TNGS 诊断耐药结核病的临床评价 (Seq&Treat)

近年来，结核病 (TB) 的控制工作因耐多药结核病或对一线药物异烟肼 (INH) 和利福平 (RIF) 具有耐药性的结核病以及广泛耐药结核病的兴起和传播而变得复杂，或对氟喹诺酮 (FQ) 和任何二线注射化合物 (SLI) [阿米卡星 (AMK)、卡那霉素 (KAN) 和/或卷曲霉素 (CAP)] 产生额外耐药性的耐多药结核病 快速诊断和适当治疗耐多药/广泛耐药结核病对于预防显着的发病率、死亡率和疾病的进一步传播至关重要。 对于无并发症的耐多药结核病的治疗，世界卫生组织 (WHO) 最近批准了 6-9 个月的治疗方案，取代了传统的 18-24 个月的治疗方案。 FQs 和 SLIs 是 6-9 个月方案的关键组成部分，因此有必要在用较短的方案治疗患者之前排除对这些化合物的耐药性。 对于较长时间的耐多药结核病治疗方案，WHO不再认可使用CAP或KAN，但方案仍然严重依赖FQs，AMK和PZA被列为推荐的C组药物，从而保证了所有这些药物的快速诊断对 DR-TB4 的及时治疗仍然具有相关性和关键性。

耐药结核病综合诊断的现行标准是基于培养的药敏试验（液体培养，例如 MGIT 或坚实的文化，例如 LJ)，只能在定制的生物安全 3 级 (BSL3) 实验室中实施。 因此，在过去二十年中，全球对全面 DST 需求的响应一直集中在扩大 BSL3 设施和 MGIT 液体培养系统以扩大全球产能。 虽然这实现了药敏试验工作流程的一些标准化，并为全球参考 TB 实验室网络奠定了基础，但在基础设施需求、大量动手时间和日常使用的专业知识方面，它付出了相当大的成本和努力。 此外，结核分枝杆菌 (Mtb) 在培养物中的缓慢生长意味着需要 6-8 周才能从传统的基于培养物的药敏试验中获得结果，而且数据表明，培养物通常来得太晚，无法对患者的结果产生影响。 最近，全球对通用药敏试验的公共卫生需求的响应是广泛推出和广泛采用快速分子结核病检测，但药敏试验能力有限，以支持早期治疗决策并补充传统的表型药敏试验，例如 （Cepheid Xpert MTB/RIF 或 Ultra、Hain GenoType MTBDRplus）。 然而，基于探针或阵列的分子诊断的固有设计将它们的覆盖范围限制在初始设计锁定分析中包含的有限数量的特定突变，并阻止它们在不返回完成的情况下整合新突变和新耐药性预测产品开发和验证。 下一代测序 (NGS) 技术有可能彻底改变全球综合药敏试验。 靶向 NGS (tNGS) 可用于检测结核分枝杆菌 (MTB) 中包含与耐药性相关突变的众多全基因组靶点，并将它们与不产生耐药性的突变区分开来，提供比探针或阵列更好的性能-基于分子诊断。

对于耐药结核病诊断，tNGS 在速度、易用性和全面覆盖方面提供了超过基于培养的方法和其他分子诊断的巨大潜在收益。 然而，由于 (i) 缺乏直接从临床样本到数据分析和解释的标准化和完整解决方案（即端到端解决方案）； (ii) 缺乏对此类商业端到端测序解决方案的验证和确认，以推动将测序用作体外诊断的政策和指南； (iii) 感知到的技术和成本障碍。 WHO 和 FIND 制定了关于耐药结核病临床诊断测序的要求和利用的技术指南，以及基于共识的测序目标产品概况 (TPP)。 端到端解决方案的标准组件包括：从痰液样本中提取 DNA、文库制备、测序和用于临床结果报告的数据分析/解释。 基于已发布的 TPP 指南，许多制造商已经开发了用于耐药结核病诊断的端到端解决方案。 这些测序解决方案需要严格的分析测试、实验室验证和临床评估，以确保它们满足技术和操作目标产品概况标准。

目前的研究是一个两阶段项目的一部分，该项目旨在评估用于耐药结核病诊断的无培养 tNGS 端到端解决方案的性能，并推荐它们在不同的临床环境中的使用。

• 第一阶段是在制造商现场进行的分析研究。 它是使用充分表征的 MTB 菌株组对 tNGS 端到端解决方案进行的盲法实验室分析验证。
• 第 2 阶段（当前研究）是一项多中心临床试验，旨在评估多达 3 种 tNGS 端到端测序解决方案在预期用途设置中的诊断准确性和性能。

这两个研究阶段将提供补充证据，以解决研究目标并确定 tNGS 解决方案是否符合 NGS 目标产品概况 (TPP) 中概述的用于耐药结核病临床诊断的诊断性能标准。 该临床试验的目的是确认在实验室验证研究中观察到的准确性估计，并确保 tNGS 诊断性能特征在预期使用地点保持一致。

该协议的重点是对用于 DR-TB 诊断的端到端 tNGS 解决方案的诊断准确性和技术性能进行多中心临床评估。