasmissione definiti dalla trasmissione di ceppi di E. coli produttori di ESBL possa essere stato sovrastimato da PFGE rispetto a WGS, poiché PFGE non ha la risoluzione per differenziare ceppi strettamente correlati. Tuttavia, la trasmissione di elementi genetici mobili potrebbe essere stata persa da PFGE in quanto questa tecnologia non è in grado di identificare la parentela genetica di plasmidi, geni e altri elementi genetici mobili. Pertanto WGS può rivelare ulteriori eventi di trasmissione definiti come la trasmissione di elementi genetici mobili.

Diversi approcci di sequenziamento possono produrre risultati diversi in termini di rilevamento di eventi di trasmissione.

I ricercatori ipotizzano che il sequenziamento a lettura breve possa essere sufficiente per rilevare in modo affidabile la parentela dei ceppi, ma che siano necessari ulteriori approcci di sequenziamento a lettura lunga per rilevare la trasmissione di elementi genetici mobili.