진행성 비소세포폐암 환자의 PLAsma 게놈 검사: PLAN 연구 (PLAN)

배경 비소세포폐암에서의 게놈 검사 치료적으로 실행 가능한 변경의 조직 유전자형 분석은 진행성 비편평 NSCLC 환자에 대한 표준 진단 요건입니다. 조직 유전자형 분석은 >90%의 일반적인 게놈 변경을 식별하기 위한 민감도와 특이성을 모두 갖춘 황금 표준을 나타냅니다. NSCLC는 유전학적으로 다양한 암을 나타냅니다. 게놈 변이의 검출은 지난 10년 동안 진행되어 현재 KRAS, EGFR, ERBB2, BRAF, MET 및 ALK, ROS1, NTRK 및 RET 유전자를 포함한 융합과 같은 돌연변이 검출뿐만 아니라 조직 샘플에서 동시 발생 돌연변이 검출을 포함합니다. 이러한 돌연변이를 검출하는 능력은 NSCLC의 분자적으로 정의된 하위 집합의 발견과 표적 치료법 개발의 급속한 성장으로 이어졌습니다. 제어되지 않는 세포 성장을 유도하는 실행 가능한 발암성 드라이버 돌연변이는 폐 선암종의 최대 64%에서 검출됩니다. NSCLC에서 가장 일반적으로 관찰되는 발암성 동인 돌연변이는 KRAS로, 사례의 최대 30%에서 관찰되며, 이는 1차 전신 요법에 실패한 후 KRAS G12C 돌연변이를 표적으로 하는 소토라십 및 아다그라십과 같은 제제의 개발로 이어졌습니다. osimertinib, gefitinib 또는 erlotinib과 같은 EGFR 티로신 키나제 억제제(TKI)와 크리조티닙, 알렉티닙 및 세리티닙을 사용한 ALK 지시 요법의 개발은 지난 10년 동안 NSCLC 환자의 생존율을 크게 향상시켰으며 개발에 초점을 맞췄습니다. 1차 표적 치료를 위한 이러한 돌연변이의 개선된 검출 방법. 발견된 각 실행 가능한 돌연변이는 위에서 언급한 것 이상으로 사용 가능한 치료 옵션의 급속한 확장으로 이어졌으며 폐암 치료의 환경을 변화시켰습니다.

대부분의 NSCLC는 진행된 단계(3기 또는 4기)에서 진단되며 종종 코어 생검 또는 세포학 표본으로 진단됩니다. 종양학 및 병리학 학회에서는 분자 테스트 처리 시간이 근무일 기준 10일을 초과하지 않도록 권장하지만 이러한 검체의 최대 30%는 반복 생검을 필요로 하는 조직 유전형 분석을 허용하기에 불충분합니다. 따라서 환자는 게놈 검사 결과를 기다리는 동안 임상적으로 악화될 수 있습니다. 초기 생검에서 샘플이 부족하고 반복 개입이 필요한 환자의 경우 진단에서 치료까지의 시간을 28일 이상 연장할 수 있습니다. 이러한 돌연변이를 검출하는 방법은 DNA 시퀀싱, DNA 대립유전자 특이적 검사, RNA 시퀀싱, 융합 유전자를 검출하기 위한 FISH(Fluorescent in situ hybridization) 및 NGS(Next Generation Sequencing)를 포함하여 지속적으로 발전하고 있습니다. DNA와 RNA 시퀀싱 모두 실행 가능한 돌연변이를 감지하는 것으로 나타났지만 특정 대형 패널은 작은 엑손 건너뛰기 또는 융합 변경을 놓칠 수 있으므로 순차적 접근이 보장될 수 있습니다. 특정 돌연변이에서 RNA 시퀀싱은 더 높은 비율의 MET 엑손 14 건너뛰기를 감지할 수 있습니다. 종종 핫스팟 패널을 사용하여 일반적으로 발생하는 다양한 돌연변이를 감지하고 이러한 돌연변이가 음성인 경우 덜 일반적인 돌연변이에 대해 단일 유전자 시퀀싱을 수행할 수 있으며 이는 시간이 많이 걸리고 치료를 더 지연시킬 수 있습니다. NGS는 실행 가능한 돌연변이를 검출하는 표준 방법이 되었으며, 2020년 ESMO(European Society for Medical Oncology)에서 진행성 비편평 NSCLC와 담관암, 전립선암, 난소암을 포함한 기타 악성 종양에 권장되었습니다. NGS는 더 광범위한 테스트 플랫폼을 제공하며 더 많은 잠재적인 유전자 변형을 평가할 수 있습니다. MOSCATO 시험은 NGS를 포함한 고처리량 게놈 분석의 사용을 평가하고 진행성 암에서 개선된 결과를 보여주었습니다. 특히 NSCLC에서 NGS는 표적 치료에서 가장 큰 혜택을 얻을 환자를 식별하여 특정 돌연변이가 있는 비효과적인 치료와 관련된 독성을 줄임으로써 상당히 개선된 결과를 보여주었습니다.

비소세포폐암의 혈장 유전형 분석 혈장 유전형 분석 또는 '액체 생검'은 종양에 의해 혈류로 흘러 들어가는 순환 종양 DNA(ctDNA)를 차세대 시퀀싱으로 검출할 수 있는 비교적 새로운 기술입니다. 이 기술은 약간 낮은 민감도(80%)와 관련이 있지만 EGFR, ALK, ROS1 및 BRAF 돌연변이의 조직 검사에 대해 >96%의 일치도를 보입니다. 또한 처리 시간 중앙값은 침습적 생검과 관련된 위험 및 비용 없이 단 7-10일입니다. 최근 연구는 EGFR 돌연변이 종양에서 저항 메커니즘의 발달을 포함하여 종양 세포의 역동적인 특성을 보여주었습니다. 따라서 아일랜드에 기반을 둔 일부 암 센터를 포함한 많은 암 센터는 환자를 여러 번 반복 생검하는 대신 시간이 지남에 따라 이러한 저항 메커니즘에 대한 감시 수단으로 액체 생검을 사용했습니다. 보다 최근에는 북미와 유럽의 많은 센터에서 조직 샘플링 시점에 폐암의 표적 치료를 위한 게놈 변형을 평가하기 위해 액체 생검을 활용하여 치료 시작까지의 시간을 단축했습니다. 이 접근법은 NILE 연구, 조직과 혈장 유전자형 사이의 일치 및 15일에서 9일로 훨씬 더 빠른 처리 시간을 보여준 치료되지 않은 진행성 NSCLC 환자 282명의 전향적 연구를 포함한 여러 고급 논문에 의해 뒷받침됩니다. 미국의 단일 센터 연구는 NSCLC에서 동시 혈장 및 조직 검사가 실행 가능한 돌연변이의 탐지를 15%까지 증가시켰고 따라서 표적 치료를 받는 환자의 수가 증가했음을 보여주었습니다.

NGS에 대한 종양 조직의 부족으로 인해 반복 생검이 필요한 경우가 많을 뿐만 아니라, 진행된 NSCLC 환자는 종종 ECOG 성능 상태가 좋지 않아 일차 침습 절차 또는 반복 조직 샘플링의 가능성을 제한할 수 있으며, 경우에 따라 종양 부위의 위치는 생검에 적합하지 않을 수 있습니다. 침습적 절차로 조직을 회수할 수 있는 경우, 예를 들어 포르말린 고정으로 이러한 샘플을 보관하면 차세대 시퀀싱에서 위양성 결과가 나올 수 있습니다. 침습적 샘플링은 종종 임상의의 수와 사용 가능한 지원 직원으로 인해 높은 비용과 관련이 있습니다. 혈액 샘플링은 초기 진단 중에 최소 침습적이며 기관지경 검사 또는 방사선 유도 생검을 예약하는 데 필요한 시간을 우회하고 샘플을 즉시 처리할 수 있습니다. 최근 몇 년 동안 혈장 유전형 분석의 사용이 확대되었지만 조직 샘플이 형태를 제공하고 질병의 주요 부위를 밝힐 수 있기 때문에 조직 유전형 분석과 함께 추가 도구로 남아 있을 가능성이 높습니다.

이론적 근거 우리는 NGS를 사용하고 아일랜드의 NSCLC가 의심되는 환자를 위해 RALCC(Rapid Access Lung Cancer Clinic)에서 시작된 혈장 기반 순환 종양 DNA 돌연변이 검사 경로의 타당성을 평가하기 위해 이 연구를 제안합니다. 이 원칙 증명 이니셔티브는 혈장 기반 검사를 사용하여 아일랜드에서 NSCLC 환자의 체계적인 체세포 돌연변이 검사를 위한 강력한 환자 경로를 확립하는 것을 목표로 합니다. 혈장은 아일랜드에 있는 두 개의 검사 실험실 중 한 곳에서 검증된 NGS 기반 분석을 사용하여 순환 종양 DNA 돌연변이에 대해 검사될 것입니다. 아일랜드에서 임상 시험을 통해 타당성을 입증하는 것은 국가 임상 암 프로그램에 대한 액체 생검 승인을 성공적으로 신청하고 아일랜드 환자를 위한 새로운 치료법을 식별하는 것을 목표로 하는 임상 시험을 알리는 데 매우 중요합니다. 우리는 선행 플라즈마 기반 경로가 아일랜드 상황에서 처리 시간 중간값을 낮출 것이라고 믿습니다. 종양 돌연변이에 대한 RALCC 환자의 액체 생검 검사는 더 많은 환자가 정밀 의료 요법에 접근할 수 있도록 보장해야 합니다. 또한, 이 접근법은 NSCLC 실행 가능한 게놈 변형이 있는 환자의 식별률을 크게 향상시킬 수 있으며, 결과적으로 암 치료 측면에서 이러한 환자에게 이점이 있습니다. 이 연구는 또한 NSCLC가 있는 아일랜드 인구에서 현재 알려지지 않은 빈도, 특성, 질병 경과 및 체세포 돌연변이의 치료 패턴에 대해 보고할 것입니다.

가설 치료 선택 안내를 목표로 하는 진행성 NSCLC 환자의 선행 플라즈마 기반 종양 유전형 분석은 구현이 가능하며 조직 유전형 분석과 비교하여 치료 시간을 단축할 것입니다.

계획된 분석 이 원칙 증명 이니셔티브는 혈장 기반 검사를 사용하여 아일랜드에서 NSCLC 환자의 체계적인 체세포 돌연변이 검사를 위한 강력한 환자 경로를 확립하는 것을 목표로 합니다. 혈장은 아일랜드에 있는 두 개의 검사 실험실 중 한 곳에서 검증된 NGS 기반 분석을 사용하여 순환 종양 DNA 돌연변이에 대해 검사될 것입니다. St James's 병원의 Cancer Molecular Diagnostics(CMD) 실험실은 사내 Roche AVENIO ctDNA Expanded 패널(바젤, 스위스)을 사용하여 종양 테스트를 수행합니다. Beaumont 병원의 조직병리과는 Illumina MiSeq NGS 플랫폼(미국 캘리포니아)에서 사내 Roche AVENIO ctDNA 확장 패널을 사용합니다. 두 분석 모두 훈련용 종양 세트에서 검증됩니다. ctDNA 검사와 병행하여 종양 생검 조직 검사가 표준 치료에 따라 수행됩니다. 액체 생검 결과는 치료 결정 목적을 위해 치료 임상의가 검토하지만 치료 결정은 치료 종양 전문의의 재량에 따릅니다.

액체 및 조직 생검 모두 우수한 특이성(>95%)을 갖는 것으로 알려져 있습니다. 그러나 액체 생검은 80% 영역에서 더 낮은 민감도를 가질 수 있습니다. 이와 같이 액체 생검에서는 확인되지 않고 조직 생검에서는 확인된 게놈 변경이 있을 수 있으며 그 반대의 경우도 마찬가지입니다. 이 경우, 위양성 결과의 가능성이 매우 낮기 때문에(< 5%) 게놈 변경을 보고한 유전자형 분석이 가장 임상적으로 관련된 결과로 간주됩니다. 그러나 최종 치료 결정은 치료하는 종양 전문의의 재량에 따릅니다.