Evaluación clínica de tNGS para el diagnóstico de DR-TB (Seq&Treat)

En los últimos años, los esfuerzos de control de la tuberculosis (TB) se han visto complicados por el aumento y la propagación de la TB-MDR, o TB que es resistente a los medicamentos de primera línea isoniazida (INH) y rifampicina (RIF), y la TB-XDR, o TB-MDR que ha desarrollado resistencia adicional a una fluoroquinolona (FQ) y cualquiera de los compuestos inyectables de segunda línea (SLI) [amikacina (AMK), kanamicina (KAN) y/o capreomicina (CAP)] El diagnóstico rápido y el tratamiento adecuado de M/XDR-TB es esencial para prevenir una morbilidad y mortalidad significativas y una mayor transmisión de la enfermedad. Para el tratamiento de la TB-MDR no complicada, la Organización Mundial de la Salud (OMS) aprobó recientemente un régimen de tratamiento de 6 a 9 meses, en sustitución de los regímenes convencionales de 18 a 24 meses. Las FQ y SLI son componentes clave del régimen de 6 a 9 meses, por lo que es necesario descartar la resistencia a estos compuestos antes de tratar a los pacientes con el régimen más corto. Para los regímenes de tratamiento más prolongados de la TB-MDR, la OMS ya no respalda el uso de CAP o KAN, pero los regímenes aún dependen en gran medida de las FQ, con AMK y PZA enumerados como medicamentos recomendados del Grupo C, lo que garantiza que el diagnóstico rápido de todos estos medicamentos sigue siendo relevante y fundamental para el tratamiento oportuno de DR-TB4.

El estándar actual para el diagnóstico completo de DR-TB es la DST basada en cultivo (cultivo líquido, p. MGIT o cultivo sólido, p. LJ), que solo se puede implementar en laboratorios personalizados de nivel de bioseguridad 3 (BSL3). Por lo tanto, la respuesta global a la necesidad de DST integral en las últimas dos décadas se ha centrado en la ampliación de las instalaciones BSL3 y los sistemas de cultivo líquido MGIT para expandir la capacidad global. Si bien esto permitió cierta estandarización de los flujos de trabajo de DST y resultó en una base para una red global de laboratorios de TB de referencia, ha tenido un costo y un esfuerzo considerables en términos de necesidades de infraestructura, tiempo práctico significativo y experiencia para el uso de rutina. Además, el crecimiento lento de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) en cultivo significa que se necesitan de 6 a 8 semanas para obtener resultados de la DST convencional basada en cultivo y los datos han demostrado que, a menudo, el cultivo llega demasiado tarde para tener un impacto en los resultados del paciente. Más recientemente, la respuesta global a la necesidad de salud pública de DST universal ha sido una amplia implementación y amplia adopción de pruebas rápidas de TB molecular con capacidades limitadas de DST para respaldar las decisiones de tratamiento tempranas y complementar la DST fenotípica tradicional, p. (Cepheid Xpert MTB/RIF o Ultra, Hain GenoType MTBDRplus). Sin embargo, el diseño inherente de los diagnósticos moleculares basados ​​en sondas o matrices limita su cobertura a un número limitado de mutaciones específicas incluidas en el ensayo de bloqueo de diseño inicial y evita que integren nuevas mutaciones y nuevas predicciones de resistencia a fármacos sin volver a completar desarrollo y validación de productos. La tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS) tiene el potencial de revolucionar el DST integral global. La NGS dirigida (tNGS) se puede utilizar para interrogar a más de numerosos objetivos de todo el genoma en Mycobacterium tuberculosis (MTB) que contienen mutaciones asociadas con la resistencia y diferenciarlas de las mutaciones que no confieren resistencia, proporcionando un mejor rendimiento que la sonda o la matriz. diagnóstico molecular basado en

Para el diagnóstico de DR-TB, tNGS ofrece enormes beneficios potenciales sobre los métodos basados ​​en cultivo y otros diagnósticos moleculares en términos de velocidad, facilidad de uso y cobertura integral. Sin embargo, la aceptación de la secuenciación para la atención de pacientes con TB-DR en los países de ingresos bajos y medianos se ha visto limitada debido a (i) la ausencia de una solución estandarizada y completa directamente desde las muestras clínicas hasta el análisis y la interpretación de datos (es decir, una solución integral); (ii) falta de verificación y validación de tales soluciones comerciales de secuenciación de extremo a extremo para impulsar políticas y pautas para el uso de la secuenciación como diagnóstico in vitro; y (iii) barreras técnicas y de costos percibidas. La OMS y FIND desarrollaron una guía técnica sobre los requisitos y la utilización de la secuenciación para el diagnóstico clínico de la DR-TB y un perfil de producto objetivo (TPP) basado en el consenso para la secuenciación. Los componentes estándar de una solución integral incluyen: extracción de ADN de una muestra de esputo, preparación de bibliotecas, secuenciación y análisis/interpretación de datos para informes de resultados clínicos. Sobre la base de las pautas TPP publicadas, varios fabricantes han desarrollado soluciones integrales para el diagnóstico de DR-TB. Estas soluciones de secuenciación requieren pruebas analíticas rigurosas, validación de laboratorio y evaluación clínica para garantizar que cumplan con los criterios técnicos y operativos del perfil del producto objetivo.

El estudio actual es parte de un proyecto de dos fases para evaluar el rendimiento de soluciones integrales de tNGS sin cultivo para el diagnóstico de TB resistente a los medicamentos y para recomendar su uso en diversos entornos clínicos.

• La Fase 1 es un estudio analítico realizado en el sitio del fabricante. Es una validación analítica de laboratorio ciego de soluciones integrales de tNGS utilizando un panel bien caracterizado de cepas de MTB.
• La fase 2 (el estudio actual) es un ensayo clínico multicéntrico para evaluar la precisión diagnóstica y el rendimiento de hasta 3 soluciones de secuenciación de extremo a extremo de tNGS en entornos de uso previsto.

Las dos fases del estudio proporcionarán cuerpos de evidencia complementarios para abordar los objetivos del estudio y determinar si las soluciones de tNGS cumplen con los criterios de rendimiento de diagnóstico descritos en el Perfil de producto objetivo (TPP) de NGS para el diagnóstico clínico de TB resistente a los medicamentos. El propósito de este ensayo clínico es confirmar las estimaciones de precisión observadas en el estudio de validación de laboratorio y garantizar que las características de rendimiento del diagnóstico de tNGS sean consistentes en los sitios de uso previsto.

El enfoque de este protocolo es la evaluación clínica multicéntrica de la precisión diagnóstica y el rendimiento técnico de las soluciones tNGS de extremo a extremo para el diagnóstico de DR-TB.