PLAsma genomisk testning hos patienter med avanceret ikke-småcellet lungekræft: PLAN-undersøgelsen (PLAN)

Baggrund Genomisk testning i ikke-småcellet lungekræft Vævsgenotypebestemmelse af terapeutisk virkningsfulde ændringer er et standard diagnostisk krav for patienter med fremskreden ikke-pladeepitel NSCLC. Vævsgenotypning repræsenterer en guldstandard med både en sensitivitet og specificitet til at identificere almindelige genomiske ændringer på >90 %. NSCLC repræsenterer en genomisk forskelligartet cancer. Påvisning af genomiske ændringer er gjort fremskridt i løbet af det sidste årti, herunder påvisning af mutationer såsom KRAS, EGFR, ERBB2, BRAF, MET og fusioner, herunder ALK, ROS1, NTRK og RET gener, såvel som samtidige mutationer på vævsprøver. Evnen til at påvise disse mutationer har ført til opdagelse af molekylært definerede undergrupper af NSCLC og en hurtig vækst i udviklingen af ​​målrettede terapier. Handlingsbare onkogene drivermutationer, som fører til ukontrolleret cellevækst, påvises i op til 64 % af lungeadenokarcinomer. Den mest almindeligt observerede onkogene drivermutation i NSCLC er KRAS, observeret i op til 30 % af tilfældene, hvilket har ført til udviklingen af ​​midler som sotorasib og adagrasib til at målrette KRAS G12C-mutationer efter mislykkede systemiske førstelinjebehandlinger. Udviklingen af ​​EGFR-tyrosinkinasehæmmere (TKI'er) såsom osimertinib, gefitinib eller erlotinib og ALK-styret behandling med crizotinib, alectinib og ceritinib har ført til en betydelig forbedring af overlevelse hos patienter med NSCLC i løbet af det sidste årti og flyttet fokus til udvikling forbedrede detektionsmetoder af disse mutationer til målrettet førstelinjebehandling. Hver påvist handlingsbar mutation har ført til den hurtige udvidelse af tilgængelige terapeutiske muligheder ud over de ovenfor nævnte og ændret landskabet for lungekræftbehandling.

Størstedelen af ​​NSCLC er diagnosticeret på et fremskredent stadium (stadium III eller IV), og det diagnosticeres ofte med en kernebiopsi eller cytologiprøver. Onkologi- og patologiforeninger anbefaler, at behandlingstider for molekylær test ikke overstiger 10 arbejdsdage, men op til 30 % af disse prøver er utilstrækkelige til at tillade vævsgenotypebestemmelse, hvilket nødvendiggør gentagen biopsi. Patienter kan således forværres klinisk, mens de venter på genomiske testresultater. Hos de patienter, som har utilstrækkelige prøver på initial biopsi og kræver gentagen intervention, kan dette forlænge tiden fra diagnose til behandling med mere end 28 dage. Metoderne, hvormed disse mutationer detekteres, udvikler sig løbende, herunder DNA-sekventering, DNA-allelspecifik testning, RNA-sekventering, fluorescerende in situ hybridisering (FISH) for at påvise fusionsgener og næste generations sekventering (NGS). Både DNA- og RNA-sekventering har vist sig at påvise handlingsbare mutationer, men visse store paneler kan savne små exon-overspring eller fusionsændringer, og derfor kan en sekventiel tilgang være berettiget. I visse mutationer kan RNA-sekventering detektere en højere andel af MET exon 14-spring. Ofte bruges et hotspot-panel til at detektere en række almindeligt forekommende mutationer, og hvis de er negative for disse mutationer, kan enkelt gensekventering udføres for mindre almindelige mutationer, hvilket er tidskrævende og kan forsinke behandlingen yderligere. NGS er blevet guldstandardmetoden til at påvise handlingsbare mutationer og blev anbefalet af European Society for Medical Oncology (ESMO) i 2020 i avanceret ikke-pladeepitel-NSCLC, såvel som i andre maligne sygdomme, herunder kolangiocarcinom, prostata- og ovariecancer. NGS giver en bredere testplatform og kan vurdere mange flere potentielle genændringer. MOSCATO-forsøget vurderede brugen af ​​high-throughput genomiske analyser inklusive NGS og viste forbedrede resultater i fremskreden cancer. Specifikt i NSCLC har NGS vist væsentligt forbedrede resultater ved at identificere patienter, der vil drage størst fordel af målrettede terapier, og derfor reducere toksicitet relateret til ineffektive terapier med visse mutationer.

Plasma-genotypning i ikke-småcellet lungekræft Plasma-genotypebestemmelse, eller 'væskebiopsi', er en relativt ny teknologi, hvor cirkulerende tumor-DNA (ctDNA), som udskilles i blodbanen af ​​tumorer, kan påvises ved næste generations sekventering. Selvom denne teknologi er forbundet med en lidt lavere følsomhed (80%), har den >96% overensstemmelse for vævstestning af EGFR-, ALK-, ROS1- og BRAF-mutationer. Derudover er den gennemsnitlige behandlingstid kun 7-10 dage uden de tilknyttede risici og omkostninger ved invasiv biopsi. Nylige undersøgelser har vist den dynamiske natur af tumorceller, herunder udviklingen af ​​resistensmekanismer i EGFR-muterede tumorer. Som sådan har mange cancercentre, herunder nogle baseret i Irland, brugt flydende biopsi som et middel til overvågning af disse resistensmekanismer over tid i stedet for at sende en patient til flere gentagne biopsier. For nylig har mange centre i Nordamerika og Europa brugt flydende biopsi til at vurdere genomiske ændringer til målrettede behandlinger i lungekræft på forhånd på tidspunktet for vævsprøvetagning, og derved reducere tiden til behandlingsstart. Denne tilgang understøttes af adskillige artikler på højt niveau, herunder NILE-studiet, et prospektivt studie af 282 patienter med fremskreden ubehandlet NSCLC, der viste overensstemmelse mellem vævs- og plasmagenotypebestemmelse og en signifikant hurtigere behandlingstid fra 15 til 9 dage. Et enkelt centerstudie i USA viste, at samtidig plasma- og vævstestning i NSCLC øgede påvisningen af ​​handlingsbare mutationer med 15 % og dermed øgede antallet af patienter, der modtog målrettede terapier.

Ud over det ofte nødvendige krav om gentagen biopsi på grund af mangel på tumorvæv for NGS, har patienter med fremskreden NSCLC ofte en dårlig ECOG-præstationsstatus, hvilket kan begrænse muligheden for primære invasive procedurer eller gentagen vævsprøvetagning, og i nogle tilfælde, placeringen af ​​tumorstedet er muligvis ikke modtagelig for biopsi. I tilfælde af at væv kan udvindes ved invasiv procedure, kan opbevaring af disse prøver, for eksempel med formalinfiksering, føre til falske positive resultater på næste generations sekventering. Invasiv prøvetagning er ofte forbundet med høje omkostninger på grund af antallet af klinikere og støttende personale til rådighed. Blodprøvetagning er minimalt invasiv under den indledende diagnose, omgår den tid, der kræves til at planlægge bronkoskopi eller radiologisk guidede biopsier og muliggør øjeblikkelig behandling af prøver. Selvom brugen af ​​plasmagenotypning er udvidet i de senere år, er det sandsynligt, at det vil forblive et yderligere værktøj ved siden af ​​vævsgenotypning, da vævsprøver kan give morfologi og belyse primære sygdomssteder.

Begrundelse Vi foreslår denne undersøgelse for at evaluere gennemførligheden af ​​en plasma-baseret cirkulerende tumor-DNA-mutationstestvej ved hjælp af NGS og initieret på Rapid Access Lung Cancer Clinic (RALCC) for patienter med mistænkt NSCLC i Irland. Dette principielle initiativ har til formål at etablere en robust patientvej til systematisk somatisk mutationstestning hos patienter med NSCLC i Irland ved hjælp af plasmabaseret testning. Plasma vil blive testet for cirkulerende tumor-DNA-mutationer ved hjælp af et valideret NGS-baseret assay på et af to testlaboratorier i Irland. At bevise gennemførlighed gennem et klinisk forsøg i Irland er afgørende for at informere vellykkede ansøgninger om godkendelse af flydende biopsi til National Clinical Cancer Program og for at informere kliniske forsøg, der har til formål at identificere nye behandlinger til irske patienter. Vi mener, at en forudgående plasma-baseret pathway vil sænke median-omløbstid i irsk sammenhæng. Væskebiopsitest af patienter i RALCC for tumormutationer bør sikre, at flere patienter har adgang til præcise medicinske behandlinger. Desuden vil denne tilgang sandsynligvis forbedre identifikationsraten for patienter med NSCLC handlingsdygtige genomiske ændringer, med resulterende fordele for disse patienter i form af kræftbehandling. Denne undersøgelse vil også rapportere om den aktuelt ukendte hyppighed, karakteristika, sygdomsforløb og behandlingsmønstre for somatiske mutationer i en irsk population med NSCLC.

Hypotese Forudgående plasmabaseret tumorgenotypning af patienter med avanceret NSCLC med det formål at vejlede behandlingsvalg er mulig at implementere og vil reducere tiden til behandling sammenlignet med vævsgenotypning.

Planlagt analyse Dette proof-of-princip-initiativ har til formål at etablere en robust patientvej til systematisk somatisk mutationstestning hos patienter med NSCLC i Irland ved hjælp af plasmabaseret testning. Plasma vil blive testet for cirkulerende tumor-DNA-mutationer ved hjælp af et valideret NGS-baseret assay på et af to testlaboratorier i Irland. Cancer Molecular Diagnostics (CMD) laboratoriet på St James's Hospital vil udføre tumortesten ved at bruge et internt Roche AVENIO ctDNA Expanded panel (Basel, Schweiz). Histopatologisk afdeling på Beaumont Hospital vil bruge et internt Roche AVENIO ctDNA udvidet panel på Illumina MiSeq NGS-platformen (Californien, USA). Begge analyser vil blive valideret på et trænings-tumorsæt. Parallelt med ctDNA-testning vil tumorbiopsivævstestning blive udført i henhold til standarden for pleje. Resultaterne af flydende biopsi vil blive gennemgået af den behandlende kliniker med henblik på behandlingsbeslutning, men behandlingsbeslutningen vil forblive efter den behandlende medicinske onkologs skøn.

Det er anerkendt, at væske- og vævsbiopsi begge har en fremragende specificitet (>95%). Flydende biopsi kan dog have en lavere følsomhed i området 80 %. Som sådan kan der være genomiske ændringer identificeret på vævsbiopsi ikke identificeret på væskebiopsi og mindre sandsynligt - omvendt. I så fald vil den genotypebestemmelse, der har rapporteret en genomisk ændring, blive betragtet som de mest klinisk relevante resultater, da sandsynligheden for et falsk positivt resultat er meget lav (< 5%). Den endelige behandlingsbeslutning forbliver dog efter skøn hos den behandlende medicinske onkolog.