Pruebas genómicas de PLAsma en pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas avanzado: el estudio PLAN (PLAN)

Antecedentes Pruebas genómicas en cáncer de pulmón de células no pequeñas El genotipado de tejidos de alteraciones terapéuticamente procesables es un requisito de diagnóstico estándar para pacientes con NSCLC no escamoso avanzado. El genotipado de tejidos representa un estándar de oro, con una sensibilidad y especificidad para identificar alteraciones genómicas comunes de >90%. El NSCLC representa un cáncer genómicamente diverso. La detección de alteraciones genómicas ha progresado durante la última década, y ahora incluye la detección de mutaciones como KRAS, EGFR, ERBB2, BRAF, MET y fusiones que incluyen genes ALK, ROS1, NTRK y RET, así como mutaciones concurrentes en muestras de tejido. La capacidad de detectar estas mutaciones ha llevado al descubrimiento de subconjuntos de NSCLC definidos molecularmente y a un rápido crecimiento en el desarrollo de terapias dirigidas. Las mutaciones impulsoras oncogénicas procesables, que conducen al crecimiento celular descontrolado, se detectan en hasta el 64 % de los adenocarcinomas de pulmón. La mutación conductora oncogénica más comúnmente observada en NSCLC es KRAS, observada en hasta el 30% de los casos, lo que ha llevado al desarrollo de agentes como sotorasib y adagrasib para atacar las mutaciones KRAS G12C después de terapias sistémicas de primera línea fallidas. El desarrollo de inhibidores de la tirosina cinasa (TKI) del EGFR, como osimertinib, gefitinib o erlotinib, y la terapia dirigida por ALK con crizotinib, alectinib y ceritinib ha llevado a una mejora significativa en la supervivencia de los pacientes con NSCLC durante la última década, y cambió el enfoque hacia el desarrollo de mejores métodos de detección de estas mutaciones para la terapia dirigida de primera línea. Cada mutación procesable detectada ha llevado a la rápida expansión de las opciones terapéuticas disponibles más allá de las mencionadas anteriormente y ha cambiado el panorama del tratamiento del cáncer de pulmón.

La mayoría del NSCLC se diagnostica en una etapa avanzada (etapa III o IV) y, a menudo, se diagnostica con una biopsia central o muestras de citología. Las sociedades de oncología y patología recomiendan que los tiempos de respuesta de las pruebas moleculares no excedan los 10 días hábiles; sin embargo, hasta el 30 % de estas muestras son insuficientes para permitir la genotipificación del tejido que requiere una nueva biopsia. Por lo tanto, los pacientes pueden deteriorarse clínicamente mientras esperan los resultados de las pruebas genómicas. En aquellos pacientes que tienen muestras insuficientes en la biopsia inicial y requieren una intervención repetida, esto puede prolongar el tiempo desde el diagnóstico hasta el tratamiento en más de 28 días. Los métodos mediante los cuales se detectan estas mutaciones evolucionan continuamente, incluida la secuenciación de ADN, las pruebas específicas de alelo de ADN, la secuenciación de ARN, la hibridación fluorescente in situ (FISH) para detectar genes de fusión y la secuenciación de próxima generación (NGS). Se ha demostrado que tanto la secuenciación de ADN como la de ARN detectan mutaciones procesables, pero ciertos paneles grandes pueden pasar por alto pequeñas alteraciones de fusión o omisión de exón y, por lo tanto, puede justificarse un enfoque secuencial. En ciertas mutaciones, la secuenciación del ARN puede detectar una mayor proporción de omisión del exón 14 de MET. Con frecuencia, se usa un panel de puntos críticos para detectar una variedad de mutaciones que ocurren comúnmente, y si estas mutaciones son negativas, se puede realizar la secuenciación de un solo gen para mutaciones menos comunes, lo que lleva mucho tiempo y puede retrasar aún más el tratamiento. NGS se ha convertido en el método estándar de oro para detectar mutaciones procesables, y fue recomendado por la Sociedad Europea de Oncología Médica (ESMO) en 2020 en NSCLC no escamoso avanzado, así como en otras neoplasias malignas, como colangiocarcinoma, próstata y cáncer de ovario. NGS proporciona una plataforma de prueba más amplia y puede evaluar muchas más alteraciones genéticas potenciales. El ensayo MOSCATO evaluó el uso de análisis genómicos de alto rendimiento, incluido NGS, y mostró mejores resultados en el cáncer avanzado. Específicamente en NSCLC, NGS ha mostrado resultados significativamente mejorados al identificar a los pacientes que obtendrán el mayor beneficio de las terapias dirigidas y, por lo tanto, reducir la toxicidad relacionada con terapias ineficaces con ciertas mutaciones.

Genotipado de plasma en cáncer de pulmón de células no pequeñas El genotipado de plasma, o "biopsia líquida", es una tecnología relativamente nueva en la que el ADN tumoral circulante (ctDNA), arrojado al torrente sanguíneo por los tumores, es detectable mediante secuenciación de próxima generación. Esta tecnología, aunque se asocia con una sensibilidad ligeramente inferior (80 %), tiene una concordancia >96 % para las pruebas de tejido de las mutaciones EGFR, ALK, ROS1 y BRAF. Además, el tiempo medio de respuesta es de solo 7 a 10 días, sin los riesgos y costos asociados de la biopsia invasiva. Estudios recientes han demostrado la naturaleza dinámica de las células tumorales, incluido el desarrollo de mecanismos de resistencia en tumores con mutación de EGFR. Como tal, muchos centros oncológicos, incluidos algunos con sede en Irlanda, han utilizado la biopsia líquida como medio de vigilancia de estos mecanismos de resistencia a lo largo del tiempo en lugar de someter a un paciente a múltiples biopsias repetidas. Más recientemente, muchos centros en América del Norte y Europa han utilizado la biopsia líquida para evaluar las alteraciones genómicas para las terapias dirigidas en el cáncer de pulmón por adelantado en el momento de la toma de muestras de tejido, lo que reduce el tiempo hasta el comienzo del tratamiento. Este enfoque está respaldado por varios documentos de alto nivel, incluido el estudio NILE, un estudio prospectivo de 282 pacientes con NSCLC avanzado no tratado que mostró concordancia entre la genotipificación del tejido y del plasma y un tiempo de respuesta significativamente más rápido de 15 a 9 días. Un estudio de un solo centro en los EE. UU. mostró que las pruebas simultáneas de plasma y tejido en NSCLC aumentaron la detección de mutaciones procesables en un 15 % y, por lo tanto, aumentaron el número de pacientes que recibieron terapias dirigidas.

Además del requisito frecuente de repetir la biopsia debido a la falta de tejido tumoral para la NGS, los pacientes con NSCLC avanzado a menudo tienen un estado funcional ECOG deficiente que puede limitar la posibilidad de procedimientos invasivos primarios o muestras de tejido repetidas y, en algunos casos, la ubicación del sitio del tumor puede no ser adecuada para la biopsia. En el caso de que el tejido pueda recuperarse mediante un procedimiento invasivo, el almacenamiento de estas muestras, por ejemplo, con fijación con formalina, puede dar lugar a resultados falsos positivos en la secuenciación de próxima generación. El muestreo invasivo a menudo se asocia con un alto costo, debido a la cantidad de médicos y personal de apoyo disponible. El muestreo de sangre es mínimamente invasivo durante el diagnóstico inicial, evita el tiempo necesario para programar la broncoscopia o las biopsias guiadas por radiología y permite el procesamiento inmediato de las muestras. Aunque el uso del genotipado de plasma se ha expandido en los últimos años, es probable que siga siendo una herramienta adicional junto con el genotipado de tejidos, ya que las muestras de tejido pueden proporcionar morfología y dilucidar los sitios primarios de la enfermedad.

Justificación Proponemos este estudio para evaluar la viabilidad de una vía de prueba de mutación de ADN tumoral circulante basada en plasma utilizando NGS e iniciada en la Clínica de cáncer de pulmón de acceso rápido (RALCC) para pacientes con sospecha de NSCLC en Irlanda. Esta iniciativa de prueba de principio tiene como objetivo establecer una vía sólida para el paciente para la prueba sistemática de mutaciones somáticas en pacientes con NSCLC en Irlanda utilizando pruebas basadas en plasma. Se analizará el plasma para detectar mutaciones de ADN tumoral circulante utilizando un ensayo basado en NGS validado, en uno de los dos laboratorios de prueba en Irlanda. Demostrar la viabilidad a través de un ensayo clínico en Irlanda es crucial para informar las solicitudes exitosas de autorización de biopsia líquida al Programa Nacional de Cáncer Clínico y para informar los ensayos clínicos que tienen como objetivo identificar terapias novedosas para pacientes irlandeses. Creemos que una vía inicial basada en plasma reduciría el tiempo medio de respuesta en el contexto irlandés. Las pruebas de biopsia líquida de pacientes en el RALCC para mutaciones tumorales deberían garantizar que más pacientes tengan acceso a terapias médicas de precisión. Además, es probable que este enfoque mejore significativamente la tasa de identificación de pacientes con alteraciones genómicas procesables de NSCLC, con los beneficios resultantes para estos pacientes en términos de tratamiento del cáncer. Este estudio también informará sobre la frecuencia, las características, el curso de la enfermedad y los patrones de tratamiento actualmente desconocidos de las mutaciones somáticas en una población irlandesa con NSCLC.

Hipótesis El genotipado tumoral inicial basado en plasma de pacientes con NSCLC avanzado con el objetivo de guiar la selección del tratamiento es factible de implementar y reducirá el tiempo hasta el tratamiento en comparación con el genotipado tisular.

Análisis planificado Esta iniciativa de prueba de principio tiene como objetivo establecer una vía sólida para el paciente para la prueba sistemática de mutaciones somáticas en pacientes con NSCLC en Irlanda utilizando pruebas basadas en plasma. Se analizará el plasma para detectar mutaciones de ADN tumoral circulante utilizando un ensayo basado en NGS validado, en uno de los dos laboratorios de prueba en Irlanda. El laboratorio de Diagnóstico Molecular del Cáncer (CMD) del St James's Hospital realizará la prueba tumoral utilizando un panel interno Roche AVENIO ctDNA Expanded (Basilea, Suiza). El Departamento de Histopatología del Beaumont Hospital utilizará un panel interno Roche AVENIO ctDNA Expanded en la plataforma Illumina MiSeq NGS (California, EE. UU.). Ambos ensayos se validarán en un conjunto de tumores de entrenamiento. Paralelamente a las pruebas de ctDNA, se realizarán pruebas de tejido de biopsia tumoral según el estándar de atención. Los resultados de la biopsia líquida serán revisados ​​por el médico tratante para tomar decisiones sobre el tratamiento; sin embargo, la decisión sobre el tratamiento permanecerá a discreción del médico oncólogo tratante.

Se reconoce que tanto la biopsia líquida como la de tejido tienen una excelente especificidad (>95%). Sin embargo, la biopsia líquida puede tener una sensibilidad más baja en la región del 80%. Como tal, puede haber alteraciones genómicas identificadas en la biopsia de tejido no identificadas en la biopsia líquida y menos probable, viceversa. En ese caso, el genotipado que haya reportado una alteración genómica se considerará el resultado clínicamente más relevante ya que la probabilidad de un resultado falso positivo es muy baja (< 5%). Sin embargo, la decisión final del tratamiento quedará a discreción del médico oncólogo tratante.