稀有遗传疾病和肿瘤的精确诊断 - 长读取测序 (PREDICT-LRS)
使用长阅读测序（LRS）技术来实现罕见遗传疾病患者的分子诊断，这些患者已经通过最先进的遗传分析对其进行了测试，并具有模棱两可或负面结果。 这将导致对隐秘且复杂的结构基因组变体的有效且可靠的识别和临床解释，这代表了未来几十年人类遗传学的核心挑战。
此外，通过集成支持LRS的其他技术（例如HI-C，RNASEQ），使用多摩学方法分析表型的因果分子机制，这是未知的。
研究概览
详细说明
最近引入的长读测序（LRS），也称为第三代测序，是一种革命性的技术，具有对核酸（超过10KB）的长分子进行长分子的能力。 访问更长的准确序列已提高了可视性，并克服了NGS的技术限制。 LRS在诊断环境中的应用可能会影响检测率和诊断率，从而更好地理解了RGD的病因，预后和复发风险，也可以对有针对性的治疗。 LRS的主要好处之一是通过可靠的对齐和精确的断点定义来检测平衡和不平衡的结构变体（SV），包括具有高灵敏度和准确性的复杂重排，具有高灵敏度和准确性。 各种研究还报告了其在难以序列区域中遗漏编码变体的识别方面的效用。 此外，该方法在单个实验中可以访问有关甲基化变化和单倍型相位的信息。
在现代遗传学的主要挑战中，有4个亚组患者，这些亚组将受益于LRS的应用以更好地表征遗传诊断和疾病机制。
- 第一个亚组是具有未知意义或不确定疾病机制的SV的患者。 受诊断最多的SVS（主要在NDD患者中）是拷贝数变体（CNV），即缺失和重复，其鉴定的第一级基因测试是基于阵列的比较基因组杂交（ACGH）。 该分析的诊断产率约为10-20％，对某些技术局限性产生负面影响：对位于基因组区域中的镶嵌CNV或变体的敏感性差，难以分析（富含GC或重复），对CNV断裂点的亚场分辨率并无法映射重复。 特别是，由于ACGH无法检测到串联或重复并插入基因组中的其他地方，因此对重复的临床解释是具有挑战性的，因此可能会破坏与重复或改变其调节有关的基因。 LRS具有克服这些局限性的潜力，通过对检测SV的检测（包括CNV和重复区域内的变体）具有显着更大的敏感性，还可以绘制重复和精确的Brekpoint绘制。
- 可以使用LRS研究其他复杂的重排（即 环形染色体，异颜体，染色体易位，在肿瘤中发现的体细胞SV等），以更好地了解致病性的分子机制。 在这些情况下，需要确切的断点，甲基化状态所涉及的基因以及对平衡和不平衡SV的检测的确切定义，以了解负责该疾病的分子缺陷。 复杂SV的更好定义以及对表型的准确描述将允许确定基因型 - 表型相关性。
- 符合该研究资格的第三个亚组是那些在常染色体隐性（AR）基因中鉴定出单相关的患者。 为此，是患有RGD的患者，其中已经进行了广泛的遗传分析，即整个外显子组测序（WES），从而鉴定了与患者兼容的基因中的单相关突变，该基因与患者兼容表型。 目的是对特定基因进行有针对性的分析，以寻找以前分析未检测到的第二个突变（即 困难基因组区域中内含子变体，SVS，变体）。
- 最后，具有表型的患者对遗传条件有很强的暗示，其中包括WES（WES）检索负面结果的几项分析可能会受益于LRS。 在这种情况下，目的是采用整个基因组LRS方法来识别难以序列区域，非编码区域或SVS中的变体中错过的编码变体。
研究类型
注册 (估计的)
阶段
- 不适用
联系人和位置
学习联系方式
- 姓名：Tommaso Pippucci, Biologist
- 电话号码：0512142892
- 邮箱：tommaso.pippucci@aosp.bo.it
学习地点
-
-
-
Bologna、意大利、40138
- 招聘中
- IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna
-
接触：
- Tommaso Pippucci, Biologist
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接触：
- Tommaso Pippucci, Biologist
- 电话号码：0512142892
- 邮箱：tommaso.pippucci@aosp.bo.it
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参与标准
资格标准
适合学习的年龄
- 孩子
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
取样方法
研究人群
研究人群将包括：
- 以前在诊断常规的患者，他们已获得知情同意，以存储和次要使用其生物样品并重新连接；他们将了解当前项目，并要求提供新的特定知情同意；
- 患者的父母，诊断目的需要隔离分析时；他们将了解当前项目，并要求提供新的特定知情同意；
- 年龄：从没有年龄上限的0岁（新生儿）。
描述
纳入标准：
- 先前由ACGH检测到的CNV患者的患者/亲属，临床意义不确定；
- WES和ACGH数据不确定的患者/亲戚（无病原/可能的致病性变异）；
- 在WES或ACGH检测到的AR基因中，患者/亲属的患者/亲属患者/亲属（一种致病性或可能的致病变异）；
- 要阐明分子疾病机制的复杂结构变异的患者的患者/亲戚。
排除标准：
- 没有任何
学习计划
研究是如何设计的？
设计细节
队列和干预
团体/队列 |
干预/治疗 |
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CNV具有未知意义的患者
第一个亚组是具有未知意义或不确定疾病机制的SV的患者。
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DNA将从外周血或躯体组织中提取。 在某些情况下，将进行皮肤活检以获取成纤维细胞进行进一步分析（DNA/RNA提取和用于高通量基因组和表观基因组技术（HI-C）的细胞培养物的制备。 LRS将通过牛津纳米孔技术在提取的DNA上进行，通过两种不同的方法：
测序数据将通过专用的生物信息学管道进行分析，以重建染色质的三维结构和区域 |
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基因组重排复杂的患者
可以使用LRS研究其他复杂的重排（即
环形染色体，异颜体，染色体易位，在肿瘤中发现的体细胞SV等），以更好地了解致病性的分子机制。
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DNA将从外周血或躯体组织中提取。 在某些情况下，将进行皮肤活检以获取成纤维细胞进行进一步分析（DNA/RNA提取和用于高通量基因组和表观基因组技术（HI-C）的细胞培养物的制备。 LRS将通过牛津纳米孔技术在提取的DNA上进行，通过两种不同的方法：
测序数据将通过专用的生物信息学管道进行分析，以重建染色质的三维结构和区域 |
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AR基因中具有单相关变体的患者
符合该研究资格的第三个亚组是那些在常染色体隐性（AR）基因中鉴定出单相关的患者。
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DNA将从外周血或躯体组织中提取。 在某些情况下，将进行皮肤活检以获取成纤维细胞进行进一步分析（DNA/RNA提取和用于高通量基因组和表观基因组技术（HI-C）的细胞培养物的制备。 LRS将通过牛津纳米孔技术在提取的DNA上进行，通过两种不同的方法：
测序数据将通过专用的生物信息学管道进行分析，以重建染色质的三维结构和区域 |
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WES分析结果负面结果负面结果
最后，具有表型的患者对遗传条件有很强的暗示，其中包括WES（WES）检索负面结果的几项分析可能会受益于LRS。
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DNA将从外周血或躯体组织中提取。 在某些情况下，将进行皮肤活检以获取成纤维细胞进行进一步分析（DNA/RNA提取和用于高通量基因组和表观基因组技术（HI-C）的细胞培养物的制备。 LRS将通过牛津纳米孔技术在提取的DNA上进行，通过两种不同的方法：
测序数据将通过专用的生物信息学管道进行分析，以重建染色质的三维结构和区域 |
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
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这项研究的第一个目的是使用LRS在RGD患者中进行分子诊断，这些患者已经通过最先进的遗传分析进行了测试，结果模棱两可或负面结果。
大体时间：10个月
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在已经通过最先进的遗传分析进行测试的RGD患者中，将使用LRS检测无法检测到以前技术无法检测到的隐性基因组变体。
将收集患者的临床信息并与遗传数据集成。
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10个月
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
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这项研究的次要目标是通过整合支持LRS的其他技术（例如HI-C，RNASEQ），通过多矩方法进行分析，这是特殊复杂性的情况，其中表型的分子致病机制
大体时间：10个月
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结构变体和复杂重排的定义和精确表征与它们的分子诊断和临床管理有关。
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10个月
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合作者和调查者
调查人员
- 首席研究员：Tommaso Pippucci, Biologist、IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (实际的)
初级完成 (估计的)
研究完成 (估计的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (实际的)
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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