Pulssikenttägeelielektroforeesin ja koko genomin sekvensoinnin vertailu ESBL:ää tuottavan E. Colin siirtonopeuden määrittämiseksi (PFGE-WGS)
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Ehdot
Yksityiskohtainen kuvaus
Pulssikenttägeelielektroforeesia (PFGE) pidettiin vertailustandardina laajennetun spektrin beetalaktamaasia (ESBL) tuottavan E. colin siirtotapahtumien määrittämisessä. Tästä tekniikasta puuttuu kuitenkin erottelukyky läheisesti sukua olevien kantojen erottamiseen, mikä on tarpeen ESBL-transmission tunnistamiseksi. Lisäksi PFGE ei pysty erottamaan liikkuvia geneettisiä elementtejä. Sitä vastoin koko genomin sekvensointi (WGS) mahdollistaa yhden nukleotidin polymorfismien (SNP:t) tunnistamisen, jotka erottavat bakteerikannat ja liikkuvat geneettiset elementit, kuten plasmidit korkeimmalla mahdollisella resoluutiolla, mikä mahdollistaa niiden sukulaisuuden tutkimisen fylogeneettisten analyysien avulla ja lopulta yksityiskohtaisten tartuntareittien tutkiminen. Koska WGS on nyt helposti saatavilla ja edullinen, tutkijat pyrkivät tutkimaan uudelleen tartuntatapahtumia 24 indeksikontaktipotilasparissa, jotka tunnistettiin kontaktivarotoimenpiteiden lopettamisen jälkeen arvioimalla uudelleen sekä kantojen että liikkuvien geneettisten elementtien geneettistä sukulaisuutta sekvensoimalla kaikki 48 talteen saatua ESBL- E. coli -kannat.
Tutkijat olettavat, että PFGE on saattanut yliarvioida ESBL:ää tuottavien E. coli -kantojen siirron perusteella määritellyn transmissiotapahtumien määrän verrattuna WGS:ään, koska PFGE:ltä puuttuu resoluutio erottaa läheisesti sukua olevat kannat. PFGE on kuitenkin saattanut jättää väliin liikkuvien geneettisten elementtien siirron, koska tämä tekniikka ei pysty tunnistamaan plasmidien, geenien ja muiden liikkuvien geneettisten elementtien geneettistä sukulaisuutta. Siten WGS voi paljastaa lisäsiirtotapahtumia, jotka määritellään liikkuvien geneettisten elementtien välittämiseksi.
Erilaiset sekvensointimenetelmät voivat tuottaa erilaisia tuloksia lähetystapahtumien havaitsemisessa.
Tutkijat olettavat, että lyhyt lukusekvensointi saattaa riittää havaitsemaan luotettavasti kantojen sukulaisuus, mutta että tarvitaan lisää pitkän luetun sekvensointimenetelmiä liikkuvien geneettisten elementtien siirtymisen havaitsemiseksi.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
-
Basel, Sveitsi, 4031
- University Hospital Basel, Division of Infectious Diseases and Hospital Epidemiology
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Lapsi
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Potilaspopulaatio määritellään 24 kontaktiindeksipotilaspariksi, jotka tunnistettiin kontaktipotilaiden seulonnassa kontaktivarotoimenpiteiden lopettamisen jälkeen osana laadunvalvontaa, joka tehtiin kesäkuusta 2012 joulukuuhun 2013 Baselin yliopistollisessa sairaalassa ja tammikuusta 2012 joulukuuhun 2013. FELIX PLATTER-sairaalassa.
Poissulkemiskriteerit:
- Potilaat, jotka eivät täytä yllä mainittuja sisällyttämiskriteerejä.
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
ESBL E.coli -kannat 24 kontaktiindeksipotilaalta
48 ESBL-E.
coli -kantoja 24 kontaktiindeksipotilaalta
|
Kahden eri tekniikan vertailu
Väestötiedot (ikä, sukupuoli, sairaalaan tulo- ja kotiutuspäivämäärä, huoneet ja osastot sekä vastaanotto- ja kotiutuspäivät, sairaalahoito ennen nykyistä sairaalahoitoa, kotiutuksen kohde, lopputulos, kuolinsyy, matkahistoria, äskettäinen sairaalahoito ESBL-korkeassa rasituksessa alue, vastaanotto toisesta terveydenhuoltolaitoksesta, vastaanotto pitkäaikaishoitolaitoksesta, työ- tai kotikontakti eläimiin) Kliiniset tiedot (ESBL:ää tuottavan E. colin kantajan diagnoosin päivämäärä, ESBL:ää tuottavan E. coli -bakteerin aiheuttaman infektion/kolonisaation tyyppi. coli, liitännäissairaudet, Charlson Comorbidity Index, infektiotaudit ESBL-PE:n havaitsemisen jälkeen, aktiiviset avohaavat, pysyvät verisuonilaitteet, virtsan katetrointi) Hoitotiedot (immunosuppressio, antibioottihoito, samanaikainen lääkitys ja kirurginen hoito ennen sairaalahoitoa ja sen aikana) Mikrobiologiset tiedot
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Lähetystapahtumien lukumäärä WGS:n määrittämänä
Aikaikkuna: Tammikuu 2012 - Joulukuu 2020
|
Transmissiotapahtumat luokitellaan kantojen ja liikkuvien geneettisten elementtien siirtymiseen.
WGS:n määrittämää lähetystapahtumien määrää verrataan PFGE:n määrittelemään lähetystapahtumien määrään.
Potilaisiin liittyviä ominaisuuksia ja altistuksia verrataan potilaiden välillä, joilla on tartuntatapahtumia ja joilla ei ole.
|
Tammikuu 2012 - Joulukuu 2020
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Tutkijat
- Päätutkija: Sarah Tschudin Sutter, Prof. Dr. MD, University Hospital, Basel, Switzerland
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muut tutkimustunnusnumerot
- 2020-00188
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .
Kliiniset tutkimukset Analyysi lähetysnopeus
-
Bryan TompsonValmisRate tai ortodonttinen hampaiden liikeKanada
-
PepsiCo Global R&DValmisKollageenin synteesi | Rate of Force (RFD) kehitysYhdysvallat
-
Pusan National University HospitalEi vielä rekrytointiaSydämen istutettava elektroninen laite | Atrial High Rate -jaksoKorean tasavalta
-
Shanghai Jiao Tong University School of MedicineLopetettuTurvallisuus | pCR-nopeus | BCT RateKiina
-
Third People's Hospital of Jingdezhen CityRekrytointi
-
Alexandra Hospital, Athens, GreeceValmisKolonoskopia | Adenooman havaitsemisnopeus | Adenoma Miss Rate | RetroflexioKreikka
-
National Taiwan University HospitalTuntematonEteisvärinä | Rate Control | Kardiopulmonaalinen harjoitustestiTaiwan
-
Nanjing Medical UniversityValmisSydämen vajaatoiminta | Eteisvärinä | Rate Control | Katetrin ablaatioKiina
-
Poitiers University HospitalValmisÄidin tai sikiön tartunnan tunnistaminen SARS Cov-2:lla | Tutki virusten esiintymistä äidin ja sikiön tai isän eri paikoissa | Kysely perustuu Poitou-Charentesin CPDPN:n ympärille jo järjestettyyn verkkotyöhön | Analysis Laboratories of the Poitiers CHURanska
-
Mylan Inc.Theravance BiopharmaValmisKrooninen obstruktiivinen keuhkosairaus, COPD | Low Peak Inspiratory Flow Rate (PIFR)Yhdysvallat