Avaliação clínica de tNGS para diagnóstico de DR-TB (Seq&Treat)

Nos últimos anos, os esforços de controle da tuberculose (TB) foram complicados pelo aumento e disseminação de MDR-TB, ou TB resistente aos medicamentos de primeira linha isoniazida (INH) e rifampicina (RIF) e XDR-TB, ou MDR-TB que desenvolveu resistência adicional a uma fluoroquinolona (FQ) e qualquer um dos compostos injetáveis ​​de segunda linha (SLI) [amicacina (AMK), canamicina (KAN) e/ou capreomicina (CAP)] O diagnóstico rápido e tratamento adequado de M/XDR-TB é essencial para prevenir significativa morbidade, mortalidade e maior transmissão da doença. Para o tratamento de MDR-TB não complicada, a Organização Mundial da Saúde (OMS) endossou recentemente um regime de tratamento de 6 a 9 meses, substituindo os regimes convencionais de 18 a 24 meses. Os FQs e SLIs são componentes-chave do regime de 6-9 meses e, portanto, é necessário descartar a resistência a esses compostos antes de tratar os pacientes com o regime mais curto. Para regimes de tratamento de TB multirresistente mais longos, a OMS não endossa mais o uso de CAP ou KAN, mas os regimes ainda dependem fortemente de FQs, com AMK e PZA listados como medicamentos recomendados do Grupo C, garantindo assim que o diagnóstico rápido de todos esses medicamentos ainda é relevante e crítico para o tratamento oportuno de DR-TB4.

O padrão atual para o diagnóstico abrangente de TB-DR é o DST baseado em cultura (cultura líquida, por ex. MGIT ou cultura sólida, e. LJ), que só pode ser implementado em laboratórios customizados de Nível 3 de Biossegurança (BSL3). A resposta global à necessidade de DST abrangente nas últimas duas décadas foi, portanto, focada na expansão de instalações BSL3 e sistemas de cultura líquida MGIT para expandir a capacidade global. Embora isso tenha permitido alguma padronização dos fluxos de trabalho do DST e tenha resultado em uma base para uma rede global de laboratórios de TB de referência, custou e esforço consideráveis ​​em termos de necessidades de infraestrutura, tempo prático significativo e experiência para uso rotineiro. Além disso, o crescimento lento de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) em cultura significa que leva de 6 a 8 semanas para obter resultados de DST convencional baseado em cultura e os dados mostraram que muitas vezes a cultura chega tarde demais para ter impacto nos resultados do paciente. Mais recentemente, a resposta global à necessidade de saúde pública para DST universal tem sido um amplo lançamento e ampla adoção de testes moleculares rápidos de TB com recursos limitados de DST para apoiar decisões de tratamento precoce e complementar DST fenotípico tradicional, por ex. (Cepheid Xpert MTB/RIF ou Ultra, Hain GenoType MTBDRplus). No entanto, o design inerente do diagnóstico molecular baseado em sonda ou array limita sua cobertura a um número limitado de mutações específicas incluídas no ensaio inicial de design bloqueado e os impede de integrar novas mutações e nova previsão de resistência a medicamentos sem voltar para concluir desenvolvimento e validação de produtos. A tecnologia de sequenciamento de próxima geração (NGS) tem o potencial de revolucionar o DST abrangente global. O NGS direcionado (tNGS) pode ser usado para interrogar mais de vários alvos do genoma no Mycobacterium tuberculosis (MTB) que contêm mutações associadas à resistência e diferenciá-los de mutações que não conferem resistência, proporcionando melhor desempenho do que sonda ou array- diagnóstico molecular baseado.

Para o diagnóstico de DR-TB, o tNGS oferece enormes ganhos potenciais em relação aos métodos baseados em cultura e outros diagnósticos moleculares em termos de velocidade, facilidade de uso e cobertura abrangente. No entanto, a aceitação do sequenciamento para tratamento de pacientes com TB-DR em LMICs tem sido limitada devido (i) à ausência de uma solução padronizada e completa diretamente de amostras clínicas para análise e interpretação de dados (ou seja, uma solução de ponta a ponta); (ii) falta de verificação e validação de tais soluções comerciais de sequenciamento de ponta a ponta para direcionar políticas e diretrizes para uso de sequenciamento como diagnóstico in vitro; e (iii) barreiras técnicas e de custo percebidas. A OMS e FIND desenvolveram um guia técnico sobre requisitos e utilização de sequenciamento para diagnóstico clínico de TB-DR e um Perfil de Produto Alvo (TPP) baseado em consenso para sequenciamento. Os componentes padrão de uma solução de ponta a ponta incluem: extração de DNA de amostra de escarro, preparação de biblioteca, sequenciamento e análise/interpretação de dados para relatórios de resultados clínicos. Com base nas diretrizes TPP publicadas, vários fabricantes desenvolveram soluções completas para o diagnóstico de TB-DR. Essas soluções de sequenciamento exigem testes analíticos rigorosos, validação laboratorial e avaliação clínica para garantir que atendam aos critérios técnicos e operacionais do perfil do produto-alvo.

O estudo atual faz parte de um projeto de duas fases para avaliar o desempenho de soluções end-to-end de tNGS sem cultura para o diagnóstico de TB resistente a medicamentos e recomendar seu uso em diversos ambientes clínicos.

• A Fase 1 é um estudo analítico realizado no local do fabricante. É uma validação analítica de laboratório cega de soluções end-to-end de tNGS usando um painel bem caracterizado de cepas de MTB.
• A Fase 2 (o estudo atual) é um ensaio clínico multicêntrico para avaliar a precisão diagnóstica e o desempenho de até 3 soluções de sequenciamento ponta a ponta tNGS em configurações de uso pretendido.

As duas fases do estudo fornecerão evidências complementares para abordar os objetivos do estudo e determinar se as soluções tNGS atendem aos critérios de desempenho de diagnóstico descritos no Perfil de Produto Alvo NGS (TPP) para diagnóstico clínico de TB resistente a medicamentos. O objetivo deste ensaio clínico é confirmar as estimativas de precisão observadas no estudo de validação laboratorial e garantir que as características de desempenho de diagnóstico do tNGS sejam consistentes nos locais de uso pretendido.

O foco deste protocolo é a avaliação clínica multicêntrica da precisão diagnóstica e desempenho técnico das soluções tNGS de ponta a ponta para o diagnóstico de TB-DR.