Évaluation clinique du tNGS pour le diagnostic de la TB pharmacorésistante (Seq&Treat)

Ces dernières années, les efforts de lutte contre la tuberculose (TB) ont été compliqués par l'augmentation et la propagation de la tuberculose multirésistante, ou tuberculose résistante aux médicaments de première intention isoniazide (INH) et rifampicine (RIF), et de la tuberculose ultrarésistante, ou TB-MR ayant développé une résistance supplémentaire à une fluoroquinolone (FQ) et à l'un des composés injectables de deuxième ligne (SLI) [amikacine (AMK), kanamycine (KAN) et/ou capréomycine (CAP)] Le diagnostic rapide et un traitement approprié de la M/XDR-TB est essentielle pour prévenir une morbidité, une mortalité et une transmission ultérieure importantes de la maladie. Pour le traitement de la tuberculose multirésistante non compliquée, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a récemment approuvé un schéma thérapeutique de 6 à 9 mois, remplaçant les schémas thérapeutiques conventionnels de 18 à 24 mois. Les FQ et les SLI sont des composants clés du régime de 6 à 9 mois, et il est donc nécessaire d'exclure la résistance à ces composés avant de traiter les patients avec le régime plus court. Pour les schémas thérapeutiques plus longs contre la tuberculose multirésistante, l'OMS n'approuve plus l'utilisation du CAP ou du KAN, mais les schémas reposent toujours fortement sur les FQ, l'AMK et le PZA étant répertoriés comme médicaments recommandés du groupe C, garantissant ainsi que le diagnostic rapide de tous ces médicaments est toujours pertinente et essentielle pour le traitement rapide de la DR-TB4.

La norme actuelle pour le diagnostic complet de la TB pharmacorésistante est le DST basé sur la culture (culture liquide, par ex. MGIT ou culture solide, par ex. LJ), qui ne peut être mis en œuvre que dans des laboratoires sur mesure de niveau de biosécurité 3 (BSL3). La réponse mondiale au besoin d'un DST complet au cours des deux dernières décennies s'est donc concentrée sur la mise à l'échelle des installations BSL3 et des systèmes de culture liquide MGIT pour étendre la capacité mondiale. Bien que cela ait permis une certaine normalisation des flux de travail DST et ait abouti à la création d'un réseau mondial de laboratoires de référence pour la tuberculose, cela a entraîné des coûts et des efforts considérables en termes de besoins en infrastructure, de temps pratique important et d'expertise pour une utilisation de routine. De plus, la croissance lente de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) en culture signifie qu'il faut 6 à 8 semaines pour obtenir des résultats à partir d'un DST conventionnel basé sur la culture et les données ont montré que la culture arrive souvent trop tard pour avoir un impact sur les résultats des patients. Plus récemment, la réponse mondiale au besoin de santé publique pour un DST universel a été un large déploiement et une large adoption de tests moléculaires rapides de la tuberculose avec des capacités de DST limitées pour soutenir les décisions de traitement précoce et compléter le DST phénotypique traditionnel, par ex. (Cepheid Xpert MTB/RIF ou Ultra, Hain GenoType MTBDRplus). Cependant, la conception inhérente des diagnostics moléculaires basés sur des sondes ou des matrices limite leur couverture à un nombre limité de mutations spécifiques incluses dans le test initial à conception verrouillée, et les empêche d'intégrer de nouvelles mutations et de nouvelles prédictions de résistance aux médicaments sans revenir en arrière. développement et validation de produits. La technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS) a le potentiel de révolutionner le DST complet à l'échelle mondiale. Le NGS ciblé (tNGS) peut être utilisé pour interroger plus de nombreuses cibles à l'échelle du génome dans le Mycobacterium tuberculosis (MTB) qui contiennent des mutations associées à la résistance, et les différencier des mutations qui ne confèrent pas de résistance, offrant de meilleures performances que les sondes ou les puces. diagnostic moléculaire basé.

Pour le diagnostic de la TB pharmacorésistante, le tNGS offre d'énormes gains potentiels par rapport aux méthodes basées sur la culture et à d'autres diagnostics moléculaires en termes de rapidité, de facilité d'utilisation et de couverture complète. Cependant, l'adoption du séquençage pour les soins aux patients atteints de tuberculose pharmacorésistante dans les PRFI a été limitée en raison (i) de l'absence d'une solution standardisée et complète directement des échantillons cliniques à l'analyse et à l'interprétation des données (c'est-à-dire une solution de bout en bout) ; (ii) le manque de vérification et de validation de ces solutions commerciales de séquençage de bout en bout pour orienter la politique et les lignes directrices pour l'utilisation du séquençage comme diagnostic in vitro ; et (iii) les barrières techniques et financières perçues. L'OMS et FIND ont élaboré un guide technique sur les exigences et l'utilisation du séquençage pour le diagnostic clinique de la TB pharmacorésistante et un profil de produit cible (TPP) basé sur le consensus pour le séquençage. Les composants standard d'une solution de bout en bout comprennent : l'extraction d'ADN à partir d'un échantillon d'expectoration, la préparation d'une bibliothèque, le séquençage et l'analyse/interprétation des données pour la communication des résultats cliniques. Sur la base des directives publiées du TPP, un certain nombre de fabricants ont développé des solutions de bout en bout pour le diagnostic de la TB pharmacorésistante. Ces solutions de séquençage nécessitent des tests analytiques rigoureux, une validation en laboratoire et une évaluation clinique afin de garantir qu'elles répondent aux critères techniques et opérationnels du profil de produit cible.

L'étude actuelle fait partie d'un projet en deux phases visant à évaluer les performances des solutions de bout en bout tNGS sans culture pour le diagnostic de la tuberculose résistante aux médicaments et à recommander leur utilisation dans divers contextes cliniques.

• La phase 1 est une étude analytique réalisée sur le site du fabricant. Il s'agit d'une validation analytique en laboratoire en aveugle des solutions tNGS de bout en bout utilisant un panel bien caractérisé de souches MTB.
• La phase 2 (l'étude en cours) est un essai clinique multicentrique visant à évaluer la précision et les performances diagnostiques de jusqu'à 3 solutions de séquençage de bout en bout tNGS dans les contextes d'utilisation prévus.

Les deux phases de l'étude fourniront des éléments de preuve complémentaires pour répondre aux objectifs de l'étude et déterminer si les solutions tNGS répondent aux critères de performance diagnostiques décrits dans le profil de produit cible (TPP) NGS pour le diagnostic clinique de la tuberculose résistante aux médicaments. Le but de cet essai clinique est de confirmer les estimations de précision observées dans l'étude de validation en laboratoire et de s'assurer que les caractéristiques de performance du diagnostic tNGS sont cohérentes sur les sites d'utilisation prévus.

L'objectif de ce protocole est l'évaluation clinique multicentrique de la précision du diagnostic et des performances techniques des solutions tNGS de bout en bout pour le diagnostic de la TB pharmacorésistante.