DR-TB の診断のための tNGS の臨床評価 (Seq&Treat)

近年、結核 (TB) 制御の取り組みは、MDR-TB、つまり第一選択薬のイソニアジド (INH) とリファンピシン (RIF) に耐性のある結核、および XDR-TB の増加と拡大によって複雑になっています。フルオロキノロン (FQ) および二次注射用化合物 (SLI) [アミカシン (AMK)、カナマイシン (KAN) および/またはカプレオマイシン (CAP)] に対するさらなる耐性を獲得した MDR-TB 迅速な診断と適切な治療M / XDR-TBの重大な罹患率、死亡率、および病気のさらなる伝染を防ぐために不可欠です。 合併症のない MDR-TB の治療について、世界保健機関 (WHO) は最近、従来の 18 ～ 24 か月の治療計画に代わる 6 ～ 9 か月の治療計画を承認しました。 FQ と SLI は 6 ～ 9 か月のレジメンの重要な構成要素であるため、より短いレジメンで患者を治療する前に、これらの化合物に対する耐性を除外する必要があります。 より長期の MDR-TB 治療レジメンでは、WHO はもはや CAP または KAN の使用を支持していませんが、レジメンは依然として FQ に大きく依存しており、AMK および PZA が推奨されるグループ C 薬としてリストされているため、これらすべての薬の迅速な診断が保証されます。 DR-TB4のタイムリーな治療には依然として関連性があり、重要です。

包括的な DR-TB 診断の現在の標準は、培養ベースの DST (液体培養、例: MGIT または固形培養。 LJ)、特注のバイオ セーフティ レベル 3 (BSL3) 研究所でのみ実装できます。 したがって、過去 20 年間の包括的な DST の必要性に対する世界的な対応は、BSL3 施設と MGIT 液体培養システムのスケールアップに焦点を当て、世界的な生産能力を拡大してきました。 これにより、DST ワークフローの一部の標準化が可能になり、参照結核検査室のグローバル ネットワークの基盤ができましたが、インフラストラクチャのニーズ、かなりの実践時間、および日常的な使用のための専門知識に関して、かなりのコストと労力がかかりました。 さらに、培養中の結核菌 (Mtb) の増殖が遅いことは、従来の培養ベースの DST から結果を得るのに 6 ～ 8 週間かかることを意味し、多くの場合、培養が遅すぎて患者の転帰に影響を与えることができないことがデータによって示されています。 最近では、普遍的な DST に対する公衆衛生上のニーズに対する世界的な対応として、DST 機能が制限された迅速な分子結核検査が広く展開され、広く採用されており、早期治療の決定をサポートし、従来の表現型 DST を補完しています。 (Cepheid Xpert MTB/RIF または Ultra、Hain GenoType MTBDRplus)。 ただし、プローブベースまたはアレイベースの分子診断の固有の設計により、初期の設計ロックアッセイに含まれる限られた数の特定の変異にその範囲が制限され、完全に戻ることなく新しい変異と新しい薬剤耐性予測を統合することができなくなります製品の開発と検証。 次世代シーケンシング (NGS) 技術は、グローバルな包括的な DST に革命を起こす可能性を秘めています。 ターゲット NGS (tNGS) を使用して、耐性に関連する変異を含む結核菌 (MTB) の多数のゲノムワイド ターゲットを調査し、それらを耐性を付与しない変異と区別して、プローブやアレイよりも優れたパフォーマンスを提供できます。ベースの分子診断。

DR-TB 診断では、tNGS は、速度、使いやすさ、および包括的な範囲の点で、培養ベースの方法やその他の分子診断よりも大きな潜在的利益をもたらします。 ただし、LMIC での DR-TB 患者ケアのためのシーケンシングの採用は、(i) 臨床サンプルから直接データ分析および解釈までの標準化された完全なソリューション (つまり、エンドツーエンドのソリューション) がないため、制限されています。 (ii) シーケンシングを体外診断として使用するためのポリシーとガイドラインを推進するための、そのような市販のエンドツーエンドのシーケンシング ソリューションの検証と検証の欠如。 (iii) 認識されている技術的およびコスト上の障壁。 WHO と FIND は、DR-TB の臨床診断のための配列決定の要件と利用に関する技術ガイドと、配列決定のためのコンセンサスベースのターゲット製品プロファイル (TPP) を作成しました。 エンド ツー エンド ソリューションの標準コンポーネントには、喀痰サンプルからの DNA 抽出、ライブラリーの準備、配列決定、および臨床結果報告のためのデータ分析/解釈が含まれます。 公開された TPP ガイドラインに基づいて、多くのメーカーが DR-TB 診断のためのエンドツーエンドのソリューションを開発しました。 これらのシーケンシング ソリューションは、技術的および運用上のターゲット製品プロファイルの基準を満たしていることを確認するために、厳密な分析テスト、実験室での検証、および臨床評価を必要とします。

現在の研究は、薬剤耐性結核診断のための無培養の tNGS エンドツーエンド ソリューションの性能を評価し、多様な臨床環境での使用を推奨する 2 段階のプロジェクトの一部です。

• フェーズ 1 は、製造元で実施される分析研究です。 これは、十分に特徴付けられた MTB 株のパネルを使用した、tNGS エンドツーエンド ソリューションの盲検実験室分析検証です。
• フェーズ 2 (現在の研究) は、使用目的の設定で最大 3 つの tNGS エンドツーエンド シーケンス ソリューションの診断精度とパフォーマンスを評価する多施設臨床試験です。

2 つの研究フェーズは、研究目的に対処し、tNGS ソリューションが薬剤耐性結核の臨床診断のための NGS ターゲット製品プロファイル (TPP) で概説されている診断性能基準を満たしているかどうかを判断するための補完的な証拠を提供します。 この臨床試験の目的は、ラボの検証研究で観察された精度推定値を確認し、tNGS 診断性能特性が意図した使用部位で一貫していることを確認することです。

このプロトコルの焦点は、DR-TB 診断のためのエンドツーエンド tNGS ソリューションの診断精度と技術的性能の多施設臨床評価です。