Геномное тестирование PLAsma у пациентов с запущенным немелкоклеточным раком легкого: исследование PLAN (PLAN)

Фоновое геномное тестирование при немелкоклеточном раке легкого Генотипирование тканей терапевтически действенных изменений является стандартным диагностическим требованием для пациентов с распространенным неплоскоклеточным НМРЛ. Генотипирование тканей представляет собой золотой стандарт с чувствительностью и специфичностью для выявления общих геномных изменений >90%. НМРЛ представляет собой геномно разнообразный рак. Обнаружение геномных изменений продвинулось за последнее десятилетие и теперь включает обнаружение мутаций, таких как KRAS, EGFR, ERBB2, BRAF, MET, и слияний, включая гены ALK, ROS1, NTRK и RET, а также сопутствующие мутации в образцах тканей. Возможность обнаружения этих мутаций привела к открытию молекулярно определенных подмножеств НМРЛ и быстрому развитию таргетных методов лечения. Действующие онкогенные драйверные мутации, которые приводят к неконтролируемому росту клеток, обнаруживаются в 64% аденокарцином легких. Наиболее часто наблюдаемой онкогенной драйверной мутацией при НМРЛ является KRAS, наблюдаемая до 30% случаев, что привело к разработке таких агентов, как соторасиб и адаграсиб, для воздействия на мутации KRAS G12C после неудачной системной терапии первой линии. Разработка ингибиторов тирозинкиназы (ИТК) EGFR, таких как осимертиниб, гефитиниб или эрлотиниб, и ALK-направленная терапия кризотинибом, алектинибом и церитинибом привела к значительному улучшению выживаемости у пациентов с НМРЛ за последнее десятилетие и сместила акцент на развитие улучшенные методы обнаружения этих мутаций для таргетной терапии первой линии. Каждая обнаруженная действенная мутация привела к быстрому расширению доступных терапевтических возможностей, помимо упомянутых выше, и изменила ландшафт лечения рака легких.

В большинстве случаев НМРЛ диагностируется на поздних стадиях (стадия III или IV), и его часто диагностируют с помощью биопсии или цитологического исследования. Общества онкологии и патологии рекомендуют, чтобы время выполнения молекулярного тестирования не превышало 10 рабочих дней, однако до 30% этих образцов недостаточны для проведения генотипирования тканей, требующего повторной биопсии. Таким образом, у пациентов может наступить клиническое ухудшение в ожидании результатов геномного теста. У тех пациентов, у которых недостаточно образцов при первичной биопсии и требуется повторное вмешательство, это может увеличить время от постановки диагноза до начала лечения более чем на 28 дней. Методы, с помощью которых обнаруживаются эти мутации, постоянно развиваются, включая секвенирование ДНК, аллель-специфическое тестирование ДНК, секвенирование РНК, флуоресцентную гибридизацию in situ (FISH) для обнаружения слитых генов и секвенирование следующего поколения (NGS). Было показано, что секвенирование как ДНК, так и РНК выявляет действенные мутации, но некоторые большие панели могут пропускать небольшие пропуски экзонов или изменения слияния, и, таким образом, последовательный подход может быть оправдан. В некоторых мутациях секвенирование РНК может обнаружить более высокую долю пропуска экзона 14 MET. Часто панель горячих точек используется для обнаружения ряда часто встречающихся мутаций, и, если эти мутации отрицательные, можно провести секвенирование одного гена для менее распространенных мутаций, что требует много времени и может еще больше задержать лечение. NGS стал золотым стандартом для обнаружения мутаций, требующих принятия мер, и был рекомендован Европейским обществом медицинской онкологии (ESMO) в 2020 году при распространенном неплоскоклеточном НМРЛ, а также при других злокачественных новообразованиях, включая холангиокарциному, рак предстательной железы и яичников. NGS предоставляет более широкую тестовую платформу и может оценить гораздо больше потенциальных изменений генов. В исследовании MOSCATO оценивалось использование высокопроизводительного геномного анализа, включая NGS, и продемонстрировано улучшение результатов при распространенном раке. В частности, при НМРЛ NGS продемонстрировал значительно улучшенные результаты за счет выявления пациентов, которые получат наибольшую пользу от таргетной терапии, что снижает токсичность, связанную с неэффективной терапией с определенными мутациями.

Генотипирование плазмы при немелкоклеточном раке легкого Генотипирование плазмы, или «жидкая биопсия», представляет собой относительно новую технологию, с помощью которой циркулирующая опухолевая ДНК (цДНК), выделяемая опухолью в кровоток, обнаруживается с помощью секвенирования следующего поколения. Эта технология, хотя и связана с несколько более низкой чувствительностью (80%), имеет > 96% согласованности для тестирования тканей на мутации EGFR, ALK, ROS1 и BRAF. Кроме того, среднее время выполнения операции составляет всего 7–10 дней без учета связанных с этим рисков и затрат на инвазивную биопсию. Недавние исследования показали динамическую природу опухолевых клеток, включая развитие механизмов резистентности в EGFR-мутированных опухолях. Таким образом, многие онкологические центры, в том числе некоторые в Ирландии, использовали жидкую биопсию в качестве средства наблюдения за этими механизмами резистентности с течением времени, вместо того, чтобы подвергать пациента многократной повторной биопсии. Совсем недавно многие центры в Северной Америке и Европе использовали жидкую биопсию для оценки геномных изменений для таргетной терапии рака легкого во время забора ткани, тем самым сокращая время до начала лечения. Этот подход поддерживается несколькими высокоуровневыми статьями, в том числе исследованием NILE, проспективным исследованием 282 пациентов с распространенным нелеченым НМРЛ, которое показало соответствие между генотипированием ткани и плазмы и значительно более быстрое время выполнения от 15 до 9 дней. Исследование, проведенное в одном центре в США, показало, что одновременное тестирование плазмы и тканей при НМРЛ увеличило выявление необходимых мутаций на 15% и, следовательно, увеличило число пациентов, получающих таргетную терапию.

Помимо часто необходимой повторной биопсии из-за отсутствия опухолевой ткани для NGS, пациенты с распространенным НМРЛ часто имеют плохой статус ECOG, что может ограничить возможность первичных инвазивных процедур или повторного взятия образцов ткани, а в некоторых случаях, расположение опухолевого узла может не поддаваться биопсии. В случае, если ткань можно получить с помощью инвазивной процедуры, хранение этих образцов, например, с фиксацией формалином, может привести к ложноположительным результатам секвенирования следующего поколения. Инвазивный отбор проб часто связан с высокой стоимостью из-за большого количества клиницистов и вспомогательного персонала. Забор крови является минимально инвазивным во время первоначальной диагностики, позволяет избежать времени, необходимого для планирования бронхоскопии или биопсии под рентгенологическим контролем, и позволяет немедленно обрабатывать образцы. Хотя использование генотипирования плазмы в последние годы расширилось, вполне вероятно, что оно останется дополнительным инструментом наряду с генотипированием тканей, поскольку образцы тканей могут обеспечить морфологию и выявить первичные очаги заболевания.

Обоснование Мы предлагаем это исследование для оценки осуществимости пути тестирования мутаций циркулирующей опухолевой ДНК на основе плазмы с использованием NGS, инициированного в Клинике рака легких быстрого доступа (RALCC) для пациентов с подозрением на НМРЛ в Ирландии. Эта инициатива по доказательству принципа направлена ​​​​на создание надежного пути для систематического тестирования пациентов с соматическими мутациями у пациентов с НМРЛ в Ирландии с использованием тестирования на основе плазмы. Плазма будет проверена на наличие мутаций циркулирующей опухолевой ДНК с использованием проверенного анализа на основе NGS в одной из двух испытательных лабораторий в Ирландии. Доказательство осуществимости с помощью клинических испытаний в Ирландии имеет решающее значение для информирования об успешных заявках на авторизацию жидкостной биопсии в Национальной клинической программе по борьбе с раком, а также для информирования о клинических испытаниях, направленных на выявление новых методов лечения для ирландских пациентов. Мы считаем, что предварительный путь на основе плазмы сократит среднее время обработки в ирландском контексте. Тестирование жидкостной биопсии пациентов в RALCC на опухолевые мутации должно обеспечить доступ большего числа пациентов к прецизионной медицинской терапии. Более того, этот подход, вероятно, значительно улучшит выявление пациентов с геномными изменениями, требующими действия при НМРЛ, что принесет пользу этим пациентам с точки зрения лечения рака. В этом исследовании также будет сообщено о неизвестной в настоящее время частоте, характеристиках, течении заболевания и схемах лечения соматических мутаций в ирландской популяции с НМРЛ.

Гипотеза Предварительное генотипирование опухолей на основе плазмы у пациентов с распространенным НМРЛ с целью выбора лечения возможно реализовать и сократит время до лечения по сравнению с генотипированием тканей.

Запланированный анализ Эта инициатива по подтверждению принципа направлена ​​на создание надежного пути для систематического тестирования пациентов с соматическими мутациями у пациентов с НМРЛ в Ирландии с использованием тестирования на основе плазмы. Плазма будет проверена на наличие мутаций циркулирующей опухолевой ДНК с использованием проверенного анализа на основе NGS в одной из двух испытательных лабораторий в Ирландии. Лаборатория молекулярной диагностики рака (CMD) в госпитале Сент-Джеймс проведет тест опухоли с использованием расширенной панели ctDNA собственной разработки Roche AVENIO (Базель, Швейцария). Отделение гистопатологии в больнице Бомонт будет использовать расширенную панель ctDNA собственного производства Roche AVENIO на платформе Illumina MiSeq NGS (Калифорния, США). Оба анализа будут проверены на тренировочном наборе опухолей. Параллельно с анализом цтДНК в соответствии со стандартом медицинской помощи будет проводиться тестирование ткани биопсии опухоли. Результаты жидкостной биопсии будут рассмотрены лечащим врачом для принятия решения о лечении, однако решение о лечении остается на усмотрение лечащего онколога.

Признано, что жидкая и тканевая биопсия обладают превосходной специфичностью (> 95%). Однако жидкая биопсия может иметь более низкую чувствительность в районе 80%. Таким образом, могут быть геномные изменения, идентифицированные при биопсии ткани, но не идентифицированные при жидкой биопсии, и, что менее вероятно, - наоборот. В этом случае генотипирование, которое выявило геномное изменение, будет считаться наиболее клинически значимым результатом, поскольку вероятность ложноположительного результата очень мала (< 5%). Однако окончательное решение о лечении остается на усмотрение лечащего онколога.