アフリカの腸チフス小児の世界的なゲノムおよびプロテオミクスプロファイリング

腸チフスは、ヒト特異的病原体である腸チフス菌血清型サルモネラ菌（S. typhi）によって引き起こされます。 世界保健機関 (WHO) は、腸チフスを世界的な健康問題として認識しており、年間推定 2,100 万人の感染者と 20 万人から 60 万人が死亡しています。 アフリカと南アジアでは、幼い子供が最も病気の負担が大きいサブグループを代表しています。 病気の発症は潜行性であり、臨床診断は多くの場合信頼できません。 血液または骨髄培養による確定診断は多大な労力と費用がかかり、侵襲的であり、感度は 40 ～ 70% です。 WHOは定期的な腸チフスワクチン接種を推奨していますが、現在認可されているワクチンでは、この病気に対する防御力は55～75％しかありません。 したがって、腸チフスが依然として大きな公衆衛生上の負担となっている国では、迅速かつ高感度で安価な診断方法と、より効果的なワクチンの開発が緊急に必要とされています。 長期的な目標は、1) 腸チフスの迅速かつ安価な検出のための革新的な分子診断アッセイを開発すること、2) 次世代の腸チフスワクチンの開発を促進するために宿主反応の分子機構をより深く理解することである。

当面の目的は、チフス菌に感染したアフリカの子供たちの全体的な遺伝子発現とプロテオミクスプロファイルを取得し、潜在的な診断バイオマーカーとワクチン標的としての分類遺伝子とタンパク質を同定して検証することである。 菌血症監視システムは 2008 年にナイジェリア中央部で確立されました。パイロット研究は、腸チフス患者で構成されるこのシステムの小規模コホートから開始されました。

予備データでは、他の菌血症感染症と比較した腸チフスの小児、および急性期と回復期の患者の末梢血における宿主反応の独特の遺伝子発現プロファイルが示されました。 ここでは、末梢血および血清中の宿主反応に基づいた明確な分類遺伝子およびタンパク質を取得して、腸チフスを他の菌血症感染症および健康な対照から区別できるという仮説が立てられている。

具体的な目的:

1. 遺伝子発現 (GE) マイクロアレイを使用して、腸チフス特異的な宿主反応分類遺伝子を定義します。
2. 新しく確立された腸チフス菌プロテオームマイクロアレイを使用して特定の血清抗腸チフスタンパク質を発見し、急性腸チフスのプロトタイプ血清学的アッセイ（ELISA）を開発する
3. 新しい独立したコホートを使用して、分類遺伝子を検証し、プロトタイプ ELISA をフィールドテストします。

これらの目的を達成するために、感染症、免疫学、分子ゲノミクス/プロテオミクス、マイクロアレイ、バイオインフォマティクスの専門知識を備えた学際的なチームが編成され、このプロジェクトを確実に成功させています。 これらの研究は、免疫学的応答に基づいて、腸チフス感染の明確な分類遺伝子とタンパク質を同定するでしょう。 腸チフス菌を他の菌血症から区別する分類器により、腸チフスに特有の、迅速、安価、非侵襲性、高感度の分子診断アッセイを開発し、提供することが可能である。 新しいカスタム全プロテオーム腸チフスマイクロアレイから得られた分類子タンパク質は、次世代ワクチン開発のための標的タンパク質と抗体についての新たな洞察を提供します。