進行非小細胞肺癌患者における血漿ゲノム検査：PLAN研究 (PLAN)

背景 非小細胞肺癌におけるゲノム検査 治療上有効な変化の組織ジェノタイピングは、進行性非扁平上皮 NSCLC 患者の標準的な診断要件です。 組織ジェノタイピングは、一般的なゲノム変化を識別するための感度と特異度の両方が 90% を超えるゴールド スタンダードです。 NSCLC は、ゲノム的に多様ながんを表しています。 ゲノム変化の検出は過去 10 年間で進歩しており、現在では、KRAS、EGFR、ERBB2、BRAF、MET などの変異や、ALK、ROS1、NTRK、RET 遺伝子を含む融合体、および組織サンプルでの同時発生変異の検出が含まれています。 これらの突然変異を検出する能力は、NSCLC の分子的に定義されたサブセットの発見、および標的療法の開発における急速な成長につながっています。 制御不能な細胞増殖をもたらす実用的な発癌性ドライバー変異は、肺腺癌の最大 64% で検出されます。 NSCLC で最も一般的に観察される発癌性ドライバー変異は KRAS であり、最大 30% の症例で観察され、一次全身療法が失敗した後に KRAS G12C 変異を標的とするソトラシブやアダグラシブなどの薬剤の開発につながっています。 オシメルチニブ、ゲフィチニブ、エルロチニブなどの EGFR チロシンキナーゼ阻害剤 (TKI) と、クリゾチニブ、アレクチニブ、セリチニブによる ALK 指向療法の開発により、過去 10 年間で NSCLC 患者の生存率が大幅に改善され、第一選択の標的療法のためのこれらの突然変異の改善された検出方法。 検出されたそれぞれの実行可能な変異は、利用可能な治療オプションを上記以外に急速に拡大し、肺がん治療の状況を変えました。

NSCLC の大部分は進行期 (ステージ III または IV) で診断され、コア生検または細胞診標本で診断されることがよくあります。 腫瘍学および病理学会は、分子検査のターンアラウンドタイムが 10 営業日を超えないことを推奨していますが、これらの検体の最大 30% は、生検の繰り返しを必要とする組織ジェノタイピングを可能にするには不十分です。 したがって、患者はゲノム検査の結果を待っている間に臨床的に悪化する可能性があります。 最初の生検で十分なサンプルがなく、繰り返しの介入が必要な患者では、診断から治療までの時間が 28 日以上長くなる可能性があります。 これらの変異を検出する方法は、DNA 配列決定、DNA 対立遺伝子特異的検査、RNA 配列決定、融合遺伝子を検出するための蛍光 in situ ハイブリダイゼーション (FISH)、次世代シーケンシング (NGS) など、絶えず進化しています。 DNA と RNA の両方のシーケンシングは、実用的な変異を検出することが示されていますが、特定の大きなパネルでは、小さなエクソン スキッピングや融合変化を見逃す可能性があるため、シーケンシャル アプローチが必要になる場合があります。 特定の変異では、RNA シーケンシングは MET エクソン 14 スキッピングのより高い割合を検出できます。 多くの場合、ホットスポットパネルは、一般的に発生するさまざまな変異を検出するために使用されます。これらの変異が陰性の場合は、あまり一般的でない変異に対して単一遺伝子配列決定を行うことができますが、これには時間がかかり、治療がさらに遅れる可能性があります。 NGS は、実用的な変異を検出するためのゴールド スタンダードな方法となり、2020 年に欧州臨床腫瘍学会 (ESMO) によって、進行性非扁平上皮 NSCLC だけでなく、胆管がん、前立腺がん、卵巣がんなどの他の悪性腫瘍でも推奨されました。 NGS はより広範なテスト プラットフォームを提供し、より多くの潜在的な遺伝子変化を評価できます。 MOSCATO 試験では、NGS を含むハイスループット ゲノム解析の使用を評価し、進行がんの転帰の改善を示しました。 特に NSCLC では、NGS は、標的療法から最大の利益を得る患者を特定することにより、転帰を大幅に改善し、特定の変異を伴う効果のない治療法に関連する毒性を軽減しました。

非小細胞肺癌における血漿ジェノタイピング 血漿ジェノタイピング、または「リキッドバイオプシー」は比較的新しい技術であり、腫瘍によって血流に放出された循環腫瘍 DNA (ctDNA) が次世代シーケンシングによって検出可能です。 この技術は、わずかに低い感度 (80%) と関連していますが、EGFR、ALK、ROS1、および BRAF 変異の組織検査で 96% を超える一致率を示しています。 さらに、所要時間の中央値はわずか 7 ～ 10 日で、関連するリスクや侵襲的生検の費用はかかりません。 最近の研究では、EGFR 変異腫瘍における耐性メカニズムの発達など、腫瘍細胞の動的な性質が示されています。 そのため、アイルランドに拠点を置くがんセンターを含む多くのがんセンターでは、患者に複数回の生検を繰り返すのではなく、長期にわたってこれらの耐性メカニズムを監視する手段としてリキッドバイオプシーを使用してきました。 最近では、北米とヨーロッパの多くのセンターが、リキッドバイオプシーを利用して、組織サンプリング時に肺がんの標的療法のゲノム変化を評価し、治療開始までの時間を短縮しています。 このアプローチは、進行した未治療の NSCLC 患者 282 人を対象とした前向き研究である NILE 研究など、いくつかのハイレベルな論文によって裏付けられており、組織と血漿のジェノタイピングが一致し、15 日から 9 日という大幅に短いターンアラウンド タイムが示されました。 米国での単一施設の研究では、NSCLC における血漿と組織の同時検査により、実用的な変異の検出が 15% 増加し、したがって標的療法を受ける患者数が増加したことが示されました。

NGS 用の腫瘍組織が不足しているために繰り返し生検が必要になることが多いだけでなく、進行 NSCLC 患者はしばしば ECOG パフォーマンス ステータスが低く、一次侵襲的処置や組織サンプリングの繰り返しの可能性が制限される可能性があり、場合によっては、腫瘍部位の位置は、生検に適していない場合があります。 侵襲的な手順で組織を回収できる場合、これらのサンプルをホルマリン固定などで保存すると、次世代シーケンスで偽陽性の結果が生じる可能性があります。 侵襲的サンプリングは、臨床医の数と支援スタッフが利用できるため、多くの場合、コストが高くなります。 採血は、初期診断中の侵襲性が最小限であり、気管支鏡検査や放射線に基づいた生検のスケジュールに必要な時間をバイパスし、サンプルの即時処理を可能にします。 血漿ジェノタイピングの使用は近年拡大していますが、組織サンプルは形態を提供し、疾患の主要な部位を解明できるため、組織ジェノタイピングと並んで追加のツールであり続ける可能性があります。

理論的根拠 我々は、NGS を使用し、アイルランドの NSCLC が疑われる患者のために Rapid Access Lung Cancer Clinic (RALCC) で開始された血漿ベースの循環腫瘍 DNA 変異検査経路の実現可能性を評価するために、この研究を提案します。 この原理イニシアチブの証明は、血漿ベースの検査を使用して、アイルランドの NSCLC 患者の体系的な体細胞変異検査のための堅牢な患者経路を確立することを目的としています。 血漿は、アイルランドにある 2 つの試験所の 1 つで、検証済みの NGS ベースのアッセイを使用して循環腫瘍 DNA 変異について試験されます。 アイルランドでの臨床試験を通じて実現可能性を証明することは、リキッドバイオプシーの承認申請が成功したことを全米臨床がんプログラムに通知し、アイルランドの患者に対する新しい治療法を特定することを目的とした臨床試験を通知するために重要です。 血漿ベースの先行経路は、アイルランドの状況ではターンアラウンド タイムの中央値を下げると考えています。 RALCC 内の患者の腫瘍変異に関するリキッドバイオプシー検査により、より多くの患者が正確な医学的治療を受けられるようになるはずです。 さらに、このアプローチは、NSCLCの実用的なゲノム変化を有する患者の同定率を大幅に改善する可能性があり、結果として癌治療に関してこれらの患者に利益をもたらします。 この研究では、NSCLC のアイルランド人集団における体細胞変異の現在未知の頻度、特徴、疾患経過、および治療パターンについても報告します。

仮説 進行 NSCLC 患者の血漿ベースの腫瘍ジェノタイピングは、治療選択の指針となることを目的として実施することが可能であり、組織ジェノタイピングと比較して治療までの時間を短縮します。

計画分析 この原理実証イニシアチブは、血漿ベースの検査を使用して、アイルランドの NSCLC 患者の体系的な体細胞変異検査のための堅牢な患者経路を確立することを目的としています。 血漿は、アイルランドにある 2 つの試験所の 1 つで、検証済みの NGS ベースのアッセイを使用して循環腫瘍 DNA 変異について試験されます。 St James's Hospital の Cancer Molecular Diagnostics (CMD) 研究所は、社内の Roche AVENIO ctDNA Expanded パネル (バーゼル、スイス) を使用して腫瘍検査を実施します。 ボーモント病院の病理組織部門は、イルミナ MiSeq NGS プラットフォーム (米国カリフォルニア州) で社内の Roche AVENIO ctDNA Expanded パネルを使用します。 両方のアッセイは、トレーニング腫瘍セットで検証されます。 ctDNA検査と並行して、腫瘍生検組織検査が標準治療に従って実施されます。 リキッドバイオプシーの結果は、治療を決定する目的で治療を行う臨床医によって審査されますが、治療の決定は治療を行う腫瘍医の裁量に委ねられます。

液体生検と組織生検の両方が優れた特異性 (>95%) を持っていることが認識されています。 ただし、リキッドバイオプシーの感度は 80% 程度と低くなる可能性があります。 そのため、リキッドバイオプシーでは識別されないゲノム変化が組織生検で識別される可能性があり、その逆の可能性は低いです。 その場合、偽陽性結果の可能性が非常に低い (< 5%) ため、ゲノム変化を報告したジェノタイピングが最も臨床的に関連のある結果と見なされます。 ただし、最終的な治療の決定は、担当する腫瘍専門医の裁量に委ねられます。