Vergleich von Pulsfeld-Gelelektrophorese und Gesamtgenomsequenzierung zur Bestimmung der Übertragungsrate von ESBL-produzierenden E.Coli (PFGE-WGS)
Studienübersicht
Status
Bedingungen
Intervention / Behandlung
Detaillierte Beschreibung
Pulsfeld-Gelelektrophorese (PFGE) wurde als Referenzstandard zur Bestimmung von Übertragungsereignissen von Extended-Spectrum-Beta-Lactamase (ESBL) angesehen, die E. coli produziert. Dieser Technik fehlt jedoch die Auflösung, um eng verwandte Stämme zu unterscheiden, was zur Identifizierung der ESBL-Übertragung erforderlich ist. Darüber hinaus ist PFGE nicht in der Lage, mobile genetische Elemente zu unterscheiden. Im Gegensatz dazu ermöglicht die Sequenzierung des gesamten Genoms (WGS) die Identifizierung von Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs), die Bakterienstämme und mobile genetische Elemente wie Plasmide in höchstmöglicher Auflösung unterscheiden, wodurch ihre Verwandtschaft durch phylogenetische Analysen und letztendlich detailliert untersucht werden kann Erforschung von Übertragungswegen. Da WGS jetzt leicht verfügbar und erschwinglich ist, zielen die Forscher darauf ab, Übertragungsereignisse in den 24 Index-Kontakt-Patientenpaaren, die nach Beendigung der Kontaktvorkehrungen identifiziert wurden, erneut zu untersuchen, indem sie die genetische Verwandtschaft beider Stämme und mobiler genetischer Elemente neu bewerten, indem sie alle 48 wiederhergestellten ESBL- E.coli-Stämme.
Die Forscher gehen davon aus, dass die Anzahl der Übertragungsereignisse, definiert durch die Übertragung von ESBL-produzierenden E. coli-Stämmen, von PFGE im Vergleich zu WGS möglicherweise überschätzt wurde, da PFGE nicht die Auflösung hat, um eng verwandte Stämme zu unterscheiden. Die Übertragung mobiler genetischer Elemente wurde jedoch möglicherweise von PFGE übersehen, da diese Technologie nicht in der Lage ist, die genetische Verwandtschaft von Plasmiden, Genen und anderen mobilen genetischen Elementen zu identifizieren. Daher kann WGS zusätzliche Übertragungsereignisse aufdecken, die als Übertragung mobiler genetischer Elemente definiert sind.
Unterschiedliche Sequenzierungsansätze können unterschiedliche Ergebnisse in Bezug auf die Erkennung von Übertragungsereignissen liefern.
Die Forscher gehen davon aus, dass die Short-Read-Sequenzierung ausreichen kann, um die Verwandtschaft von Stämmen zuverlässig nachzuweisen, dass jedoch zusätzliche Long-Read-Sequenzierungsansätze erforderlich sind, um die Übertragung mobiler genetischer Elemente nachzuweisen.
Studientyp
Einschreibung (Geschätzt)
Kontakte und Standorte
Studienorte
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Basel, Schweiz, 4031
- University Hospital Basel, Division of Infectious Diseases and Hospital Epidemiology
-
-
Teilnahmekriterien
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
- Kind
- Erwachsene
- Älterer Erwachsener
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Probenahmeverfahren
Studienpopulation
Beschreibung
Einschlusskriterien:
- Die Patientenpopulation ist definiert als die 24 Kontaktindex-Patientenpaare, die beim Screening von Kontaktpatienten nach Beendigung der Kontaktvorkehrungen im Rahmen einer Qualitätskontrolle identifiziert wurden, die von Juni 2012 bis Dezember 2013 am Universitätsspital Basel und von Januar 2012 bis Dezember 2013 durchgeführt wurde im FELIX PLATTER-Krankenhaus.
Ausschlusskriterien:
- Patienten, die die oben genannten Einschlusskriterien nicht erfüllen.
Studienplan
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
Kohorten und Interventionen
Gruppe / Kohorte |
Intervention / Behandlung |
|---|---|
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ESBL E.coli-Stämme von 24 Kontakt-Index-Patienten
48 ESBL-E.
coli-Stämme von 24 Kontakt-Index-Patienten
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Vergleich der beiden unterschiedlichen Techniken
Demografische Daten (Alter, Geschlecht, Krankenhausaufnahme- und Entlassungsdatum, Zimmer und Stationen mit Aufnahme- und Entlassungsdatum, Krankenhausaufenthalt vor aktuellem Krankenhausaufenthalt, Entlassungsziel, Outcome, Todesursache, Reisehistorie, kürzlicher Krankenhausaufenthalt bei ESBL-hoher Belastung Region, Aufnahme aus einer anderen Gesundheitseinrichtung, Aufnahme aus einer Langzeitpflegeeinrichtung, beruflicher oder häuslicher Kontakt zu Tieren) Klinische Daten (Diagnosedatum der ESBL-produzierenden E. coli-Trage, Art der Infektion/Besiedlung mit ESBL-produzierenden E. Coli, Komorbiditäten, Charlson Comorbidity Index, Infektionskrankheiten nach Nachweis von ESBL-PE, aktive offene Wunden, Gefäßverweilvorrichtungen, Harnkatheterisierung) Behandlungsdaten (Immunsuppression, Antibiotikatherapie, Begleitmedikation und chirurgische Therapie vor und während des Krankenhausaufenthalts) Mikrobiologische Daten
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Anzahl der von WGS ermittelten Übertragungsereignisse
Zeitfenster: Januar 2012 - Dezember 2020
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Übertragungsereignisse werden in Übertragung von Stämmen und Übertragung von mobilen genetischen Elementen kategorisiert.
Die von WGS ermittelte Anzahl von Übertragungsereignissen wird mit der von PFGE ermittelten Anzahl von Übertragungsereignissen verglichen.
Patientenbezogene Merkmale und Expositionen werden zwischen Patienten mit und ohne Übertragungsereignisse verglichen.
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Januar 2012 - Dezember 2020
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Mitarbeiter und Ermittler
Ermittler
- Hauptermittler: Sarah Tschudin Sutter, Prof. Dr. MD, University Hospital, Basel, Switzerland
Studienaufzeichnungsdaten
Haupttermine studieren
Studienbeginn (Tatsächlich)
Primärer Abschluss (Geschätzt)
Studienabschluss (Geschätzt)
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst gepostet (Tatsächlich)
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Tatsächlich)
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Zuletzt verifiziert
Mehr Informationen
Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Andere Studien-ID-Nummern
- 2020-00188
Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
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