A tífuszban szenvedő afrikai gyermekek globális genomikai és proteomikai profilozása

A tífusz lázát a Salmonella enterális Typhi szerovariáns (S. typhi) okozza, amely egy emberspecifikus kórokozó. Az Egészségügyi Világszervezet (WHO) a tífuszt globális egészségügyi problémaként ismeri el, becslések szerint évente 21 millió megbetegedést és 200 000-600 000 halálesetet okoz. Afrikában és Dél-Ázsiában a kisgyermekek jelentik azt az alcsoportot, ahol a legmagasabb a betegségteher. A betegség kezdete alattomos, és a klinikai diagnózis gyakran megbízhatatlan. A vér- vagy csontvelőkultúrával történő végleges diagnózis munkaigényes, drága és invazív, érzékenysége 40-70%. A WHO a rutinszerű tífusz elleni oltást javasolja, de a jelenleg engedélyezett vakcinák csak 55-75%-os védelmet nyújtanak a betegséggel szemben. Ezért sürgősen szükség van gyors, érzékeny és olcsó diagnosztikai módszerek, valamint hatékonyabb vakcinák kidolgozására azokban az országokban, ahol a tífusz továbbra is jelentős közegészségügyi terhet jelent. A hosszú távú célok a következők: 1) innovatív molekuláris diagnosztikai vizsgálatok kifejlesztése a tífusz gyors és olcsó kimutatására, valamint 2) a gazdaszervezet válaszreakciójának molekuláris mechanizmusainak jobb megértése a következő generációs tífusz elleni vakcinák kifejlesztésének elősegítése érdekében.

A közvetlen cél az S. Typhi-vel fertőzött afrikai gyermekek globális génexpressziójának és proteomikus profiljának beszerzése, az osztályozó gének és fehérjék azonosítása és validálása, mint potenciális diagnosztikai biomarkerek és vakcinacélpontok. 2008-ban Nigéria középső részén létrehoztak egy bakteriémia megfigyelő rendszert; kísérleti vizsgálatot indítottak egy kis csoportból ebből a rendszerből, amely tífuszos gyermekekből állt.

Az előzetes adatok a tífuszos gyermekek perifériás vérében a gazdaválasz egyedi génexpressziós profilját mutatták, összehasonlítva más bakteriemiás fertőzésekkel, valamint akut vagy lábadozó fázisban lévő betegekkel. Itt azt feltételezik, hogy a perifériás vérben és a szérumban a gazdaválaszon alapuló, különböző osztályozó gének és fehérjék nyerhetők a tífusz és más bakteriemiás fertőzések és egészséges kontrollok megkülönböztetésére.

Konkrét célok:

1. Határozza meg a tífusz-specifikus gazdaválasz-osztályozó géneket génexpressziós (GE) mikrotömbök segítségével,
2. Fedezze fel a specifikus szérum tífusz elleni fehérjéket az újonnan létrehozott S. Typhi proteom mikromátrixok segítségével, és dolgozzon ki prototípus szerológiai vizsgálatot az akut tífusz (ELISA) kimutatására.
3. Érvényesítse az osztályozó géneket és a terepi teszt prototípus ELISA-kat új, független kohorszok segítségével.

E célok elérése érdekében a projekt sikerének biztosítása érdekében összeállítottak egy multidiszciplináris csapatot a fertőző betegségek, az immunológia, a molekuláris genomika/proteomika, a mikrotömbök és a bioinformatika területén. Ezek a vizsgálatok a tífuszfertőzés különböző osztályozó génjeit és fehérjéit azonosítják az immunológiai válaszok alapján. Kifejleszthetők olyan osztályozók, amelyek megkülönböztetik az S. Typhi-t más bakteriémiáktól, és gyors, olcsó, nem invazív és érzékeny molekuláris diagnosztikai vizsgálatokat kínálnak, amelyek specifikusak a tífuszra. Az új, egyedi, teljes proteomot tartalmazó tífusz-mikrotömbökből nyert osztályozó fehérjék új betekintést nyújtanak a célzott fehérjék és antitestek új generációs vakcinafejlesztéséhez.