まれな遺伝疾患と腫瘍における精密診断 - 長い読み取りシーケンス (PREDICT-LRS)

最近、第3世代シーケンスとも呼ばれるLong Read Sequencing（LRS）が導入され、核酸の長い分子（10kbを超える）をシーケンスする能力を備えた革新的な技術です。 より長い正確なシーケンスへのアクセスにより、マッピングが向上し、NGSの技術的な制限を克服しました。 診断設定へのLRSの適用は、検出率と診断収量に影響を与える可能性があり、RGDの病因、予後、再発リスクをよりよく理解するだけでなく、標的を絞った治療にもつながります。 LRSの主な利点の1つは、信頼性の高いアライメントと正確なブレークポイント定義を通じて、高感度と精度を備えた複雑な再配置を含む、バランスのとれた不均衡な構造変異体（SV）の検出です。 また、さまざまな研究で、シーケンスが困難な領域で見逃されたコーディングバリアントの識別においてその有用性が報告されています。 さらに、この方法では、単一の実験でメチル化の変化とハプロタイプのフェーシングに関する情報へのアクセスを提供します。

現代の遺伝学の主な課題の中で、遺伝診断と疾患メカニズムをよりよく特徴付けるためにLRの適用から恩恵を受ける患者の4つのサブグループが特定されています。

• 患者の最初のサブグループは、有意性または不確実な疾患メカニズムが不明なSVを持つものです。 主にNDDの個人で最も診断されたSVSが最も診断されたSVは、コピー数のバリアント（CNV）、つまり削除と重複、およびその同定のための第1レベルの遺伝子検査は、アレイベースの比較ハイブリダイゼーション（ACGH）です。 この分析の診断収量は約10〜20％の診断収量であり、いくつかの技術的な制限は悪影響を及ぼします。分析が困難なゲノム領域にあるモザイクCNVまたはバリアントの感度が低い（GCが豊富または繰り返される）、CNVのブレークポイントの最適な解像度の分解能重複をマッピングできない。 特に、ACGHがタンデムで発生するのか、複製されてゲノムの他の場所で挿入されて挿入されているのかを検出できないため、重複の臨床的解釈が困難であり、したがって、複製に関与する遺伝子を破壊したり、その調節を変更したりする可能性があります。 LRSには、CNVを含むSVS、および繰り返しの領域内のバリアントの検出に対して大幅に高い感度を持つことにより、これらの制限を克服する可能性があり、重複のマッピングとBrekPointの正確なチャクター化も可能になります。
• 他の複雑な再配列は、LRSで研究できます（つまり、 病原性の分子メカニズムをよりよく理解するために、リング染色体、イソクモソーム、染色体転座、腫瘍に見られる体細胞SVなど）。 これらの場合、疾患の原因となる分子欠陥を理解するには、バランスのとれたSVの両方のメチル化状態とバランスのとれたSVの両方の検出、メチル化状態、およびメチル化状態の検出のブレークポイントの正確な定義が必要です。 複雑なSVのより良い定義と、表現型の正確な説明とともに、遺伝子型と表現型の相関を決定することができます。
• この研究に適格な患者の3番目のサブグループは、常染色体劣性（AR）遺伝子のモノアレンシック変化が特定されたものです。 この目的のために、RGDの選択された患者であるRGD患者では、広範な遺伝分析、すなわち全エクソームシーケンス（WES）がすでに実施されており、患者の状態に関連するARに関連する遺伝子のモノアレンシック変異の同定につながります。表現型。 目的は、以前の分析では検出されなかった2番目の変異を探すために、特定の遺伝子の標的分析を実施することです（すなわち。 イントロンバリアント、SVS、困難なゲノム領域のバリアント）。
• 最後に、WESを含むいくつかの分析が否定的な結果を取得することがLRの恩恵を受ける可能性がある遺伝的状態を強く示唆する表現型の患者。 これに関連して、目的は、全ゲノムLRSアプローチを適用して、シーケンスが困難な領域、非コーディング領域またはSVのバリアントの見逃したコーディングバリアントを特定することです。