Genomické testování PLAsmy u pacientů s pokročilým nemalobuněčným karcinomem plic: studie PLAN (PLAN)

Dosavadní stav techniky Genomické testování u nemalobuněčného karcinomu plic Genotypizace tkáňových terapeuticky účinných změn je standardním diagnostickým požadavkem pro pacienty s pokročilým neskvamózním NSCLC. Genotypizace tkání představuje zlatý standard s citlivostí i specificitou pro identifikaci běžných genomových změn > 90 %. NSCLC představuje genomicky různorodou rakovinu. Detekce genomových změn za poslední desetiletí pokročila, nyní včetně detekce mutací, jako jsou KRAS, EGFR, ERBB2, BRAF, MET a fúzí včetně genů ALK, ROS1, NTRK a RET, jakož i souběžně se vyskytujících mutací ve vzorcích tkání. Schopnost detekovat tyto mutace vedla k objevu molekulárně definovaných podskupin NSCLC a rychlému růstu ve vývoji cílených terapií. Akční onkogenní řidičské mutace, které vedou k nekontrolovanému růstu buněk, jsou detekovány až u 64 % plicních adenokarcinomů. Nejčastěji pozorovanou onkogenní řidičskou mutací u NSCLC je KRAS, pozorovaný až ve 30 % případů, což vedlo k vývoji látek, jako je sotorasib a adagrasib, k cílení na mutace KRAS G12C po neúspěšných systémových terapiích první linie. Vývoj inhibitorů tyrosinkinázy EGFR (TKI), jako je osimertinib, gefitinib nebo erlotinib, a terapie řízená ALK krizotinibem, alectinibem a ceritinibem vedly v posledním desetiletí k významnému zlepšení přežití u pacientů s NSCLC a posunuly zaměření na vývoj vylepšené metody detekce těchto mutací pro cílenou terapii první linie. Každá detekovaná mutace vedla k rychlému rozšíření dostupných terapeutických možností nad rámec výše uvedených a změnila krajinu léčby rakoviny plic.

Většina NSCLC je diagnostikována v pokročilém stadiu (stadium III nebo IV) a často je diagnostikována pomocí vzorků biopsie nebo cytologie. Onkologické a patologické společnosti doporučují, aby doba zpracování molekulárního testování nepřesáhla 10 pracovních dnů, avšak až 30 % těchto vzorků je nedostačujících k tomu, aby umožnily genotypizaci tkáně vyžadující opakovanou biopsii. Pacienti se tak mohou klinicky zhoršit během čekání na výsledky genomických testů. U těch pacientů, kteří mají nedostatečné vzorky na úvodní biopsii a vyžadují opakovaný zásah, to může prodloužit dobu od diagnózy k léčbě o více než 28 dní. Metody, kterými jsou tyto mutace detekovány, se neustále vyvíjejí, včetně sekvenování DNA, testování specifického pro alelu DNA, sekvenování RNA, fluorescenční in situ hybridizace (FISH) k detekci fúzních genů a sekvenování nové generace (NGS). Ukázalo se, že sekvenování DNA i RNA detekuje použitelné mutace, ale některé velké panely mohou vynechat malé přeskočení exonu nebo fúzní změny, a proto může být oprávněný sekvenční přístup. V určitých mutacích může sekvenování RNA detekovat vyšší podíl přeskočení MET exonu 14. K detekci řady běžně se vyskytujících mutací se často používá panel hotspot, a pokud jsou tyto mutace negativní, lze provést sekvenování jednoho genu pro méně běžné mutace, což je časově náročné a může to dále oddálit léčbu. NGS se stala metodou zlatého standardu pro detekci použitelných mutací a byla doporučena Evropskou společností pro lékařskou onkologii (ESMO) v roce 2020 u pokročilého neskvamózního NSCLC, stejně jako u jiných malignit včetně cholangiokarcinomu, rakoviny prostaty a vaječníků. NGS poskytuje širší testovací platformu a může posoudit mnohem více potenciálních genových změn. Studie MOSCATO hodnotila použití vysoce výkonných genomických analýz včetně NGS a ukázala lepší výsledky u pokročilé rakoviny. Konkrétně u NSCLC prokázala NGS významně zlepšené výsledky tím, že identifikovala pacienty, kteří budou mít největší prospěch z cílených terapií, čímž se sníží toxicita související s neúčinnými terapiemi s určitými mutacemi.

Plazmatická genotypizace u nemalobuněčného karcinomu plic Plazmatická genotypizace neboli „tekutá biopsie“ je relativně nová technologie, ve které je cirkulující nádorová DNA (ctDNA), uvolněná do krevního řečiště nádory, detekovatelná sekvenováním nové generace. Tato technologie, i když je spojena s mírně nižší citlivostí (80 %), má >96% shodu pro tkáňové testování mutací EGFR, ALK, ROS1 a BRAF. Kromě toho je střední doba obratu pouhých 7–10 dní, bez souvisejících rizik a nákladů na invazivní biopsii. Nedávné studie prokázaly dynamickou povahu nádorových buněk včetně vývoje mechanismů rezistence u nádorů s mutací EGFR. Mnoho onkologických center, včetně některých se sídlem v Irsku, jako takové používá tekutou biopsii jako prostředek sledování těchto mechanismů rezistence v průběhu času spíše než podrobovat pacienta vícenásobným opakovaným biopsiím. V poslední době mnoho center v Severní Americe a Evropě využilo tekutou biopsii pro hodnocení genomových změn pro cílené terapie rakoviny plic předem v době odběru vzorků tkáně, čímž se zkrátil čas do zahájení léčby. Tento přístup podporuje několik prací na vysoké úrovni, včetně studie NILE, prospektivní studie 282 pacientů s pokročilým neléčeným NSCLC, která prokázala shodu mezi tkáňovou a plazmatickou genotypizací a výrazně rychlejší dobu obratu od 15 do 9 dnů. Studie jednoho centra v USA ukázala, že souběžné testování plazmy a tkáně u NSCLC zvýšilo detekci použitelných mutací o 15 %, a tedy zvýšilo počet pacientů, kteří dostávají cílenou terapii.

Kromě často nutného požadavku na opakovanou biopsii kvůli nedostatku nádorové tkáně pro NGS mají pacienti s pokročilým NSCLC často špatný výkonnostní stav ECOG, což může omezit možnost primárních invazivních postupů nebo opakovaného odběru vzorků tkáně a v některých případech umístění nádoru nemusí být přístupné pro biopsii. V případě, že lze tkáň získat invazivním postupem, skladování těchto vzorků, například s fixací formalínem, může vést k falešně pozitivním výsledkům sekvenování nové generace. Invazivní odběr vzorků je často spojen s vysokými náklady kvůli počtu lékařů a dostupného podpůrného personálu. Odběr krve je během počáteční diagnózy minimálně invazivní, obchází čas potřebný k naplánování bronchoskopie nebo radiologicky řízené biopsie a umožňuje okamžité zpracování vzorků. Ačkoli se využití genotypizace plazmy v posledních letech rozšířilo, je pravděpodobné, že by zůstala dalším nástrojem vedle genotypizace tkání, protože vzorky tkání mohou poskytnout morfologii a objasnit primární místa onemocnění.

Odůvodnění Tuto studii navrhujeme k vyhodnocení proveditelnosti plazmového testování mutace cirkulující nádorové DNA pomocí NGS a zahájené na Rapid Access Lung Cancer Clinic (RALCC) pro pacienty s podezřením na NSCLC v Irsku. Tato iniciativa zaměřená na důkaz principu si klade za cíl vytvořit robustní cestu pacienta pro systematické testování somatických mutací u pacientů s NSCLC v Irsku pomocí testování na bázi plazmy. Plazma bude testována na mutace cirkulující nádorové DNA pomocí validovaného testu založeného na NGS v jedné ze dvou testovacích laboratoří v Irsku. Prokázání proveditelnosti prostřednictvím klinického hodnocení v Irsku je zásadní pro informování úspěšných žádostí o povolení tekuté biopsie pro Národní program pro klinickou rakovinu a pro informování o klinických studiích, jejichž cílem je identifikovat nové terapie pro irské pacienty. Domníváme se, že počáteční cesta založená na plazmě by v irském kontextu zkrátila střední dobu obratu. Testování tekuté biopsie pacientů v RALCC na nádorové mutace by mělo zajistit, že více pacientů bude mít přístup k přesným lékařským terapiím. Kromě toho tento přístup pravděpodobně významně zlepší míru identifikace pacientů s genomovými změnami použitelnými NSCLC, s výsledným přínosem pro tyto pacienty z hlediska léčby rakoviny. Tato studie bude také informovat o v současnosti neznámé frekvenci, charakteristikách, průběhu onemocnění a vzorcích léčby somatických mutací v irské populaci s NSCLC.

Hypotéza Předběžná plazmová genotypizace nádorů u pacientů s pokročilým NSCLC s cílem řídit výběr léčby je proveditelná a zkrátí dobu do léčby ve srovnání s tkáňovou genotypizací.

Plánovaná analýza Tato iniciativa zaměřená na důkaz principu má za cíl vytvořit robustní cestu pacienta pro systematické testování somatických mutací u pacientů s NSCLC v Irsku pomocí testování na bázi plazmy. Plazma bude testována na mutace cirkulující nádorové DNA pomocí validovaného testu založeného na NGS v jedné ze dvou testovacích laboratoří v Irsku. Laboratoř Cancer Molecular Diagnostics (CMD) v nemocnici St James's Hospital provede test nádoru na interním panelu Roche AVENIO ctDNA Expanded (Basilej, Švýcarsko). Histopatologické oddělení v nemocnici Beaumont bude používat vlastní panel Roche AVENIO ctDNA Expanded na platformě Illumina MiSeq NGS (Kalifornie, USA). Oba testy budou validovány na tréninkovém souboru nádorů. Paralelně s testováním ctDNA bude podle standardní péče prováděno testování tkáně biopsie nádoru. Výsledky tekuté biopsie budou přezkoumány ošetřujícím lékařem pro účely rozhodnutí o léčbě, rozhodnutí o léčbě však zůstane na uvážení ošetřujícího onkologa.

Uznává se, že tekutá i tkáňová biopsie mají vynikající specificitu (>95 %). Tekutá biopsie však může mít nižší senzitivitu v oblasti 80 %. Jako takové mohou být genomové změny identifikované na tkáňové biopsii, které nebyly identifikovány na tekuté biopsii a méně pravděpodobné - naopak. V takovém případě bude za klinicky nejrelevantnější výsledky považována genotypizace, která hlásila změnu genomu, protože pravděpodobnost falešně pozitivního výsledku je velmi nízká (< 5 %). Konečné rozhodnutí o léčbě však zůstane na uvážení ošetřujícího onkologa.