Клиническая оценка tNGS для диагностики ЛУ-ТБ (Seq&Treat)

В последние годы усилия по борьбе с туберкулезом (ТБ) осложнялись ростом и распространением МЛУ-ТБ, или ТБ, устойчивого к препаратам первого ряда изониазиду (INH) и рифампицину (RIF), и ШЛУ-ТБ, или МЛУ-ТБ с развившейся дополнительной устойчивостью к фторхинолону (ФХ) и любому из инъекционных препаратов второго ряда (ИСЛ) [амикацин (АМК), канамицин (КАН) и/или капреомицин (КАП)] Быстрая диагностика и соответствующее лечение М/ШЛУ-ТБ имеет важное значение для предотвращения серьезной заболеваемости, смертности и дальнейшей передачи болезни. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) недавно утвердила для лечения неосложненного МЛУ-ТБ 6-9-месячную схему лечения, заменившую обычные 18-24-месячные схемы. FQ и SLI являются ключевыми компонентами 6-9-месячного режима, поэтому необходимо исключить резистентность к этим соединениям перед лечением пациентов по более короткому режиму. Для более длительных схем лечения МЛУ-ТБ ВОЗ больше не одобряет использование CAP или KAN, но схемы по-прежнему в значительной степени зависят от FQ, при этом AMK и PZA перечислены в качестве рекомендуемых препаратов группы C, что обеспечивает быструю диагностику всех этих препаратов. по-прежнему актуальна и имеет решающее значение для своевременного лечения ЛУ-ТБ4.

Текущим стандартом комплексной диагностики ЛУ-ТБ является ТЛЧ на основе посева (жидкая культура, т.е. MGIT или твердая культура, например. LJ), которые могут быть реализованы только в специально построенных лабораториях уровня биобезопасности 3 (BSL3). Таким образом, глобальный ответ на потребность в комплексном ТЛЧ в последние два десятилетия был сосредоточен на расширении объектов BSL3 и систем жидкостных культур MGIT для расширения глобальных возможностей. Хотя это позволило в некоторой степени стандартизировать рабочие процессы ТЛЧ и привело к созданию основы для глобальной сети референс-лабораторий по ТБ, это потребовало значительных затрат и усилий с точки зрения потребностей в инфраструктуре, значительного практического времени и опыта для рутинного использования. Более того, медленный рост Mycobacterium tuberculosis (Mtb) в культуре означает, что для получения результатов обычного культурального ТЛЧ требуется 6-8 недель, и данные показывают, что часто культура проводится слишком поздно, чтобы повлиять на результаты лечения пациентов. Совсем недавно глобальным ответом на потребность общественного здравоохранения в универсальном ТЛЧ стало широкое внедрение и широкое внедрение быстрых молекулярных тестов на ТБ с ограниченными возможностями ТЛЧ для поддержки принятия ранних решений о лечении и дополнения традиционных фенотипических ТЛЧ, например. (Cepheid Xpert MTB/RIF или Ultra, Hain GenoType MTBDRplus). Однако характерный дизайн молекулярной диагностики на основе зондов или массивов ограничивает их охват ограниченным числом конкретных мутаций, включенных в первоначальный анализ с блокировкой дизайна, и не позволяет им интегрировать новые мутации и прогнозировать новую лекарственную устойчивость, не возвращаясь к завершению. разработка и проверка продукта. Технология секвенирования следующего поколения (NGS) может произвести революцию в глобальном комплексном ТЛЧ. Нацеленный NGS (tNGS) можно использовать для опроса более чем многочисленных полногеномных мишеней в Mycobacterium tuberculosis (MTB), которые содержат мутации, связанные с устойчивостью, и дифференцировать их от мутаций, которые не придают устойчивости, обеспечивая лучшую производительность, чем зонд или массив. на основе молекулярной диагностики.

Для диагностики ЛУ-ТБ tNGS предлагает огромные потенциальные преимущества по сравнению с культуральными методами и другими методами молекулярной диагностики с точки зрения скорости, простоты использования и всестороннего охвата. Однако внедрение секвенирования для лечения больных ЛУ-ТБ в СНСД было ограничено из-за (i) отсутствия стандартизированного и полного решения, непосредственно от клинических образцов до анализа и интерпретации данных (т. е. комплексного решения); (ii) отсутствие проверки и валидации таких коммерческих комплексных решений для секвенирования для определения политики и руководств по использованию секвенирования в качестве диагностики in vitro; и (iii) предполагаемые технические и стоимостные барьеры. ВОЗ и FIND разработали техническое руководство по требованиям и использованию секвенирования для клинической диагностики ЛУ-ТБ и основанный на консенсусе профиль целевого продукта (TPP) для секвенирования. Стандартные компоненты комплексного решения включают в себя: извлечение ДНК из образца мокроты, подготовку библиотеки, секвенирование и анализ/интерпретацию данных для отчета о клинических результатах. На основе опубликованных рекомендаций TPP ряд производителей разработали комплексные решения для диагностики ЛУ-ТБ. Эти решения для секвенирования требуют тщательного аналитического тестирования, лабораторной проверки и клинической оценки, чтобы убедиться, что они соответствуют техническим, а также операционным критериям целевого профиля продукта.

Настоящее исследование является частью двухэтапного проекта по оценке эффективности бескультуральных комплексных решений tNGS для диагностики лекарственно-устойчивого туберкулеза и рекомендации по их использованию в различных клинических условиях.

• Этап 1 представляет собой аналитическое исследование, проводимое на площадке производителя. Это слепая лабораторная аналитическая проверка сквозных решений tNGS с использованием хорошо охарактеризованной панели штаммов MTB.
• Фаза 2 (текущее исследование) представляет собой многоцентровое клиническое испытание для оценки диагностической точности и эффективности до 3 решений сквозного секвенирования tNGS в условиях предполагаемого использования.

Два этапа исследования предоставят дополнительные доказательства для достижения целей исследования и определения того, соответствуют ли растворы tNGS критериям диагностической эффективности, изложенным в профиле целевого продукта NGS (TPP) для клинической диагностики лекарственно-устойчивого ТБ. Целью этого клинического испытания является подтверждение оценок точности, полученных в лабораторном проверочном исследовании, и обеспечение того, чтобы диагностические характеристики tNGS соответствовали предполагаемым местам использования.

В центре внимания этого протокола находится многоцентровая клиническая оценка диагностической точности и технических характеристик комплексных решений tNGS для диагностики ЛУ-ТБ.